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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7egm | ||||||
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タイトル | The SRM module of SWI/SNF-nucleosome complex | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Chromatin remodeler complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of mating type switching / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / aggrephagy / HDACs deacetylate histones / DNA strand invasion / rDNA binding / RSC-type complex / SUMOylation of chromatin organization proteins ...carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of mating type switching / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / aggrephagy / HDACs deacetylate histones / DNA strand invasion / rDNA binding / RSC-type complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / SWI/SNF complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / nuclear chromosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / ATP-dependent activity, acting on DNA / nucleosomal DNA binding / maturation of LSU-rRNA / cellular response to amino acid starvation / helicase activity / nucleotide-excision repair / lysine-acetylated histone binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / double-strand break repair via homologous recombination / chromatin DNA binding / DNA-templated DNA replication / structural constituent of chromatin / double-strand break repair / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / hydrolase activity / chromatin remodeling / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, Z.C. / Chen, K.J. / He, Z.Y. / Ye, Y.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021 タイトル: Structure of the SWI/SNF complex bound to the nucleosome and insights into the functional modularity. 著者: Zhenyu He / Kangjing Chen / Youpi Ye / Zhucheng Chen / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7egm.cif.gz | 517 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7egm.ent.gz | 374.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7egm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7egm_validation.pdf.gz | 760.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7egm_full_validation.pdf.gz | 794.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7egm_validation.xml.gz | 65.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7egm_validation.cif.gz | 99.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/7egm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/7egm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Transcription regulatory protein ... , 3種, 3分子 AHI
#1: タンパク質 | 分子量: 114311.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SNF2, GAM1, RIC1, SWI2, TYE3, YOR290C 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P22082, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 63947.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SNF12, SWP73, YNR023W, N3224 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P53628 |
#6: タンパク質 | 分子量: 37652.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SNF6, YHL025W 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P18888 |
-SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit ... , 2種, 2分子 BC
#2: タンパク質 | 分子量: 124885.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SWI1, ADR6, GAM3, YPL016W, LPA1 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P09547 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 103954.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SNF5, SWI10, TYE4, YBR289W, YBR2036 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P18480 |
-タンパク質 , 2種, 3分子 DEJ
#4: タンパク質 | 分子量: 94178.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SWI3, TYE2, YJL176C, J0495 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P32591 #7: タンパク質 | | 分子量: 71510.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SWP82, YFL049W 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P43554 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Substrate Recruitment Module of Chromatin remodeler complex SWI/SNF タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 210422 / 対称性のタイプ: POINT |