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- PDB-7pgr: The structure of human neurofibromin isoform 2 in closed conformation -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7pgr
タイトルThe structure of human neurofibromin isoform 2 in closed conformation
要素Neurofibromin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Neurofibromin / Cancer / GAP / Ras / Neurofibromatosis type 1
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / observational learning / Schwann cell migration / negative regulation of Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / amygdala development / negative regulation of mast cell proliferation / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission ...positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / observational learning / Schwann cell migration / negative regulation of Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / amygdala development / negative regulation of mast cell proliferation / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / mast cell apoptotic process / Schwann cell proliferation / vascular associated smooth muscle cell proliferation / mast cell proliferation / glutamate secretion, neurotransmission / negative regulation of Schwann cell proliferation / negative regulation of leukocyte migration / negative regulation of neurotransmitter secretion / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / positive regulation of adenylate cyclase activity / forebrain morphogenesis / hair follicle maturation / regulation of cell-matrix adhesion / regulation of blood vessel endothelial cell migration / smooth muscle tissue development / camera-type eye morphogenesis / cell communication / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / peripheral nervous system development / sympathetic nervous system development / myeloid leukocyte migration / myelination in peripheral nervous system / phosphatidylcholine binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / metanephros development / negative regulation of Ras protein signal transduction / phosphatidylethanolamine binding / regulation of bone resorption / collagen fibril organization / regulation of long-term synaptic potentiation / neural tube development / endothelial cell proliferation / forebrain astrocyte development / artery morphogenesis / pigmentation / regulation of postsynapse organization / negative regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of protein import into nucleus / adrenal gland development / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of GTPase activity / spinal cord development / Rac protein signal transduction / negative regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of endothelial cell proliferation / oligodendrocyte differentiation / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / negative regulation of astrocyte differentiation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / neuroblast proliferation / negative regulation of MAPK cascade / regulation of angiogenesis / Schwann cell development / negative regulation of stem cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of MAP kinase activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / skeletal muscle tissue development / positive regulation of endothelial cell proliferation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / GTPase activator activity / extracellular matrix organization / negative regulation of angiogenesis / osteoclast differentiation / liver development / positive regulation of GTPase activity / negative regulation of cell migration / stem cell proliferation / long-term synaptic potentiation / negative regulation of protein kinase activity / wound healing / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / brain development / visual learning / cerebral cortex development / cognition / osteoblast differentiation / Regulation of RAS by GAPs / protein import into nucleus / positive regulation of neuron apoptotic process / MAPK cascade / heart development / presynapse / cellular response to heat / actin cytoskeleton organization / fibroblast proliferation / regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
: / PH domain-like / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Divergent CRAL/TRIO domain ...: / PH domain-like / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Rho GTPase activation protein / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Naschberger, A. / Baradaran, R. / Carroni, M. / Rupp, B.
資金援助 オーストリア, 3件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation431042 オーストリア
Austrian Science FundP28395 オーストリア
Austrian Science FundI5152 オーストリア
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: The structure of neurofibromin isoform 2 reveals different functional states.
著者: Andreas Naschberger / Rozbeh Baradaran / Bernhard Rupp / Marta Carroni /
要旨: The autosomal dominant monogenetic disease neurofibromatosis type 1 (NF1) affects approximately one in 3,000 individuals and is caused by mutations in the NF1 tumour suppressor gene, leading to ...The autosomal dominant monogenetic disease neurofibromatosis type 1 (NF1) affects approximately one in 3,000 individuals and is caused by mutations in the NF1 tumour suppressor gene, leading to dysfunction in the protein neurofibromin (Nf1). As a GTPase-activating protein, a key function of Nf1 is repression of the Ras oncogene signalling cascade. We determined the human Nf1 dimer structure at an overall resolution of 3.3 Å. The cryo-electron microscopy structure reveals domain organization and structural details of the Nf1 exon 23a splicing isoform 2 in a closed, self-inhibited, Zn-stabilized state and an open state. In the closed conformation, HEAT/ARM core domains shield the GTPase-activating protein-related domain (GRD) so that Ras binding is sterically inhibited. In a distinctly different, open conformation of one protomer, a large-scale movement of the GRD occurs, which is necessary to access Ras, whereas Sec14-PH reorients to allow interaction with the cellular membrane. Zn incubation of Nf1 leads to reduced Ras-GAP activity with both protomers in the self-inhibited, closed conformation stabilized by a Zn binding site between the N-HEAT/ARM domain and the GRD-Sec14-PH linker. The transition between closed, self-inhibited states of Nf1 and open states provides guidance for targeted studies deciphering the complex molecular mechanism behind the widespread neurofibromatosis syndrome and Nf1 dysfunction in carcinogenesis.
履歴
登録2021年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22024年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13393
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
N: Neurofibromin
F: Neurofibromin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)639,6464
ポリマ－639,5152
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area10530 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area223430 Å2

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要素

#1: タンパク質 Neurofibromin / Neurofibromatosis-related protein NF-1


分子量: 319757.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NF1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P21359
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Homo-dimer of human Neurofibromin Isoform 2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.64 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130329 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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