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万見
- PDB-7egm: The SRM module of SWI/SNF-nucleosome complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7egm
タイトルThe SRM module of SWI/SNF-nucleosome complex
要素
  • (SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit ...) x 2
  • (Transcription regulatory protein ...) x 3
  • SWI/SNF complex subunit SWI3
  • SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Chromatin remodeler complex
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite activation of transcription / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of mating type switching / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / histone H4 reader activity / aggrephagy / DNA strand invasion / HDACs deacetylate histones / rDNA binding / nucleosome array spacer activity ...carbon catabolite activation of transcription / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of mating type switching / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / histone H4 reader activity / aggrephagy / DNA strand invasion / HDACs deacetylate histones / rDNA binding / nucleosome array spacer activity / RSC-type complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / SUMOylation of chromatin organization proteins / SWI/SNF complex / nucleosomal DNA binding / nuclear chromosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / maturation of LSU-rRNA / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / cellular response to amino acid starvation / : / histone reader activity / nucleotide-excision repair / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / chromatin DNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA-templated DNA replication / structural constituent of chromatin / double-strand break repair / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / histone binding / hydrolase activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chromatin-remodelling complex, RSC SWI/SNF subunit Rsc7/Swp82 / Chromatin remodelling complex Rsc7/Swp82 subunit / : / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. ...Chromatin-remodelling complex, RSC SWI/SNF subunit Rsc7/Swp82 / Chromatin remodelling complex Rsc7/Swp82 subunit / : / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / SANT domain profile. / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Helicase conserved C-terminal domain / Homeobox-like domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1 / SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5 / Transcription regulatory protein SNF6 / Transcription regulatory protein SNF2 / SWI/SNF complex subunit SWI3 / SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82 / Transcription regulatory protein SNF12
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Chen, Z.C. / Chen, K.J. / He, Z.Y. / Ye, Y.P.
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021
タイトル: Structure of the SWI/SNF complex bound to the nucleosome and insights into the functional modularity.
著者: Zhenyu He / Kangjing Chen / Youpi Ye / Zhucheng Chen /
履歴
登録2021年3月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31136
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription regulatory protein SNF2
B: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1
C: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5
D: SWI/SNF complex subunit SWI3
H: Transcription regulatory protein SNF12
I: Transcription regulatory protein SNF6
J: SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82
E: SWI/SNF complex subunit SWI3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)704,6208
ポリマ－704,6208
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Transcription regulatory protein ... , 3種, 3分子 AHI

#1: タンパク質 Transcription regulatory protein SNF2 / ATP-dependent helicase SNF2 / Regulatory protein GAM1 / Regulatory protein SWI2 / SWI/SNF complex ...ATP-dependent helicase SNF2 / Regulatory protein GAM1 / Regulatory protein SWI2 / SWI/SNF complex component SNF2 / Transcription factor TYE3


分子量: 114311.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SNF2, GAM1, RIC1, SWI2, TYE3, YOR290C
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: P22082, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#5: タンパク質 Transcription regulatory protein SNF12 / SWI/SNF complex component SWP73


分子量: 63947.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SNF12, SWP73, YNR023W, N3224
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: P53628
#6: タンパク質 Transcription regulatory protein SNF6 / SWI/SNF complex component SNF6


分子量: 37652.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SNF6, YHL025W
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: P18888

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SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit ... , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質 SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1 / Regulatory protein GAM3 / SWI/SNF complex subunit SWI1 / Transcription regulatory protein ADR6 / ...Regulatory protein GAM3 / SWI/SNF complex subunit SWI1 / Transcription regulatory protein ADR6 / Transcription regulatory protein SWI1


分子量: 124885.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SWI1, ADR6, GAM3, YPL016W, LPA1
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: P09547
#3: タンパク質 SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5 / SWI/SNF complex subunit SNF5 / Transcription factor TYE4 / Transcription regulatory protein SNF5


分子量: 103954.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SNF5, SWI10, TYE4, YBR289W, YBR2036
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: P18480

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タンパク質 , 2種, 3分子 DEJ

#4: タンパク質 SWI/SNF complex subunit SWI3 / Transcription factor TYE2 / Transcription regulatory protein SWI3


分子量: 94178.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SWI3, TYE2, YJL176C, J0495
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: P32591
#7: タンパク質 SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82


分子量: 71510.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SWP82, YFL049W
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: P43554

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Substrate Recruitment Module of Chromatin remodeler complex SWI/SNF
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 210422 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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