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- EMDB-8596: 70S ribosome complex with dnaX mRNA stemloop and E-site tRNA ("in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8596
タイトル70S ribosome complex with dnaX mRNA stemloop and E-site tRNA ("in" conformation)
マップデータ70S ribosome complex with dnaX mRNA stemloop and E-site tRNA ("in" conformation)
試料
  • 複合体: 70S-dnaX complex
    • RNA: x 6種
    • タンパク質・ペプチド: x 50種
  • リガンド: x 2種
キーワード70S ribosome / dnaX / stem-loop / structured mRNA / -1 programmed frameshifting / E site / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding ...regulation of translation / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z ...30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 ...Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / 30S ribosomal protein S17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhang Y / Hong S
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Alternative Mode of E-Site tRNA Binding in the Presence of a Downstream mRNA Stem Loop at the Entrance Channel.
著者: Yan Zhang / Samuel Hong / Ajchareeya Ruangprasert / Georgios Skiniotis / Christine M Dunham /
要旨: Structured mRNAs positioned downstream of the ribosomal decoding center alter gene expression by slowing protein synthesis. Here, we solved the cryo-EM structure of the bacterial ribosome bound to an ...Structured mRNAs positioned downstream of the ribosomal decoding center alter gene expression by slowing protein synthesis. Here, we solved the cryo-EM structure of the bacterial ribosome bound to an mRNA containing a 3' stem loop that regulates translation. Unexpectedly, the E-site tRNA adopts two distinct orientations. In the first structure, normal interactions with the 50S and 30S E site are observed. However, in the second structure, although the E-site tRNA makes normal interactions with the 50S E site, its anticodon stem loop moves ∼54 Å away from the 30S E site to interact with the 30S head domain and 50S uL5. This position of the E-site tRNA causes the uL1 stalk to adopt a more open conformation that likely represents an intermediate state during E-site tRNA dissociation. These results suggest that structured mRNAs at the entrance channel restrict 30S subunit movement required during translation to slow E-site tRNA dissociation.
履歴
登録2017年2月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年3月7日-
マップ公開2018年3月7日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-5uq7
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8596.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8596.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈70S ribosome complex with dnaX mRNA stemloop and E-site tRNA ("in" conformation)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 384 pix.
= 384. Å		1 Å/pix.
x 384 pix.
= 384. Å		1 Å/pix.
x 384 pix.
= 384. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.04318631 - 0.11155656
平均 (標準偏差)-0.000111771544 (±0.005646717)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 384.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z384.000384.000384.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0430.112-0.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : 70S-dnaX complex

全体名称: 70S-dnaX complex
要素
  • 複合体: 70S-dnaX complex
    • RNA: 23S rRNA
    • RNA: 5S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Z
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein Thx
    • RNA: P-site tRNA fMet
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L1
    • RNA: E-site tRNA Phe
    • RNA: messenger RNA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

+
超分子 #1: 70S-dnaX complex

超分子名称: 70S-dnaX complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#56
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)

