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- PDB-1al2: P1/MAHONEY POLIOVIRUS, SINGLE SITE MUTANT V1160I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1al2
タイトルP1/MAHONEY POLIOVIRUS, SINGLE SITE MUTANT V1160I
要素(P1/MAHONEY POLIOVIRUS) x 5
キーワードVIRUS / PICORNAVIRUS / POLIOVIRUS / COAT PROTEIN / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A ...Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Few Secondary Structures / Irregular / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / SPHINGOSINE / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human poliovirus 1 (ポリオウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wien, M.W. / Curry, S. / Filman, D.J. / Hogle, J.M.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structural studies of poliovirus mutants that overcome receptor defects.
著者: Wien, M.W. / Curry, S. / Filman, D.J. / Hogle, J.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: A Pseudo-Cell Based Approach to Efficient Crystallographic Refinement of Viruses
著者: Jacobson, D.H. / Hogle, J.M. / Filman, D.J.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1985
タイトル: Three-Dimensional Structure of Poliovirus at 2.9 A Resolution
著者: Hogle, J.M. / Chow, M. / Filman, D.J.
履歴
登録1997年6月9日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ncs_oper
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_dist_value
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
1: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
2: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
3: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
4: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
1: SPHINGOSINE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4847
ポリマ－97,9565
非ポリマー5282
水9,620534
1
0: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
1: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
2: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
3: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
4: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,909,053420
ポリマ－5,877,382300
非ポリマー31,672120
水5,405300
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
0: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
1: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
2: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
3: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
4: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 492 kDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)492,42135
ポリマ－489,78225
非ポリマー2,63910
水45025
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
0: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
1: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
2: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
3: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
4: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 591 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)590,90542
ポリマ－587,73830
非ポリマー3,16712
水54030
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
0: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
1: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
2: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
3: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
4: P1/MAHONEY POLIOVIRUS
ヘテロ分子
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 2.95 MDa, 150 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,954,527210
ポリマ－2,938,691150
非ポリマー15,83660
水2,702150
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)320.150, 355.300, 377.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
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20generate(0.49411551, 0.39681093, 0.77333446), (-0.2213226, -0.80313249, 0.5530743), (0.84101934, -0.44457092, -0.30901699)72.75354, 52.03196, -123.14932
21generate(-0.06700375, 0.99541035, -0.06722151), (-0.0045102, 0.06700376, 0.99751329), (0.99804017, 0.06725702)-6.32405, 93.84377, -94.07771
22generate(0.80680217, 0.53350813, 0.2538423), (-0.4665299, 0.31123181, 0.8277527), (0.36275772, -0.78658788, 0.5)23.8809, 77.87308, -47.03885
23generate(0.54283259, -0.32693194, 0.77333446), (-0.32695755, 0.76618439, 0.5530743), (-0.77384356, -0.55339507, 0.30901699)72.75354, 52.03196, -65.0061
24generate(-0.49411551, -0.39681093, 0.77333446), (0.2213226, 0.80313249, 0.5530743), (-0.84101934, 0.44457092, -0.30901699)72.75354, 52.03196, -123.14932
25generate(-0.87101509, 0.42044155, 0.2538423), (0.42060602, 0.37101509, 0.8277527), (0.25406502, 0.828155, -0.5)23.8809, 77.87308, -141.11656
26generate(0.06700375, -0.99541035, -0.06722151), (0.0045102, -0.06700376, 0.99751329), (-0.99804017, -0.06725702)-6.32405, 93.84377, -94.07771
27generate(-0.73692157, -0.57044768, -0.36260899), (-0.57044211, 0.23692157, 0.7862577), (-0.36275772, 0.78658788, -0.5)-34.11342, 73.96932, -141.11656
28generate(-0.49406235, 0.22118069, -0.84055597), (-0.39675374, 0.80307933, 0.44443899), (0.77384356, 0.55339507, -0.30901699)-79.07758, 41.8118, -123.14932
29generate(0.45995824, 0.28547127, -0.84055597), (0.28554387, 0.84905875, 0.44443899), (0.84101934, -0.44457092, 0.30901699)-79.07758, 41.8118, -65.0061
30generate(0.80671615, -0.46642334, -0.36260899), (0.53353864, 0.31131783, 0.7862577), (-0.25406502, -0.828155, 0.5)-34.11342, 73.96932, -47.03885

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 0

#1: タンパク質・ペプチド P1/MAHONEY POLIOVIRUS


分子量: 437.404 Da / 分子数: 1 / 断片: VIRUS PROTOMER / 変異: CHAIN 1, V160I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 1 (ポリオウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: Mahoney

-
タンパク質 , 4種, 4分子 1234

#2: タンパク質 P1/MAHONEY POLIOVIRUS


分子量: 33502.641 Da / 分子数: 1 / 断片: VIRUS PROTOMER / 変異: CHAIN 1, V160I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 1 (ポリオウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: Mahoney / 参照: UniProt: P03300
#3: タンパク質 P1/MAHONEY POLIOVIRUS


分子量: 30075.783 Da / 分子数: 1 / 断片: VIRUS PROTOMER / 変異: CHAIN 1, V160I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 1 (ポリオウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: Mahoney / 参照: UniProt: P03300
#4: タンパク質 P1/MAHONEY POLIOVIRUS


分子量: 26547.482 Da / 分子数: 1 / 断片: VIRUS PROTOMER / 変異: CHAIN 1, V160I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 1 (ポリオウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: Mahoney / 参照: UniProt: P03300
#5: タンパク質 P1/MAHONEY POLIOVIRUS


分子量: 7393.050 Da / 分子数: 1 / 断片: VIRUS PROTOMER / 変異: CHAIN 1, V160I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 1 (ポリオウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: Mahoney / 参照: UniProt: P03299, UniProt: P03300*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 536分子 1

#6: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2
#7: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 30 %
結晶化手法: microdiaylsis / pH: 7.5
詳細: VIRUS WAS CRYSTALLIZED BY MICRODIALYSIS AGAINST 10MM PIPES, 0-70 MM NACL, PH 7.5, 2% PEG 400, microdiaylsis
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
170 mM11NaCl
22 %PEG40011

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年12月1日 / 詳細: SUPPER LONG MIRRORS
放射モノクロメーター: SUPPER LONG MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 615179 / % possible obs: 66 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.113
反射
*PLUS
Num. measured all: 2649615

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3モデル構築
X-PLOR3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PLV

2plv


解像度: 2.9→11 Å
詳細: XX12 PROTOMER BOX BASED REFINEMENT, SEE JACOBSON ET AL. PROGRAM : PROTOMER-BOX-BASED PSEUDO-REAL-SPACE AUTHORS : FILMAN
Rfactor反射数%反射
Rwork0.241 --
obs0.241 615066 66 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6633 0 36 534 7203
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.55
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.27
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.99 Å / Total num. of bins used: 16 /
Rfactor反射数
Rwork0.294 54758
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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