PDB-4ws9: Crystal structure of sMAT N159G from Sulfolobus solfataricus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ws9

タイトル

Crystal structure of sMAT N159G from Sulfolobus solfataricus

要素

S-adenosylmethionine synthase

キーワード

TRANSFERASE / S-adenosylmethionine

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.803 Å

データ登録者

Wang, F. / Brady, E.L. / Singh, S. / Clinger, J.A. / Huber, T.D. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of sMAT N159G from Sulfolobus solfataricus.
著者: Brady, E.L. / Wang, F. / Singh, S. / Clinger, J.A. / Huber, T.D. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N.

履歴

登録	2014年10月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ws9.cif.gz	1.8 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ws9.ent.gz	1.5 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ws9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ws9_validation.pdf.gz	582.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ws9_full_validation.pdf.gz	709.6 KB	表示
XML形式データ	4ws9_validation.xml.gz	183.6 KB	表示
CIF形式データ	4ws9_validation.cif.gz	250.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/4ws9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/4ws9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4k0bS 4hpv 4l2z 4l7i S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4l2z-1 6s81-d 4hpv-1 4l4q-d 3mm9-d 3mmb-d 4l7i-1 3mm7-d 4k0b-1 6z9a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthase

B: S-adenosylmethionine synthase

C: S-adenosylmethionine synthase

D: S-adenosylmethionine synthase

E: S-adenosylmethionine synthase

F: S-adenosylmethionine synthase

G: S-adenosylmethionine synthase

H: S-adenosylmethionine synthase

I: S-adenosylmethionine synthase

J: S-adenosylmethionine synthase

K: S-adenosylmethionine synthase

L: S-adenosylmethionine synthase

ヘテロ分子

550 kDa, 12 ポリマー
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1

A: S-adenosylmethionine synthase

B: S-adenosylmethionine synthase

C: S-adenosylmethionine synthase

D: S-adenosylmethionine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
183 kDa, 4 ポリマー
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2

E: S-adenosylmethionine synthase

F: S-adenosylmethionine synthase

G: S-adenosylmethionine synthase

H: S-adenosylmethionine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
183 kDa, 4 ポリマー
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3

I: S-adenosylmethionine synthase

J: S-adenosylmethionine synthase

K: S-adenosylmethionine synthase

L: S-adenosylmethionine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
183 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	74.716, 289.202, 174.686
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.850, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F
7	1	chain G
8	1	chain H
9	1	chain I
10	1	chain J
11	1	chain K
12	1	chain L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	ILE	ILE	chain A	A	A	0 - 404	9 - 413
2	ARG	ARG	chain B	B	B	2 - 404	11 - 413
3	ILE	ILE	chain C	C	C	0 - 404	9 - 413
4	ARG	ARG	chain D	D	D	2 - 404	11 - 413
5	ILE	ILE	chain E	E	E	0 - 404	9 - 413
6	ARG	ARG	chain F	F	F	2 - 404	11 - 413
7	ILE	ILE	chain G	G	G	0 - 404	9 - 413
8	ARG	ARG	chain H	H	H	2 - 404	11 - 413
9	ILE	ILE	chain I	I	I	0 - 404	9 - 413
10	ARG	ARG	chain J	J	J	2 - 404	11 - 413
11	ILE	ILE	chain K	K	K	0 - 404	9 - 413
12	ARG	ARG	chain L	L	L	2 - 404	11 - 413

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase / AdoMet synthase / Methionine adenosyltransferase 分子量: 45692.238 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: mat, SSO0199 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q980S9, methionine adenosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 942 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.1M-1.6M LiSO4, 0.1M TRIS pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月16日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 134821 / % possible obs: 75.9 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 44.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.144 / R_pim(I) all: 0.079 / R_rim(I) all: 0.16 / R_sym value: 0.16 / Χ²: 0.512 / Net I/av σ(I): 5.105 / Net I/σ(I): 4.4 / Num. measured all: 527284