+
分子 #1: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 948.035625 KDa
配列文字列: GUCAAGAUGG UAAGGGCCCA CGGUGGAUGC CUCGGCACCC GAGCCGAUGA AGGACGUGGC UACCUGCGAU AAGCCAGGGG GAGCCGGUA GCGGGCGUGG AUCCCUGGAU GUCCGAAUGG GGGAACCCGG CCGGCGGGAA CGCCGGUCAC CGCGCUUUUG C GCGGGGGG ...文字列:
GUCAAGAUGG UAAGGGCCCA CGGUGGAUGC CUCGGCACCC GAGCCGAUGA AGGACGUGGC UACCUGCGAU AAGCCAGGGG GAGCCGGUA GCGGGCGUGG AUCCCUGGAU GUCCGAAUGG GGGAACCCGG CCGGCGGGAA CGCCGGUCAC CGCGCUUUUG C GCGGGGGG AACCUGGGGA ACUGAAACAU CUCAGUACCC AGAGGAGAGG AAAGAGAAAU CGACUCCCUG AGUAGCGGCG AG CGAAAGG GGACCAGCCU AAACCGUCCG GCUUGUCCGG GCGGGGUCGU GGGGCCCUCG GACACCGAAU CCCCAGCCUA GCC GAAGCU GUUGGGAAGC AGCGCCAGAG AGGGUGAAAG CCCCGUAGGC GAAAGGUGGG GGGAUAGGUG AGGGUACCCG AGUA CCCCG UGGUUCGUGG AGCCAUGGGG GAAUCUGGGC GGACCACCGC CUAAGGCUAA GUACUCCGGG UGACCGAUAG CGCAC CAGU ACCGUGAGGG AAAGGUGAAA AGAACCCCGG GAGGGGAGUG AAAUAGAGCC UGAAACCGUG GGCUUACAAG CAGUCA CGG CCCCGCAAGG GGUUGUGGCG UGCCUAUUGA AGCAUGAGCC GGCGACUCAC GGUCGUGGGC GAGCUUAAGC CGUUGAG GC GGAGGCGUAG GGAAACCGAG UCCGAACAGG GCGCAAGCGG GCCGCACGCG GCCCGCAAAG UCCGCGGCCG UGGACCCG A AACCGGGCGA GCUAGCCCUG GCCAGGGUGA AGCUGGGGUG AGACCCAGUG GAGGCCCGAA CCGGUGGGGG AUGCAAACC CCUCGGAUGA GCUGGGGCUA GGAGUGAAAA GCUAACCGAG CCCGGAGAUA GCUGGUUCUC CCCGAAAUGA CUUUAGGGUC AGCCUCAGG CGCUGACUGG GGCCUGUAGA GCACUGAUAG GGCUAGGGGG CCCACCAGCC UACCAAACCC UGUCAAACUC C GAAGGGUC CCAGGUGGAG CCUGGGAGUG AGGGCGCGAG CGAUAACGUC CGCGUCCGAG CGCGGGAACA ACCGAGACCG CC AGCUAAG GCCCCCAAGU CUGGGCUAAG UGGUAAAGGA UGUGGCGCCG CGAAGACAGC CAGGAGGUUG GCUUAGAAGC AGC CAUCCU UUAAAGAGUG CGUAAUAGCU CACUGGUCGA GUGGCGCCGC GCCGAAAAUG AUCGGGGCUU AAGCCCAGCG CCGA AGCUG CGGGUCUGGG GGAUGACCCC AGGCGGUAGG GGAGCGUUCC CGAUGCCGAU GAAGGCCGAC CCGCGAGGGC GGCUG GAGG UAAGGGAAGU GCGAAUGCCG GCAUGAGUAA CGAUAAAGAG GGUGAGAAUC CCUCUCGCCG UAAGCCCAAG GGUUCC UAC GCAAUGGUCG UCAGCGUAGG GUUAGGCGGG ACCUAAGGUG AAGCCGAAAG GCGUAGCCGA AGGGCAGCCG GUUAAUA UU CCGGCCCUUC CCGCAGGUGC GAUGGGGGGA CGCUCUAGGC UAGGGGGACC GGAGCCAUGG ACGAGCCCGG CCAGAAGC G CAGGGUGGGA GGUAGGCAAA UCCGCCUCCC AACAAGCUCU GCGUGGUGGG GAAGCCCGUA CGGGUGACAA CCCCCCGAA GCCAGGGAGC CAAGAAAAGC CUCUAAGCAC AACCUGCGGG AACCCGUACC GCAAACCGAC ACAGGUGGGC GGGUGCAAGA GCACUCAGG CGCGCGGGAG AACCCUCGCC AAGGAACUCU GCAAGUUGGC CCCGUAACUU CGGGAGAAGG GGUGCUCCCU G GGGUGAUG AGCCCCGGGG AGCCGCAGUG AACAGGCUCU GGCGACUGUU UACCAAAAAC ACAGCUCUCU GCGAACUCGU AA GAGGAGG UAUAGGGAGC GACGCUUGCC CGGUGCCGGA AGGUCAAGGG GAGGGGUGCA AGCCCCGAAC CGAAGCCCCG GUG AACGGC GGCCG(PSU)AAC(5MU) A(PSU)AA(4OC)GGUCC UAAGGUAGCG AAA(5MU)UC(5MC)UUG UCGGGUAAGU UCCGAC(5MC)UG CACGAAAAGC GUAACGACCG GAGCGCUGUC UCGGCGAGGG ACCCGGUGAA AUUGAACUGG CCGUGAA GA UGCGGCCUAC CCGUGGCAGG ACGAAAAGAC CCCGUGGAGC UUUACUGCAG CCUGGUGUUG GCUCUUGGUC GCGCCUGC G UAGGAUAGGU GGGAGCCUGU GAACCCCCGC CUCCGGGUGG GGGGGAGGCG CCGGUGAAAU ACCACCCUGG CGCGGCUGG GGGCCUAACC CUCGGAUGGG GGGACAGCGC UUGGCGGGCA GUUUGACUG(OMG) GGCGGUCGCC UCCUAAAAGG UAACGG AGG CGCCCAAAGG UCCCCUCAGG CGGGACGGAA AUCCGCCGGA GAGCGCAAGG GUAGAAGGGG GCCUGACUGC GAGGCCU GC AAGCCGAGCA GGGGCGAAAG CCGGGCCUAG UGAACCGGUG GUCCCGUGUG GAAGGGCCAU CGAUCAACGG AUAAAAGU U ACCCCGGGGA UAACAGGCUG AUCUCCCCCG AGCGUCCACA GCGGCGGGGA GGUUUGGCAC CUCG(2MA)UGUCG GCUCG UCGC AUCCUGGGGC UGAAGAAGGU CCCAAGGGUU GGGC(2MU)GUUCG CCCAUUAAAG CGGCACGCGA GCUGGGUUCA GA ACGUCGU GAGACAGU(PSU)C GGUCUCUAUC CGCCACGGGC GCAGGAGGCU UGAGGGGGGC UCUUCCUAGU ACGAGAGGA CCGGAAGGGA CGCACCUCUG GUUUCCCAGC UGUCCCUCCA GGGGCAUAAG CUGGGUAGCC AUGUGCGGAA GGGAUAACCG CUGAAAGCA UCUAAGCGGG AAGCCCGCCC CAAGAUGAGG CCUCCCACGG CGUCAAGCCG GUAAGGACCC GGGAAGACCA C CCGGUGGA UGGGCCGGGG GUGUAAGCGC CGCGAGGCGU UGAGCCGACC GGUCCCAAUC GUCCGAGGUC UUGACCCCUC C

