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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fdb | ||||||||||||
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タイトル | CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 | ||||||||||||
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![]() | MOTOR PROTEIN / ATPase / proton pump / rotary motor enzyme / membrane protein | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Blockage of phagosome acidification / Ion channel transport / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / intracellular pH reduction / vacuole-mitochondrion membrane contact site / cell wall mannoprotein biosynthetic process / Nef Mediated CD8 Down-regulation / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / protein localization to vacuolar membrane / cellular response to alkaline pH ...Blockage of phagosome acidification / Ion channel transport / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / intracellular pH reduction / vacuole-mitochondrion membrane contact site / cell wall mannoprotein biosynthetic process / Nef Mediated CD8 Down-regulation / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / protein localization to vacuolar membrane / cellular response to alkaline pH / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / synaptic vesicle lumen acidification / Golgi lumen acidification / proteasome storage granule assembly / Transferrin endocytosis and recycling / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / P-type proton-exporting transporter activity / lysosomal lumen acidification / pexophagy / clathrin-coated vesicle membrane / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / vacuolar transport / protein targeting to vacuole / vacuole organization / Amino acids regulate mTORC1 / proton-transporting V-type ATPase complex / fungal-type vacuole / ROS and RNS production in phagocytes / cellular hyperosmotic response / Nef Mediated CD4 Down-regulation / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / proton transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / transmembrane transporter complex / regulation of macroautophagy / enzyme regulator activity / ATP metabolic process / Neutrophil degranulation / Insulin receptor recycling / RNA endonuclease activity / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / cell periphery / transmembrane transport / intracellular calcium ion homeostasis / cytoplasmic stress granule / endocytosis / ATPase binding / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / endosome membrane / membrane raft / Golgi membrane / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | ||||||||||||
![]() | Khan, M.M. / Lee, S. / Oot, R.A. / Couoh-Cardel, S. / KIm, H. / Wilkens, S. / Roh, S.H. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Oxidative stress protein Oxr1 promotes V-ATPase holoenzyme disassembly in catalytic activity-independent manner. 著者: Md Murad Khan / Seowon Lee / Sergio Couoh-Cardel / Rebecca A Oot / Hyunmin Kim / Stephan Wilkens / Soung-Hun Roh / ![]() ![]() 要旨: The vacuolar ATPase (V-ATPase) is a rotary motor proton pump that is regulated by an assembly equilibrium between active holoenzyme and autoinhibited V -ATPase and V proton channel subcomplexes. ...The vacuolar ATPase (V-ATPase) is a rotary motor proton pump that is regulated by an assembly equilibrium between active holoenzyme and autoinhibited V -ATPase and V proton channel subcomplexes. Here, we report cryo-EM structures of yeast V-ATPase assembled in vitro from lipid nanodisc reconstituted V and mutant V . Our analysis identified holoenzymes in three active rotary states, indicating that binding of V to V provides sufficient free energy to overcome V autoinhibition. Moreover, the structures suggest that the unequal spacing of V 's proton-carrying glutamic acid residues serves to alleviate the symmetry mismatch between V and V motors, a notion that is supported by mutagenesis experiments. We also uncover a structure of free V bound to Oxr1, a conserved but poorly characterized factor involved in the oxidative stress response. Biochemical experiments show that Oxr1 inhibits V -ATPase and causes disassembly of the holoenzyme, suggesting that Oxr1 plays a direct role in V-ATPase regulation. | ||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Yeast Vacuolar ATPase ... , 3種, 5分子 ACEQf
#1: タンパク質 | 分子量: 67796.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: H+-transporting two-sector ATPase #9: タンパク質 | | 分子量: 95625.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P32563 #16: タンパク質 | | 分子量: 9369.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P0C5R9 |
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-V-type proton ATPase subunit ... , 11種, 24分子 BDFGIKHJLMNOSTUVWXYZabcd
#2: タンパク質 | 分子量: 57815.023 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P16140 #3: タンパク質 | 分子量: 26508.393 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P22203 #4: タンパク質 | 分子量: 13735.680 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c #5: タンパク質 | | 分子量: 29235.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P32610 #6: タンパク質 | | 分子量: 13479.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P39111 #7: タンパク質 | | 分子量: 44241.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: S288c / 遺伝子: VMA5 / 発現宿主: ![]() ![]() #10: タンパク質 | | 分子量: 39822.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P32366 #11: タンパク質 | | 分子量: 22610.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P23968 #12: タンパク質 | | 分子量: 17046.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P32842 #13: タンパク質 | 分子量: 16357.501 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P25515 #14: タンパク質 | | 分子量: 8387.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: Q3E7B6 |
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-タンパク質 , 2種, 2分子 Pe
#8: タンパク質 | 分子量: 53885.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: S288c / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#15: タンパク質 | 分子量: 29694.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P53262 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 1 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 42206 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19rc6_4061: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 42206 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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