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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n64 | ||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Spike (2P) in complex with G32R7 Fab (RBD and NTD local reconstruction) | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/Immune System / coronavirus / antibody / epitope / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||
![]() | Windsor, I.W. / Jenni, S. / Tong, P. / Gautam, A.K. / Wesemann, D.R. / Harrison, S.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Memory B cell repertoire for recognition of evolving SARS-CoV-2 spike. 著者: Pei Tong / Avneesh Gautam / Ian Windsor / Meghan Travers / Yuezhou Chen / Nicholas Garcia / Noah B Whiteman / Lindsay G A McKay / Felipe J N Lelis / Shaghayegh Habibi / Yongfei Cai / Linda J ...著者: Pei Tong / Avneesh Gautam / Ian Windsor / Meghan Travers / Yuezhou Chen / Nicholas Garcia / Noah B Whiteman / Lindsay G A McKay / Felipe J N Lelis / Shaghayegh Habibi / Yongfei Cai / Linda J Rennick / W Paul Duprex / Kevin R McCarthy / Christy L Lavine / Teng Zuo / Junrui Lin / Adam Zuiani / Jared Feldman / Elizabeth A MacDonald / Blake M Hauser / Anthony Griffths / Michael S Seaman / Aaron G Schmidt / Bing Chen / Donna Neuberg / Goran Bajic / Stephen C Harrison / Duane R Wesemann / ![]() 要旨: Memory B cell reserves can generate protective antibodies against repeated SARS-CoV-2 infections, but with an unknown reach from original infection to antigenically drifted variants. We charted ...Memory B cell reserves can generate protective antibodies against repeated SARS-CoV-2 infections, but with an unknown reach from original infection to antigenically drifted variants. We charted memory B cell receptor-encoded monoclonal antibodies (mAbs) from 19 COVID-19 convalescent subjects against SARS-CoV-2 spike (S) and found 7 major mAb competition groups against epitopes recurrently targeted across individuals. Inclusion of published and newly determined structures of mAb-S complexes identified corresponding epitopic regions. Group assignment correlated with cross-CoV-reactivity breadth, neutralization potency, and convergent antibody signatures. mAbs that competed for binding the original S isolate bound differentially to S variants, suggesting the protective importance of otherwise-redundant recognition. The results furnish a global atlas of the S-specific memory B cell repertoire and illustrate properties conferring robustness against emerging SARS-CoV-2 variants. #1: ![]() タイトル: Memory B Cell Repertoire for Recognition of Evolving SARS-CoV-2 Spike 著者: Tong, P. / Gautam, A.K. / Windsor, I.W. / Bajic, G. / Harrison, S.C. / Wesemann, D.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 207.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 148.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 141297.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): expi293F / 発現宿主: ![]() |
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-抗体 , 2種, 2分子 HL
#2: 抗体 | 分子量: 25235.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#3: 抗体 | 分子量: 23369.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-糖 , 3種, 4分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#5: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#6: 糖 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: SARS-CoV-2 Spike in complex with G32R7 Fab / タイプ: COMPLEX 詳細: B cell receptor was sequenced from memory B cell of SARS-CoV-2 convalescent human patient and express as Fab. SARS-CoV2-2 surface protein (with 2P stabilizing mutations) was expressed as soluble ectodomain. Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 88 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 1.8 sec. / 電子線照射量: 56.3 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1373975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 176303 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 95.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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