GENBANK: GENBANK: AP008226.1

+
分子 #2: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 38.882207 KDa
配列文字列:
UCCCCCGUGC CCAUAGCGGC GUGGAACCAC CCGUUCCCAU UCCGAACACG GAAGUGAAAC GCGCCAGCGC CGAUGGUACU GGGCGGGCG ACCGCCUGGG AGAGUAGGUC GGUGCGGGGG A

GENBANK: GENBANK: AP008226.1

+
分子 #32: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 32 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 493.903656 KDa
配列文字列: UUGUUGGAGA GUUUGAUCCU GGCUCAGGGU GAACGCUGGC GGCGUGCCUA AGACAUGCAA GUCGUGCGGG CCGCGGGGUU UUACUCCGU GGUCAGCGGC GGACGGGUGA GUAACGCGUG GGUGACCUAC CCGGAAGAGG GGGACAACCC GGGGAAACUC G GGCUAAUC ...文字列:
UUGUUGGAGA GUUUGAUCCU GGCUCAGGGU GAACGCUGGC GGCGUGCCUA AGACAUGCAA GUCGUGCGGG CCGCGGGGUU UUACUCCGU GGUCAGCGGC GGACGGGUGA GUAACGCGUG GGUGACCUAC CCGGAAGAGG GGGACAACCC GGGGAAACUC G GGCUAAUC CCCCAUGUGG ACCCGCCCCU UGGGGUGUGU CCAAAGGGCU UUGCCCGCUU CCGGAUGGGC CCGCGUCCCA UC AGCUAGU UGGUGGGGUA AUGGCCCACC AAGGCGACGA CGGGUAGCCG GUCUGAGAGG AUGGCCGGCC ACAGGGGCAC UGA GACACG GGCCCCACUC CUACGGGAGG CAGCAGUUAG GAAUCUUCCG CAAUGGGCGC AAGCCUGACG GAGCGACGCC GCUU GGAGG AAGAAGCCCU UCGGGGUGUA AACUCCUGAA CCCGGGACGA AACCCCCGAC GAGGGGACUG ACGGUACCGG GGUAA UAGC GCCGGCCAAC UCCG(PSU)GCCAG CAGCC(7MG)CGGU AAUACGGAGG GCGCGAGCGU UACCCGGAUU CACUGGGC G UAAAGGGCGU GUAGGCGGCC UGGGGCGUCC CAUGUGAAAG ACCACGGCUC AACCGUGGGG GAGCGUGGGA UACGCUCAG GCUAGACGGU GGGAGAGGGU GGUGGAAUUC CCGGAGUAGC GGUGAAAUGC GCAGAUACCG GGAGGAACGC CGAUGGCGAA GGCAGCCAC CUGGUCCACC CGUGACGCUG AGGCGCGAAA GCGUGGGGAG CAAACCGGAU UAGAUACCCG GGUAGUCCAC G CCCUAAAC GAUGCGCGCU AGGUCUCUGG GUCUCCUGGG GGCCGAAGCU AACGCGUUAA GCGCGCCGCC UGGGGAGUAC GG CCGCAAG GCUGAAACUC AAAGGAAUUG ACGGGGGCCC GCACAAGCGG UGGAGCAUGU GGUUUAAUUC GAA(M2G)(5MC) AACG CGAAGAACCU UACCAGGCCU UGACAUGCUA GGGAACCCGG GUGAAAGCCU GGGGUGCCCC GCGAGGGGAG CCCUAG CAC AGGUGCUGCA UGGCCGUCGU CAGCUCGUGC CGUGAGGUGU UGGGUUAAGU CCCGCAACGA GCGCAACCCC CGCCGUU AG UUGCCAGCGG UUCGGCCGGG CACUCUAACG GGACUGCCCG CGAAAGCGGG AGGAAGGAGG GGACGACGUC UGGUCAGC A UG(2MG)CCCUUAC GGCCUGGGCG ACACACGUGC UACAAUGCCC ACUACAAAGC GAUGCCACCC GGCAACGGGG AGCUA AUCG CAAAAAGGUG GGCCCAGUUC GGAUUGGGGU CUGCAACCCG ACCCCAUGAA GCCGGAAUCG CUAGUAAUCG CGGAUC AGC CAUGCCGCGG UGAAUACGUU CCCGGGCCUU GUACACAC(5MC)G (4OC)C(5MC)GU(5MC)ACGC CAUGGGAGCG G GCUCUACC CGAAGUCGCC GGGAGCCUAC GGGCAGGCGC CGAGGGUAGG GCCCGUGACU GGGGCGAAGU CG(UR3)AACAA G GUAGCUGUAC CGG(MA6)(MA6)GGUGC GGCUGGAUCA CCUCCUUGCU

