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- PDB-7fde: CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, Oxr1 bound V1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fde
タイトルCryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, Oxr1 bound V1
要素
  • (V-type proton ATPase subunit ...) x 6
  • Oxidation resistance protein 1
  • Yeast Vacuolar ATPase A subunit
キーワードMOTOR PROTEIN / ATPase / proton pump / rotary motor enzyme / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuole-mitochondrion membrane contact site / protein retention in Golgi apparatus / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / proteasome storage granule assembly / protein-containing complex disassembly / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain ...vacuole-mitochondrion membrane contact site / protein retention in Golgi apparatus / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / proteasome storage granule assembly / protein-containing complex disassembly / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / endosomal lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase complex / pexophagy / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / ATP metabolic process / Neutrophil degranulation / proton transmembrane transport / transmembrane transport / intracellular calcium ion homeostasis / cytoplasmic stress granule / response to oxidative stress / membrane raft / Golgi membrane / mitochondrion / ATP binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TLDc domain / TLDc domain / TLDc domain profile. / domain in TBC and LysM domain containing proteins / Helix Hairpins - #3240 / ATP synthase, E subunit, C-terminal / hypothetical protein PF0899 fold / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C ...TLDc domain / TLDc domain / TLDc domain profile. / domain in TBC and LysM domain containing proteins / Helix Hairpins - #3240 / ATP synthase, E subunit, C-terminal / hypothetical protein PF0899 fold / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C / ATPase, V1 complex, subunit B / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / V-type ATPase subunit E / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / : / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Helix Hairpins / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase subunit B / V-type proton ATPase subunit E / V-type proton ATPase subunit C / V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit F / Oxidation resistance protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Khan, M.M. / Lee, S. / Oot, R.A. / Couoh-Cardel, S. / KIm, H. / Wilkens, S. / Roh, S.H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM058600 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA228340 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM141908 米国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2022
タイトル: Oxidative stress protein Oxr1 promotes V-ATPase holoenzyme disassembly in catalytic activity-independent manner.
著者: Md Murad Khan / Seowon Lee / Sergio Couoh-Cardel / Rebecca A Oot / Hyunmin Kim / Stephan Wilkens / Soung-Hun Roh /
要旨: The vacuolar ATPase (V-ATPase) is a rotary motor proton pump that is regulated by an assembly equilibrium between active holoenzyme and autoinhibited V -ATPase and V proton channel subcomplexes. ...The vacuolar ATPase (V-ATPase) is a rotary motor proton pump that is regulated by an assembly equilibrium between active holoenzyme and autoinhibited V -ATPase and V proton channel subcomplexes. Here, we report cryo-EM structures of yeast V-ATPase assembled in vitro from lipid nanodisc reconstituted V and mutant V . Our analysis identified holoenzymes in three active rotary states, indicating that binding of V to V provides sufficient free energy to overcome V autoinhibition. Moreover, the structures suggest that the unequal spacing of V 's proton-carrying glutamic acid residues serves to alleviate the symmetry mismatch between V and V motors, a notion that is supported by mutagenesis experiments. We also uncover a structure of free V bound to Oxr1, a conserved but poorly characterized factor involved in the oxidative stress response. Biochemical experiments show that Oxr1 inhibits V -ATPase and causes disassembly of the holoenzyme, suggesting that Oxr1 plays a direct role in V-ATPase regulation.
履歴
登録2021年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31541
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: V-type proton ATPase subunit C
G: V-type proton ATPase subunit E
H: V-type proton ATPase subunit G
A: Yeast Vacuolar ATPase A subunit
B: V-type proton ATPase subunit B
C: Yeast Vacuolar ATPase A subunit
D: V-type proton ATPase subunit B
E: Yeast Vacuolar ATPase A subunit
F: V-type proton ATPase subunit B
K: V-type proton ATPase subunit E
L: V-type proton ATPase subunit G
M: V-type proton ATPase subunit D
N: V-type proton ATPase subunit F
I: V-type proton ATPase subunit E
J: V-type proton ATPase subunit G
P: Oxidation resistance protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)615,34116
ポリマ－615,34116
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area66660 Å2
ΔGint-381 kcal/mol
Surface area213880 Å2

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要素

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V-type proton ATPase subunit ... , 6種, 12分子 OGKIHLJBDFMN

#1: タンパク質 V-type proton ATPase subunit C / V-ATPase subunit C


分子量: 44241.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P31412
#2: タンパク質 V-type proton ATPase subunit E / V-ATPase subunit E


分子量: 26508.393 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P22203
#3: タンパク質 V-type proton ATPase subunit G


分子量: 13735.680 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c
#5: タンパク質 V-type proton ATPase subunit B / V-ATPase subunit B


分子量: 57815.023 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P16140
#6: タンパク質 V-type proton ATPase subunit D / V-ATPase subunit D


分子量: 29235.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P32610
#7: タンパク質 V-type proton ATPase subunit F / V-ATPase subunit F


分子量: 13479.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P39111

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACEP

#4: タンパク質 Yeast Vacuolar ATPase A subunit


分子量: 67796.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c
#8: タンパク質 Oxidation resistance protein 1


分子量: 30818.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q08952

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1Oxr1 bound V1 subcomplex of Yeast Vacuolar ATPaseCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Yeast Vacuolar ATPase subunit CCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Yeast V-type proton ATPase subunitsCOMPLEX#2-#81NATURALV-ATPase subunits purified from natural source
分子量値: 0.6 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)559292
22Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)559292
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 20447
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19rc6_4061: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20447 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00240254
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48554387
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.4645466
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0396136
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0037063

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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