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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kmt | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the yeast TRAPPIII-Ypt1(Rab1) complex | |||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / GTPase / GEF / ER / Golgi / Autophagy | |||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Cvt vesicle assembly / pre-mRNA catabolic process / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Golgi vesicle docking / regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / Golgi vesicle budding / RAB geranylgeranylation / TRAPPI protein complex / SNARE complex disassembly / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs ...Cvt vesicle assembly / pre-mRNA catabolic process / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Golgi vesicle docking / regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / Golgi vesicle budding / RAB geranylgeranylation / TRAPPI protein complex / SNARE complex disassembly / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / early endosome to Golgi transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPII-coated vesicle budding / COPII-mediated vesicle transport / cis-Golgi network membrane / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / pexophagy / protein localization to phagophore assembly site / intra-Golgi vesicle-mediated transport / phagophore assembly site membrane / Golgi stack / piecemeal microautophagy of the nucleus / cis-Golgi network / protein-containing complex localization / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endocytic recycling / retrograde transport, endosome to Golgi / phagophore assembly site / cellular response to nitrogen starvation / reticulophagy / SNARE complex assembly / sporulation resulting in formation of a cellular spore / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / chromosome organization / endomembrane system / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / SNARE binding / meiotic cell cycle / intracellular protein transport / macroautophagy / trans-Golgi network / cytoplasmic vesicle / protein-containing complex assembly / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Joiner, A.M.N. / Phillips, B.P. / Miller, E.A. / Fromme, J.C. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 英国, 10件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2021 タイトル: Structural basis of TRAPPIII-mediated Rab1 activation. 著者: Aaron Mn Joiner / Ben P Phillips / Kumar Yugandhar / Ethan J Sanford / Marcus B Smolka / Haiyuan Yu / Elizabeth A Miller / J Christopher Fromme / 要旨: The GTPase Rab1 is a master regulator of the early secretory pathway and is critical for autophagy. Rab1 activation is controlled by its guanine nucleotide exchange factor, the multisubunit TRAPPIII ...The GTPase Rab1 is a master regulator of the early secretory pathway and is critical for autophagy. Rab1 activation is controlled by its guanine nucleotide exchange factor, the multisubunit TRAPPIII complex. Here, we report the 3.7 Å cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae TRAPPIII complex bound to its substrate Rab1/Ypt1. The structure reveals the binding site for the Rab1/Ypt1 hypervariable domain, leading to a model for how the complex interacts with membranes during the activation reaction. We determined that stable membrane binding by the TRAPPIII complex is required for robust activation of Rab1/Ypt1 in vitro and in vivo, and is mediated by a conserved amphipathic α-helix within the regulatory Trs85 subunit. Our results show that the Trs85 subunit serves as a membrane anchor, via its amphipathic helix, for the entire TRAPPIII complex. These findings provide a structural understanding of Rab activation on organelle and vesicle membranes. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kmt.cif.gz | 349.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kmt.ent.gz | 274.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kmt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kmt_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kmt_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7kmt_validation.xml.gz | 61.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kmt_validation.cif.gz | 93.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/7kmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/7kmt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Trafficking protein particle complex subunit ... , 6種, 7分子 HJGIFEK
#1: タンパク質 | 分子量: 24889.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TRS23, YDR246W, YD8419.13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03784 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 31755.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TRS31, YDR472W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03337 | ||||
#3: タンパク質 | 分子量: 18453.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: BET5, YML077W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03630 | ||||
#4: タンパク質 | 分子量: 22152.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: BET3, YKR068C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36149 #5: タンパク質 | | 分子量: 30786.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TRS33, YOR115C, O3251, YOR3251C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99394 #6: タンパク質 | | 分子量: 19721.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TRS20, YBR254C, YBR1722 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38334 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#7: タンパク質 | 分子量: 23240.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: YPT1, YP2, YFL038C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01123 |
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#8: タンパク質 | 分子量: 82850.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TRS85, GSG1, MUM1, YDR108W, YD9727.04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46944 |
-非ポリマー , 1種, 2分子
#9: 化合物 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TRAPPIII-Ypt1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: Either 0.02% Tween-20 or 0.025% amphipol A8-35 was added before application of the sample to the grid. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company / モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||||||||||||||||||
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EM imaging |
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撮影 |
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電子光学装置 |
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-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 69315 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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