GENBANK: GENBANK: AP008226.1

+
分子 #53: P-site tRNA fMet

分子名称: P-site tRNA fMet / タイプ: rna / ID: 53 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 24.801801 KDa
配列文字列:
CGCGGGGUGG AGCAGCCCGG UAGCUCGUCG GGCUCAUAAC CCGAAGGUCG UCGGUUCAAA UCCGGCCCCC GCAACCA

GENBANK: GENBANK: LT615371.1

+
分子 #55: E-site tRNA Phe

分子名称: E-site tRNA Phe / タイプ: rna / ID: 55 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 24.485539 KDa
配列文字列:
GCCCGGAUAG CUCAGUCGGU AGAGCAGGGG AUUGAAAAUC CCCGUGUCCU UGGUUCGAUU CCGAGUCCGG GCACCA

GENBANK: GENBANK: LT615371.1

+
分子 #56: messenger RNA

分子名称: messenger RNA / タイプ: rna / ID: 56 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 17.773668 KDa
配列文字列:
UAAGGAAAUA AAAAUGUUUA GUGAACCGGC AGCCGCUACC CGCGCGCGGC CGGUA

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 30.401355 KDa
配列文字列: AVKKFKPYTP SRRFMTVADF SEITKTEPEK SLVKPLKKTG GRNNQGRITV RFRGGGHKRL YRIIDFKRWD KVGIPAKVAA IEYDPNRSA RIALLHYVDG EKRYIIAPDG LQVGQQVVAG PDAPIQVGNA LPLRFIPVGT VVHAVELEPK KGAKLARAAG T SAQIQGRE ...文字列:
AVKKFKPYTP SRRFMTVADF SEITKTEPEK SLVKPLKKTG GRNNQGRITV RFRGGGHKRL YRIIDFKRWD KVGIPAKVAA IEYDPNRSA RIALLHYVDG EKRYIIAPDG LQVGQQVVAG PDAPIQVGNA LPLRFIPVGT VVHAVELEPK KGAKLARAAG T SAQIQGRE GDYVILRLPS GELRKVHGEC YATVGAVGNA DHKNIVLGKA GRSRWLGRRP HVRGAAMNPV DHPHGGGEGR AP RGRPPAS PWGWQTKGLK TRKRRKPSSR FIIARRKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 22.249953 KDa
配列文字列: MKGILGVKVG MTRIFRDDRA VPVTVILAGP CPVVQRRTPE KDGYTAVQLG FLPQNPKRVN RPLKGHFAKA GVEPVRILRE IRDFNPEGD TVTVEIFKPG ERVDVTGTSK GRGFAGVMKR WNFAGGPDSH GAHKIHRHPG SIGNRKTPGR VYKGKKMAGH Y GAERVTVM ...文字列:
MKGILGVKVG MTRIFRDDRA VPVTVILAGP CPVVQRRTPE KDGYTAVQLG FLPQNPKRVN RPLKGHFAKA GVEPVRILRE IRDFNPEGD TVTVEIFKPG ERVDVTGTSK GRGFAGVMKR WNFAGGPDSH GAHKIHRHPG SIGNRKTPGR VYKGKKMAGH Y GAERVTVM NLEVVDVIPE ENLLLVKGAV PGPNGGLVIV RETKKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 22.512023 KDa
配列文字列: VYQIPVLSPS GRRELAADLP AEINPHLLWE VVRWQLAKRR RGTASTKTRG EVAYSGRKIW PQKHTGRARH GDIGAPIFVG GGVVFGPKP RDYSYTLPKK VRKKGLAMAV ADRAREGKLL LVEAFAGVNG KTKEFLAWAK EAGLDGSESV LLVTGNELVR R AARNLPWV ...文字列:
