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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9644 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of CVA10 empty particle | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | picornavirus uncoating / receptor binding / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / protein complex oligomerization / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / monoatomic ion channel activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / protein complex oligomerization / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / monoatomic ion channel activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / channel activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhu L / Sun Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structures of Coxsackievirus A10 unveil the molecular mechanisms of receptor binding and viral uncoating. 著者: Ling Zhu / Yao Sun / Jinyan Fan / Bin Zhu / Lei Cao / Qiang Gao / Yanjun Zhang / Hongrong Liu / Zihe Rao / Xiangxi Wang / 要旨: Coxsackievirus A10 (CVA10), a human type-A Enterovirus (HEV-A), can cause diseases ranging from hand-foot-and-mouth disease to polio-myelitis-like disease. CVA10, together with some other HEV-As, ...Coxsackievirus A10 (CVA10), a human type-A Enterovirus (HEV-A), can cause diseases ranging from hand-foot-and-mouth disease to polio-myelitis-like disease. CVA10, together with some other HEV-As, utilizing the molecule KREMEN1 as an entry receptor, constitutes a KREMEN1-dependent subgroup within HEV-As. Currently, there is no vaccine or antiviral therapy available for treating diseases caused by CVA10. The atomic-resolution structure of the CVA10 virion, which is within the KREMEN1-dependent subgroup, shows significant conformational differences in the putative receptor binding sites and serotype-specific epitopes, when compared to the SCARB2-dependent subgroup of HEV-A, such as EV71, highlighting specific differences between the sub-groups. We also report two expanded structures of CVA10, an empty particle and uncoating intermediate at atomic resolution, as well as a medium-resolution genome structure reconstructed using a symmetry-mismatch method. Structural comparisons coupled with previous results, reveal an ordered signal transmission process for enterovirus uncoating, converting exo-genetic receptor-attachment inputs into a generic RNA release mechanism. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9644.map.gz | 167 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9644-v30.xml emd-9644.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9644.png | 267.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9644.cif.gz | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9644 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9644 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9644_validation.pdf.gz | 710.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9644_full_validation.pdf.gz | 710.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9644_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9644_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9644 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9644 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9644.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Coxsackievirus A10
全体 | 名称: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Coxsackievirus A10
超分子 | 名称: Coxsackievirus A10 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 42769 / 生物種: Coxsackievirus A10 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: VP1
分子 | 名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 33.232383 KDa |
組換発現 | 生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) |
配列 | 文字列: GDPVEDIIHD ALGSTARRAI SSATNVESAA NTTPSSHRLE TGRVPALQAA ETGATSNATD ENMIETRCVV NRNGVLETTI NHFFSRSGL VGVVNLTDGG TDTTGYVTWD IDIMGFVQLR RKCEMFTYMR FNAEFTFVTT TKNGEARPYM LQYMYVPPGA P KPTGRDAF ...文字列: GDPVEDIIHD ALGSTARRAI SSATNVESAA NTTPSSHRLE TGRVPALQAA ETGATSNATD ENMIETRCVV NRNGVLETTI NHFFSRSGL VGVVNLTDGG TDTTGYVTWD IDIMGFVQLR RKCEMFTYMR FNAEFTFVTT TKNGEARPYM LQYMYVPPGA P KPTGRDAF QWQTATNPSV FVKLTDPPAQ VSVPFMSPAS AYQWFYDGYP TFGQHPETSN TTYGLCPNNM MGTFAVRVVS RE ASQLKLQ TRVYMKLKHV RAWVPRPIRS QPYLLKNFPN YDSSKITNSA RDRSSIKQAN M UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: VP2
分子 | 名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 27.783105 KDa |
組換発現 | 生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) |
配列 | 文字列: SPSVEACGYS DRVAQLTVGN SSITTQEAAN IVLAYGEWPE YCPDTDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLDSKM WQENSTGWYW KFPDVLNKT GVFGQNAQFH YLYRSGFCLH VQCNASKFHQ GALLVAVIPE FVIAGRGSNT KPNEAPHPGF TTTFPGTTGA T FHDPYVLD ...文字列: SPSVEACGYS DRVAQLTVGN SSITTQEAAN IVLAYGEWPE YCPDTDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLDSKM WQENSTGWYW KFPDVLNKT GVFGQNAQFH YLYRSGFCLH VQCNASKFHQ GALLVAVIPE FVIAGRGSNT KPNEAPHPGF TTTFPGTTGA T FHDPYVLD SGVPLSQALI YPHQWINLRT NNCATVIVPY INAVPFDSAI NHSNFGLIVI PVSPLKYSSG ATTAIPITIT IA PLNSEFG GLRQAVSQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: VP3
分子 | 名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 26.279826 KDa |
組換発現 | 生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) |
配列 | 文字列: GIPAELRPGT NQFLTTDDDT AAPILPGFTP TPTIHIPGEV HSLLELCRVE TILEVNNTTE ATGLTRLLIP VSSQNKADEL CAAFMVDPG RIGPWQSTLV GQICRYYTQW SGSLKVTFMF TGSFMATGKM LVAYSPPGSA QPANRETAML GTHVIWDFGL Q SSVSLVIP ...文字列: GIPAELRPGT NQFLTTDDDT AAPILPGFTP TPTIHIPGEV HSLLELCRVE TILEVNNTTE ATGLTRLLIP VSSQNKADEL CAAFMVDPG RIGPWQSTLV GQICRYYTQW SGSLKVTFMF TGSFMATGKM LVAYSPPGSA QPANRETAML GTHVIWDFGL Q SSVSLVIP WISNTHFRTA KTGGNYDYYT AGVVTLWYQT NYVVPPETPG EAYIIAMGAD LYKFTLKICK DTDEVTQQAV LQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 22725 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |