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- PDB-1b6b: MELATONIN BIOSYNTHESIS: THE STRUCTURE OF SEROTONIN N-ACETYLTRANSF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b6b
タイトルMELATONIN BIOSYNTHESIS: THE STRUCTURE OF SEROTONIN N-ACETYLTRANSFERASE AT 2.5 A RESOLUTION SUGGESTS A CATALYTIC MECHANISM
要素PROTEIN (ARYLALKYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE)
キーワードTRANSFERASE / ACETYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


melatonin biosynthetic process / aralkylamine N-acetyltransferase / aralkylamine N-acetyltransferase activity / N-terminal protein amino acid acetylation / response to light stimulus / cellular response to cAMP / circadian rhythm / perinuclear region of cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serotonin N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hickman, A.B. / Klein, D.C. / Dyda, F.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1999
タイトル: Melatonin biosynthesis: the structure of serotonin N-acetyltransferase at 2.5 A resolution suggests a catalytic mechanism.
著者: Hickman, A.B. / Klein, D.C. / Dyda, F.
履歴
登録1999年1月13日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ARYLALKYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE)
B: PROTEIN (ARYLALKYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1132
ポリマ－39,1132
非ポリマー00
水2,378132
1
A: PROTEIN (ARYLALKYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5561
ポリマ－19,5561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (ARYLALKYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5561
ポリマ－19,5561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.610, 56.610, 207.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.8237, -0.5629, -0.0681), (0.5248, -0.8024, 0.2841), (-0.2146, 0.1983, 0.9564)
ベクター: 9.9507, -10.3919, -14.8455)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ARYLALKYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE) / E.C.2.3.1.87 TRANSFERASE


分子量: 19556.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q29495, aralkylamine N-acetyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 49 %
結晶化
*PLUS
手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMMES11
275 mM11NaCl
310 mMdithiothreitol11
41 mMEDTA11
510 %(w/v)glycerol12

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.97935, 0.97900, 0.96860
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月15日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979351
20.9791
30.96861
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 6476 / % possible obs: 85.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rsym value: 6.3 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 10.5 / Rsym value: 13.2 / % possible all: 93.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 39960 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.2 % / Rmerge(I) obs: 0.132

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: IN STRUCTURE DETERMINATION, A TRUNCATED CONSTRUCT WAS USED BETWEEN RESIDUES 27 - 201
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 619 5 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 12034 92.61 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2471 0 0 132 2603
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.442
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.37
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.137
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.37
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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