VYQIPVLSPS GRRELAADLP AEINPHLLWE VVRWQLAKRR RGTASTKTRG EVAYSGRKIW PQKHTGRARH GDIGAPIFVG GGVVFGPKP RDYSYTLPKK VRKKGLAMAV ADRAREGKLL LVEAFAGVNG KTKEFLAWAK EAGLDGSESV LLVTGNELVR R AARNLPWV VTLAPEGLNV YDIVRTERLV MDLDAWEVFQ NRIGG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 20.9304 KDa
配列文字列:
PLDVALKRKY YEEVRPELIR RFGYQNVWEV PRLEKVVINQ GLGEAKEDAR ILEKAAQELA LITGQKPAVT RAKKSISNFK LRKGMPIGL RVTLRRDRMW IFLEKLLNVA LPRIRDFRGL NPNSFDGRGN YNLGLREQLI FPEITYDMVD ALRGMDIAVV T TAETDEEA RALLELLGFP FRK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 18.893082 KDa
配列文字列:
RIGRLPIPVP KGVSVEVAPG RVKVKGPKGE LEVPVSPEMR VVVEEGVVRV ERPSDERRHK SLHGLTRTLI ANAVKGVSEG YSKELLIKG IGYRARLVGR ALELTVGFSH PVVVEPPEGI TFEVPEPTRV RVSGIDKQKV GQVAANIRAI RKPSAYHEKG I YYAGEPVR LKPGK

UniProtKB: 50S ribosomal protein L6

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 16.164937 KDa
配列文字列:
MKVILLEPLE NLGDVGQVVD VKPGYARNYL LPRGLAVLAT ESNLKALEAR IRAQAKRLAE RKAEAERLKE ILENLTLTIP VRAGETKIY GSVTAKDIAE ALSRQHGVTI DPKRLALEKP IKELGEYVLT YKPHPEVPIQ LKVSVVA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 15.927903 KDa
配列文字列:
MKTYVPKQVE PRWVLIDAEG KTLGRLATKI ATLLRGKHRP DWTPNVAMGD FVVVVNADKI RVTGKKLEQK IYTRYSGYPG GLKKIPLEK MLATHPERVL EHAVKGMLPK GPLGRRLFKR LKVYAGPDHP HQAQRPEKLE V

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 13.323612 KDa
配列文字列:
MIQPQTYLEV ADNTGARKIM CIRVLKGSNA KYATVGDVIV ASVKEAIPRG AVKEGDVVKA VVVRTKKEIK RPDGSAIRFD DNAAVIINN QLEPRGTRVF GPVARELREK GFMKIVSLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 16.248062 KDa
配列文字列:
MKLSDLRPNP GANKRRKRVG RGPGSGHGKT ATRGHKGQKS RSGGLKDPRR FEGGRSTTLM RLPKRGMQGQ VPGEIKRPRY QGVNLKDLA RFEGEVTPEL LVRAGLLKKG YRLKILGEGE AKPLKVVAHA FSKSALEKLK AAGGEPVLLE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 15.993909 KDa
配列文字列:
MLMPRRMKYR KQQRGRLKGA TKGGDYVAFG DYGLVALEPA WITAQQIEAA RVAMVRHFRR GGKIFIRIFP DKPYTKKPLE VRMGKGKGN VEGYVAVVKP GRVMFEVAGV TEEQAMEALR IAGHKLPIKT KIVRRDAYDE AQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 13.750148 KDa
配列文字列:
MRHLKSGRKL NRHSSHRLAL YRNQAKSLLT HGRITTTVPK AKELRGFVDH LIHLAKRGDL HARRLVLRDL QDVKLVRKLF DEIAPRYRD RQGGYTRVLK LAERRRGDGA PLALVELVE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 12.43757 KDa
配列文字列:
RLTAYERRKF RVRNRIKRTG RLRLSVFRSL KHIYAQIIDD EKGVTLVSAS SLALKLKGNK TEVARQVGRA LAEKALALGI KQVAFDRGP YKYHGRVKAL AEGAREGGLE F

