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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aiv | |||||||||
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タイトル | APO OVOTRANSFERRIN | |||||||||
要素 | OVOTRANSFERRIN | |||||||||
キーワード | IRON TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 extracellular sequestering of iron ion / organomineral extracellular matrix / antimicrobial humoral response / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / acute-phase response / recycling endosome / antibacterial humoral response / iron ion transport / response to lipopolysaccharide ...extracellular sequestering of iron ion / organomineral extracellular matrix / antimicrobial humoral response / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / acute-phase response / recycling endosome / antibacterial humoral response / iron ion transport / response to lipopolysaccharide / early endosome / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / extracellular space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Kurokawa, H. / Dewan, J.C. / Mikami, B. / Sacchettini, J.C. / Hirose, M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of hen apo-ovotransferrin. Both lobes adopt an open conformation upon loss of iron 著者: Kurokawa, H. / Dewan, J.C. / Mikami, B. / Sacchettini, J.C. / Hirose, M. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: Crystal Structure of Diferric Hen Ovotransferrin at 2.4 A Resolution 著者: Kurokawa, H. / Mikami, B. / Hirose, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1aiv.cif.gz | 140.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1aiv.ent.gz | 112.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1aiv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1aiv_validation.pdf.gz | 452.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1aiv_full_validation.pdf.gz | 508.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1aiv_validation.xml.gz | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1aiv_validation.cif.gz | 31.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/1aiv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/1aiv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1ovtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 75929.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: APO FORM / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P02789 |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
配列の詳細 | INTRASPECIFIC AND INTRA-INDIVIDUAL HETEROGENEITY OF OVOTRANSFERRIN HAS BEEN KNOWN FROM ...INTRASPECI |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.9 / 詳細: pH 5.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 123 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年12月20日 |
放射 | モノクロメーター: COLLIMATOR / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. obs: 12920 / % possible obs: 80.27 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 31370 / Rmerge(I) obs: 0.069 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1OVT 解像度: 3→20 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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