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_rim(I) all
2.8-2.85	3.9	0.879	5005	0.606	0.476	0.567	56.3
2.85-2.9	4	0.75	5081	0.684	0.404	0.56	57.5	0.856
2.9-2.96	4.1	0.708	5184	0.716	0.381	0.574	58.5	0.807
2.96-3.02	4.1	0.631	5315	0.763	0.341	0.578	60	0.721
3.02-3.08	4.1	0.555	5421	0.791	0.301	0.59	61.3	0.633
3.08-3.15	4	0.482	5603	0.829	0.262	0.598	63.2	0.551
3.15-3.23	4	0.456	5737	0.859	0.248	0.594	64.4	0.521
3.23-3.32	4	0.376	5859	0.876	0.205	0.595	66.5	0.43
3.32-3.42	4	0.278	6017	0.934	0.153	0.599	67.4	0.319
3.42-3.53	3.9	0.237	6157	0.945	0.131	0.602	69.8	0.272
3.53-3.65	3.9	0.187	6450	0.966	0.104	0.562	72.9	0.215
3.65-3.8	3.8	0.167	6746	0.973	0.093	0.549	75.9	0.192
3.8-3.97	3.7	0.137	7198	0.978	0.077	0.503	81	0.158
3.97-4.18	3.6	0.114	7599	0.986	0.065	0.486	85.6	0.132
4.18-4.44	3.7	0.097	7990	0.991	0.055	0.44	90.1	0.112
4.44-4.78	3.7	0.086	8269	0.994	0.048	0.442	93.5	0.099
4.78-5.26	3.8	0.091	8585	0.993	0.051	0.445	96.3	0.105
5.26-6.02	3.9	0.102	8738	0.99	0.056	0.427	98.4	0.117
6.02-7.56	4.1	0.087	8909	0.993	0.048	0.416	99.7	0.1
7.56-30	4.2	0.045	8958	0.99	0.025	0.382	99.7	0.052

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.9	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4K0B

4k0b

解像度: 2.803→30 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2558	1527	1.13 %	Random selection
R_work	0.2209	133058	-	-
obs	0.2213	134585	75.64 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 380.2 Å² / B_iso mean: 53.4169 Å² / B_iso min: 10.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.803→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	36534	0	90	942	37566
B_iso mean	-	-	129.58	44.04	-
残基数	-	-	-	-	4698

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	37122
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.615	50226
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	5898
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	6462
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.883	13998