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 15.503017 KDa
配列文字列:
MNRGALIKLV ESRYVRTDLP EFRPGDTVRV SYKVKEGNRT RIQDFEGIVI RIRRNGFNTT FTVRKVSYGV GVERIFPLHS PLIQKIDIV QRGRARRAKL YFIRNLSDRE IRRKLRADRK RIDQDRAAER AA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 13.591028 KDa
配列文字列:
PRAKTGVVRR RKHKKILKLA KGYWGLRSKS FRKARETLFA AGNYAYAHRK RRKRDFRRLW IVRINAACRQ HGLNYSTFIH GLKKAGIEV DRKNLADLAV REPQVFAELV ERAKAAQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 11.069153 KDa
配列文字列:
MFAIVKTGGK QYRVEPGLKL RVEKLDAEPG ATVELPVLLL GGEKTVVGTP VVEGASVVAE VLGHGRGKKI LVSKFKAKVQ YRRKKGHRQ PYTELLIKEI RG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 12.678874 KDa
配列文字列:
MEAKAIARYV RISPRKVRLV VDLIRGKSLE EARNILRYTN KRGAYFVAKV LESAAANAVN NHDMLEDRLY VKAAYVDEGP ALKRVLPRA RGRADIIKKR TSHITVILGE KHG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 10.64665 KDa
配列文字列:
MKTAYDVILA PVLSEKAYAG FAEGKYTFWV HPKATKTEIK NAVETAFKVK VVKVNTLHVR GKKKRLGRYL GKRPDRKKAI VQVAPGQKI EALEGL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 11.72628 KDa
配列文字列:
MRVKMHVKKG DTVLVASGKY KGRVGKVKEV LPKKYAVIVE GVNIVKKAVR VSPKYPQGGF IEKEAPLHAS KVRPICPACG KPTRVRKKF LENGKKIRVC AKCGGALD

