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万見
- PDB-7k08: Cryo-EM structure of the nonameric EscV cytosolic domain from the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k08
タイトルCryo-EM structure of the nonameric EscV cytosolic domain from the type III secretion system
要素Translocator EscV
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Injectisome / Nonamer / Export Apparatus / Secretion
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type III secretion protein HrcV / FHIPEP conserved site / Bacterial export FHIPEP family signature. / Type III secretion system FHIPEP / FHIPEP, domain 3 / FHIPEP, domain 4 / FHIPEP family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli O127:H6 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Majewski, D.D. / Lyons, B.J.E. / Atkinson, C.E. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 3件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) カナダ
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM analysis of the SctV cytosolic domain from the enteropathogenic E. coli T3SS injectisome.
著者: Dorothy D Majewski / Bronwyn J E Lyons / Claire E Atkinson / Natalie C J Strynadka /
要旨: The bacterial injectisome and flagella both rely on type III secretion systems for their assembly. The syringe-like injectisome creates a continuous channel between the bacterium and the host cell, ...The bacterial injectisome and flagella both rely on type III secretion systems for their assembly. The syringe-like injectisome creates a continuous channel between the bacterium and the host cell, through which signal-modulating effector proteins are secreted. The inner membrane pore protein SctV controls the hierarchy of substrate selection and may also be involved in energizing secretion. We present the 4.7 Å cryo-EM structure of the SctV cytosolic domain (SctV) from the enteropathogenic Escherichia coli injectisome. SctV forms a nonameric ring with primarily electrostatic interactions between its subunits. Molecular dynamics simulations show that monomeric SctV maintains a closed conformation, in contrast with previous studies on flagellar homologue FlhA. Comparison with substrate-bound homologues suggest that a conformational change would be required to accommodate binding partners.
履歴
登録2020年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22589
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22589
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translocator EscV
B: Translocator EscV
C: Translocator EscV
D: Translocator EscV
E: Translocator EscV
F: Translocator EscV
G: Translocator EscV
H: Translocator EscV
I: Translocator EscV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)351,7359
ポリマ－351,7359
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area16110 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area131650 Å2

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要素

#1: タンパク質
Translocator EscV


分子量: 39081.633 Da / 分子数: 9 / 断片: cytosolic domain (UNP residues 338-675) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC / 遺伝子: escV, E2348C_3949 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7UMA7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: EscV Cytosolic Nonamer Ring / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.35 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C9 (9回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 83566 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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