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	22907	X-RAY DIFFRACTION	9.057	TORSIONAL
1	2	B	22907	X-RAY DIFFRACTION	9.057	TORSIONAL
1	3	C	22907	X-RAY DIFFRACTION	9.057	TORSIONAL
1	4	D	22907	X-RAY DIFFRACTION	9.057	TORSIONAL
1	5	E	22907	X-RAY DIFFRACTION	9.057	TORSIONAL
1	6	F	22907	X-RAY DIFFRACTION	9.057	TORSIONAL
1	7	G	22907	X-RAY DIFFRACTION	9.057	TORSIONAL
1	8	H	22907	X-RAY DIFFRACTION	9.057	TORSIONAL
1	9	I	22907	X-RAY DIFFRACTION	9.057	TORSIONAL
1	10	J	22907	X-RAY DIFFRACTION	9.057	TORSIONAL
1	11	K	22907	X-RAY DIFFRACTION	9.057	TORSIONAL
1	12	L	22907	X-RAY DIFFRACTION	9.057	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.8035-2.8939	0.378	99	0.3281	8589	8688	54
2.8939-2.9972	0.3247	111	0.3136	9390	9501	59
2.9972-3.1171	0.3685	110	0.3066	9835	9945	62
3.1171-3.2588	0.3256	135	0.3085	10262	10397	65
3.2588-3.4304	0.3138	121	0.2745	10757	10878	67
3.4304-3.645	0.2766	126	0.2498	11361	11487	71
3.645-3.9259	0.2452	149	0.2373	12450	12599	78
3.9259-4.3199	0.2694	151	0.2018	13791	13942	87
4.3199-4.9426	0.2111	147	0.1722	14943	15090	93
4.9426-6.218	0.2362	181	0.1974	15702	15883	98
6.218-30.0168	0.199	197	0.1744	15978	16175	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5688	0.6057	-0.6993	3.028	-0.2306	3.4005	-0.064	0.0918	0.0636	-0.2113	0.0454	0.1651	-0.042	-0.1162	0.0231	0.1433	0.0589	-0.0367	0.3112	-0.0124	0.4121	-74.0968	-52.412	14.4219
2	0.6212	0.4094	-0.1196	2.5624	0.0295	3.1738	-0.0256	-0.0039	-0.0941	-0.2081	-0.0697	-0.4384	0.2742	0.4823	0.0464	0.1919	0.1845	0.0441	0.4376	0.0765	0.4964	-50.0593	-56.0841	18.9902
3	0.3344	-0.151	-0.1845	2.1355	-0.3296	3.5554	-0.0024	-0.1213	-0.0034	0.5556	-0.0227	-0.1653	0.1336	0.3229	0.0298	0.6002	0.072	-0.0358	0.4203	0.0783	0.4031	-58.0022	-54.4982	68.9728
4	0.4918	-0.3853	-0.1445	2.4704	0.2234	3.1515	-0.0009	-0.1452	0.0098	0.3864	-0.075	0.4205	0.2112	-0.4155	0.0367	0.4577	-0.0814	0.1012	0.4253	-0.0397	0.5053	-82.3261	-54.52	64.3145
5	0.4103	0.1236	-0.0123	3.1307	-0.1349	3.7017	0.0026	0.0262	0.0462	-0.3133	-0.0021	-0.0732	-0.2214	0.1984	0.0039	0.0058	0.0416	-0.0211	0.3237	-0.0355	0.3552	-82.5485	-101.6391	-11.6677
6	0.6396	0.2305	-0.0946	2.5132	-0.0955	2.1228	0.0962	0.0236	0.1232	-0.1814	-0.1134	0.4378	-0.3434	-0.5509	-0.0344	0.062	0.1729	-0.024	0.4925	-0.0613	0.5072	-107.1542	-103.3892	-13.7045
7	0.7255	0.0249	-0.4366	3.9321	0.0047	2.5745	0.0024	-0.0185	-0.0487	0.6868	-0.1027	0.4035	0.5643	-0.3386	0.0982	0.3228	-0.1353	0.126	0.4683	-0.069	0.4058	-107.3648	-147.7841	10.4216
8	1.089	0.0829	-0.4339	2.9525	-0.1289	2.1847	0.0178	-0.1604	-0.0713	0.8183	0.0104	-0.3772	0.4442	0.2453	0.0285	0.7709	-0.0287	-0.1631	0.289	-0.0084	0.3106	-83.4031	-144.3427	15.5193
9	0.6333	0.0832	-0.4737	3.2733	0.1367	2.6701	-0.0634	0.1085	-0.0764	-0.3217	-0.0427	-0.2807	0.1723	0.4291	0.12	0.7118	-0.0196	0.0902	0.5503	0.0479	0.3883	-96.5487	-146.4829	76.7841
10	1.0219	-0.232	-0.3877	2.1641	0.1041	2.3487	-0.0158	0.2028	-0.1048	-0.7695	0.0738	0.3106	0.375	-0.2623	0.0802	0.9873	-0.0614	-0.1079	0.4312	-0.0407	0.3112	-120.8403	-146.1013	71.9907
11	0.7303	-0.2525	0.1503	2.3991	0.4989	2.9981	-0.1683	0.0266	0.1563	-0.2582	0.0813	0.1736	-0.6674	-0.1844	0.0168	0.7426	0.0131	-0.1157	0.3593	0.0813	0.3633	-126.5631	-103.0968	98.2664
12	1.0296	-0.2158	0.1088	2.2177	0.4329	2.1875	-0.0332	0.0302	0.2379	-0.3572	0.0716	-0.2824	-0.754	0.5336	0.072	0.8122	-0.2738	0.0309	0.4422	0.0577	0.4061	-101.9057	-101.8834	100.0187

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 0 through 404)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 2 through 500)	B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 0 through 404)	C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 2 through 404)	D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 0 through 404)	E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 2 through 500)	F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'G' and resid 0 through 404)	G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'H' and resid 2 through 404)	H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain 'I' and resid 0 through 404)	I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain 'J' and resid 2 through 500)	J
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain 'K' and resid 0 through 404)	K
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain 'L' and resid 2 through 404)	L

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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