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 21.139299 KDa
配列文字列:
MEYRLKAYYR EGEKPSALRR AGKLPGVMYN RHLNRKVYVD LVEFDKVFRQ ASIHHVIVLE LPDGQSLPTL VRQVNLDKRR RRPEHVDFF VLSDEPVEMY VPLRFVGTPA GVRAGGVLQE IHRDILVKVS PRNIPEFIEV DVSGLEIGDS LHASDLKLPP G VELAVSPE ETIAAVVPPE DVEKLAEEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 8.689006 KDa
配列文字列:
GSTRNGRDSQ AKRLGVKRYE GQVVRAGNIL VRQRGTRFKP GKNVGMGRDF TLFALVDGVV EFQDRGRLGR YVHVRPL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 10.872965 KDa
配列文字列:
SKVCEISGKR PIVANSIQRR GKAKREGGVG KKTTGISKRR QYPNLQKVRV RVAGQEITFR VAASHIPKVY ELVERAKGLK LEGLSPKEI KKELLKLL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 8.485077 KDa
配列文字列:
MKLSEVRKQL EEARKLSPVE LEKLVREKKR ELMELRFQAS IGQLSQNHKI RDLKRQIARL LTVLNEKRRQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 6.667931 KDa
配列文字列:
PRLKVKLVKS PIGYPKDQKA ALKALGLRRL QQERVLEDTP AIRGNVEKVA HLVRVEVVE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 8.086297 KDa
配列文字列:
MKEGIHPKLV PARIICGCGN VIETYSTKPE IYVEVCSKCH PFYTGQQRFV DTEGRVERFQ RRYGDSYRK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 6.590854 KDa
配列文字列:
AKHPVPKKKT SKARRDARRS HHALTPPTLV PCPECKAMKP PHTVCPECGY YAGRKVLEV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 6.5017 KDa
配列文字列:
ASEVRIKLLL ECTECKRRNY ATEKNKRNTP NKLELRKYCP WCRKHTVHRE VKI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 5.975255 KDa
配列文字列:
MKRTWQPNRR KRAKTHGFRA RMRTPGGRKV LKRRRQKGRW RLTPAVRK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 7.374981 KDa
配列文字列:
PKMKTHKGAK KRVKITASGK VVAMKTGKRH LNWQKSGKEI RQKGRKFVLA KPEAERIKLL LPYE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 4.435411 KDa
配列文字列:
MKVRASVKRI CDKCKVIRRH GRVYVICENP KHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #33: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 26.646852 KDa
配列文字列: VKELLEAGVH FGHERKRWNP KFARYIYAER NGIHIIDLQK TMEELERTFR FIEDLAMRGG TILFVGTKKQ AQDIVRMEAE RAGMPYVNQ RWLGGMLTNF KTISQRVHRL EELEALFASP EIEERPKKEQ VRLKHELERL QKYLSGFRLL KRLPDAIFVV D PTKEAIAV ...文字列:
VKELLEAGVH FGHERKRWNP KFARYIYAER NGIHIIDLQK TMEELERTFR FIEDLAMRGG TILFVGTKKQ AQDIVRMEAE RAGMPYVNQ RWLGGMLTNF KTISQRVHRL EELEALFASP EIEERPKKEQ VRLKHELERL QKYLSGFRLL KRLPDAIFVV D PTKEAIAV REARKLFIPV IALADTDSDP DLVDYIIPGN DDAIRSIQLI LSRAVDLIIQ ARGGVVEPSP SYA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #34: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 22.86243 KDa
配列文字列: GNKIHPIGFR LGITRDWESR WYAGKKQYRH LLLEDQRIRG LLEKELYSAG LARVDIERAA DNVAVTVHVA KPGVVIGRGG ERIRVLREE LAKLTGKNVA LNVQEVQNPN LSAPLVAQRV AEQIERRFAV RRAIKQAVQR VMESGAKGAK VIVSGRIGGA E QARTEWAA ...文字列:
GNKIHPIGFR LGITRDWESR WYAGKKQYRH LLLEDQRIRG LLEKELYSAG LARVDIERAA DNVAVTVHVA KPGVVIGRGG ERIRVLREE LAKLTGKNVA LNVQEVQNPN LSAPLVAQRV AEQIERRFAV RRAIKQAVQR VMESGAKGAK VIVSGRIGGA E QARTEWAA QGRVPLHTLR ANIDYGFALA RTTYGVLGVK AYIFLGEV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #35: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 24.242254 KDa
配列文字列: GRYIGPVCRL CRREGVKLYL KGERCYSPKC AMERRPYPPG QHGQKRARRP SDYAVRLREK QKLRRIYGIS ERQFRNLFEE ASKKKGVTG SVFLGLLESR LDNVVYRLGF AVSRRQARQL VRHGHITVNG RRVDLPSYRV RPGDEIAVAE KSRNLELIRQ N LEAMKGRK ...文字列:
GRYIGPVCRL CRREGVKLYL KGERCYSPKC AMERRPYPPG QHGQKRARRP SDYAVRLREK QKLRRIYGIS ERQFRNLFEE ASKKKGVTG SVFLGLLESR LDNVVYRLGF AVSRRQARQL VRHGHITVNG RRVDLPSYRV RPGDEIAVAE KSRNLELIRQ N LEAMKGRK VGPWLSLDVE GMKGKFLRLP DREDLALPVN EQLVIEFYSR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #36: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 16.144848 KDa
配列文字列:
DFEEKMILIR RTARMQAGGR RFRFGALVVV GDRQGRVGLG FGKAPEVPLA VQKAGYYARR NMVEVPLQNG TIPHEIEVEF GASKIVLKP AAPGTGVIAG AVPRAILELA GVTDILTKEL GSRNPINIAY ATMEALRQLR TKADVERLR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 11.917675 KDa
配列文字列:
MRRYEVNIVL NPNLDQSQLA LEKEIIQRAL ENYGARVEKV EELGLRRLAY PIAKDPQGYF LWYQVEMPED RVNDLARELR IRDNVRRVM VVKSQEPFLA N

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 17.919775 KDa
配列文字列:
ARRRRAEVRQ LQPDLVYGDV LVTAFINKIM RDGKKNLAAR IFYDACKIIQ EKTGQEPLKV FKQAVENVKP RMEVRSRRVG GANYQVPME VSPRRQQSLA LRWLVQAANQ RPERRAAVRI AHELMDAAEG KGGAVKKKED VERMAEANRA YAHYRW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 15.737372 KDa
配列文字列:
LTDPIADMLT RIRNATRVYK ESTDVPASRF KEEILRILAR EGFIKGYERV DVDGKPYLRV YLKYGPRRQG PDPRPEQVIH HIRRISKPG RRVYVGVKEI PRVRRGLGIA ILSTSKGVLT DREARKLGVG GELICEVW

