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万見
- EMDB-12962: Structure of the outer-membrane core complex (inner ring) from a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12962
タイトルStructure of the outer-membrane core complex (inner ring) from a conjugative type IV secretion system
マップデータStructure of the outer-membrane core complex (inner ring) from a conjugative type IV secretion system
試料
  • 複合体: Outer-membrane core complex (inner ring)
    • タンパク質・ペプチド: TraB
    • タンパク質・ペプチド: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
機能・相同性Type IV conjugative transfer system protein TraV / Type IV conjugative transfer system lipoprotein (TraV) / Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Amin H / Ilangovan A / Costa TRD
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust215164/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Architecture of the outer-membrane core complex from a conjugative type IV secretion system.
著者: Himani Amin / Aravindan Ilangovan / Tiago R D Costa /
要旨: Conjugation is one of the most important processes that bacteria utilize to spread antibiotic resistance genes among bacterial populations. Interbacterial DNA transfer requires a large double ...Conjugation is one of the most important processes that bacteria utilize to spread antibiotic resistance genes among bacterial populations. Interbacterial DNA transfer requires a large double membrane-spanning nanomachine called the type 4 secretion system (T4SS) made up of the inner-membrane complex (IMC), the outer-membrane core complex (OMCC) and the conjugative pilus. The iconic F plasmid-encoded T4SS has been central in understanding conjugation for several decades, however atomic details of its structure are not known. Here, we report the structure of a complete conjugative OMCC encoded by the pED208 plasmid from E. coli, solved by cryo-electron microscopy at 3.3 Å resolution. This 2.1 MDa complex has a unique arrangement with two radial concentric rings, each having a different symmetry eventually contributing to remarkable differences in protein stoichiometry and flexibility in comparison to other OMCCs. Our structure suggests that F-OMCC is a highly dynamic complex, with implications for pilus extension and retraction during conjugation.
履歴
登録2021年5月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月1日-
マップ公開2021年12月1日-
更新2021年12月8日-
現状2021年12月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.265
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.265
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7okn
  • 表面レベル: 0.265
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7okn
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12962.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12962.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the outer-membrane core complex (inner ring) from a conjugative type IV secretion system
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.265 / ムービー #1: 0.265
最小 - 最大-1.0604223 - 1.7782656
平均 (標準偏差)0.0010338143 (±0.041397203)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 528.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z528.000528.000528.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-1.0601.7780.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Outer-membrane core complex (inner ring)

全体名称: Outer-membrane core complex (inner ring)
要素
  • 複合体: Outer-membrane core complex (inner ring)
    • タンパク質・ペプチド: TraB
    • タンパク質・ペプチド: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV

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超分子 #1: Outer-membrane core complex (inner ring)

超分子名称: Outer-membrane core complex (inner ring) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: TraB

分子名称: TraB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: TraB / コピー数: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌)
分子量理論値: 48.802102 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MANVNKVVRR RQVALLIALV LGIGAGGAGT WMVSEMNLKK APPAKAPKGE PAPDMTGVVN QSFDNKVQRS AIAEAQRLNK ETQTEIKKL RTEMGLVSRD LKGSQDRIRE LEDQNQLLQT QLEAGKNFDS LSAEPLPGAL ASQGKPAPAG NVPPPTSFWP A GGGQAPAA ...文字列:
MANVNKVVRR RQVALLIALV LGIGAGGAGT WMVSEMNLKK APPAKAPKGE PAPDMTGVVN QSFDNKVQRS AIAEAQRLNK ETQTEIKKL RTEMGLVSRD LKGSQDRIRE LEDQNQLLQT QLEAGKNFDS LSAEPLPGAL ASQGKPAPAG NVPPPTSFWP A GGGQAPAA PVMTPIQRPG MMDSQEFSLP DTGPKKPRFP WISSGSFVEA IVVEGADANA SVTGDKNTAP MQLRLTGKVQ MP NDEEFDL TGCFVTLEAW GDVSSERAIV RSRSISCKLG DDDIDQKIAG HVSFMGKNGI KGEVVMRNGQ ILLYAGGAGF LDG IGKGIE KASSTTVGVG ATASMSAADI GQAGLGGGVS SAAKTLSDYY IKRAEQYHPV IPIGAGNEVT LVFQDGFQLE TLEE ARAKA AARKKQNQPS ASSTPAAMPG NTPDMLKQLQ DFRVGDTVDP ATGQVVTQWS HPQFEK

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分子 #2: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV

分子名称: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: TraV / コピー数: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌)
分子量理論値: 20.92865 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKITLLLAG SALLLSGCAG VKSSFDCDAT TSDTCMTMTK ANQLARDKAA KQAGKPAAGG LPSLVNLPAT SAVEVPSASR SAVTPPSGT RTVSTTPPVS AGTSAGVNTN TTTSTLTPRP VAGTPVTTTP SSVAYRPVVS VVTPTPSCQN VRCDNPGTVH P QRSRDQIA ...文字列:
MKKITLLLAG SALLLSGCAG VKSSFDCDAT TSDTCMTMTK ANQLARDKAA KQAGKPAAGG LPSLVNLPAT SAVEVPSASR SAVTPPSGT RTVSTTPPVS AGTSAGVNTN TTTSTLTPRP VAGTPVTTTP SSVAYRPVVS VVTPTPSCQN VRCDNPGTVH P QRSRDQIA TVWIAPWVDS DNAFHQPGRV SFVVSPADWV LPARVN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 74956
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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