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万見
- PDB-7okn: Structure of the outer-membrane core complex (inner ring) from a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7okn
タイトルStructure of the outer-membrane core complex (inner ring) from a conjugative type IV secretion system
要素
  • TraB
  • Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Type IV secretion system / F plasmid / outer-membrane core complex / conjugation
機能・相同性Type IV conjugative transfer system protein TraV / Type IV conjugative transfer system lipoprotein (TraV) / Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Amin, H. / Ilangovan, A. / Costa, T.R.D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust215164/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Architecture of the outer-membrane core complex from a conjugative type IV secretion system.
著者: Himani Amin / Aravindan Ilangovan / Tiago R D Costa /
要旨: Conjugation is one of the most important processes that bacteria utilize to spread antibiotic resistance genes among bacterial populations. Interbacterial DNA transfer requires a large double ...Conjugation is one of the most important processes that bacteria utilize to spread antibiotic resistance genes among bacterial populations. Interbacterial DNA transfer requires a large double membrane-spanning nanomachine called the type 4 secretion system (T4SS) made up of the inner-membrane complex (IMC), the outer-membrane core complex (OMCC) and the conjugative pilus. The iconic F plasmid-encoded T4SS has been central in understanding conjugation for several decades, however atomic details of its structure are not known. Here, we report the structure of a complete conjugative OMCC encoded by the pED208 plasmid from E. coli, solved by cryo-electron microscopy at 3.3 Å resolution. This 2.1 MDa complex has a unique arrangement with two radial concentric rings, each having a different symmetry eventually contributing to remarkable differences in protein stoichiometry and flexibility in comparison to other OMCCs. Our structure suggests that F-OMCC is a highly dynamic complex, with implications for pilus extension and retraction during conjugation.
履歴
登録2021年5月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-12962
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12962
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TraB
B: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
C: TraB
D: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
E: TraB
F: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
G: TraB
H: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
I: TraB
J: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
K: TraB
L: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
M: TraB
N: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
O: TraB
P: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
Q: TraB
R: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
S: TraB
T: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
U: TraB
V: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
W: TraB
X: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
Y: TraB
Z: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
a: TraB
b: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
c: TraB
d: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
e: TraB
f: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
g: TraB
h: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,185,42334
ポリマ－1,185,42334
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area117680 Å2
ΔGint-600 kcal/mol
Surface area152320 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
TraB


分子量: 48802.102 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TraB
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質
Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV


分子量: 20928.650 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TraV
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
遺伝子: traV, GND40_003952 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A753A8N9

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Outer-membrane core complex (inner ring) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.3 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74956 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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