UniProtKB: 30S ribosomal protein S8

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 14.122225 KDa
配列文字列:
EQYYGTGRRK EAVARVFLRP GNGKVTVNGQ DFNEYFQGLV RAVAALEPLR AVDALGHFDA YITVRGGGKS GQIDAIKLGI ARALVQYNP DYRAKLKPLG FLTRDARVVE RKKYGKHKAR RAPQYSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 11.056838 KDa
配列文字列:
RIKLRGFDHK TLDASAQKIV EAARRSGAQV SGPIPLPTRV RRFTVIRGPF KHKDSREHFE LRTHNRLVDI INPNRKTIEQ LMTLDLPTG VEIEIKT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 12.032662 KDa
配列文字列:
QVASGRAYIH ASYNNTIVTI TDPDGNPITW SSGGVIGYKG SRKGTPYAAQ LAALDAAKKA MAYGMQSVDV IVRGTGAGRE QAIRALQAS GLQVKSIVDD TPVPHNGCRP KKKFR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 13.650211 KDa
配列文字列:
PTINQLVRKG REKVRKKSKV PALKGAPFRR GVCTVVRTVT PKKPNSALRK VAKVRLTSGY EVTAYIPGEG HNLQEHSVVL IRGGRVK(0TD)L PGVRYHIVRG VYDAAGVKDR KKSRSKYGTK KPK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 13.067221 KDa
配列文字列:
RIAGVEIPRN KRVDVALTYI YGIGKARAKE ALEKTGINPA TRVKDLTEAE VVRLREYVEN TWKLEGELRA EVAANIKRLM DIGCYRGLR HRRGLPVRGQ RTRTNARTRK GPRKT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 7.027529 KDa
配列文字列:
ARKALIEKAK RTPKFKVRAY TRCVRCGRAR SVYRFFGLCR ICLRELAHKG QLPGVRKASW

UniProtKB: 30S ribosomal protein S14 type Z

+
分子 #46: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 10.447213 KDa
配列文字列:
PITKEEKQKV IQEFARFPGD TGSTEVQVAL LTLRINRLSE HLKVHKKDHH SHRGLLMMVG QRRRLLRYLQ REDPERYRAL IEKLGIRG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 9.795354 KDa
配列文字列:
MVKIRLARFG SKHNPHYRIV VTDARRKRDG KYIEKIGYYD PRKTTPDWLK VDVERARYWL SVGAQPTDTA RRLLRQAGVF RQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 11.722904 KDa
配列文字列:
PKKVLTGVVV SDKMQKTVTV LVERQFPHPL YGKVIKRSKK YLAHDPEEKY KLGDVVEIIE SRPISKRKRF RVLRLVESGR MDLVEKYLI RRQNYESLSK

UniProtKB: 30S ribosomal protein S17

+
分子 #49: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 7.897451 KDa
配列文字列:
AKVKATLGEF DLRDYRNVEV LKRFLSETGK ILPRRRTGLS AKEQRILAKT IKRARILGLL PFTEKLVR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #50: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 9.455995 KDa
配列文字列:
PRSLKKGVFV DDHLLEKVLE LNAKGEKRLI KTWSRRSTIV PEMVGHTIAV YNGKQHVPVY ITENMVGHKL GEFAPTRTYR GHG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #51: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 10.876067 KDa
配列文字列:
PKRNLSALKR HRQSLKRRLR NKAKKSAIKT LSKKAIQLAQ EGKAEEALKI MRKAESLIDK AAKGSTLHKN AAARRKSRLM RKVRQLLEA AGAPLIGGG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #52: 30S ribosomal protein Thx

分子名称: 30S ribosomal protein Thx / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 2.831295 KDa
配列文字列:
GKGDRRTRRG KIWRGTYGKY RPR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bTHX

+
分子 #54: 50S ribosomal protein L1

分子名称: 50S ribosomal protein L1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 54 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 24.513211 KDa
配列文字列: KHGKRYRALL EKVDPNKVYT IDEAARLVKE LATAKFDETV EVHAKLGIDP RRSDQNVRGT VSLPHGLGKQ VRVLAIAKGE KIKEAEEAG ADYVGGEEII QKILDGWMDF DAVVATPDVG AVGSKLGRIL GPRGLLPNPK AGTVGFNIGE IIREIKAGRI E FRNDKTGA ...文字列:
KHGKRYRALL EKVDPNKVYT IDEAARLVKE LATAKFDETV EVHAKLGIDP RRSDQNVRGT VSLPHGLGKQ VRVLAIAKGE KIKEAEEAG ADYVGGEEII QKILDGWMDF DAVVATPDVG AVGSKLGRIL GPRGLLPNPK AGTVGFNIGE IIREIKAGRI E FRNDKTGA IHAPVGKASF PPEKLADNIR AFIRALEAHK PEGAKGTFLR SVYVTTTMGP SVRINPHS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL1

+
分子 #57: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 57 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #58: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 58 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

-
実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5uq7:
70S ribosome complex with dnaX mRNA stemloop and E-site tRNA ("in" conformation)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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