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- EMDB-30285: Cryo-EM structure of the yeast Swi/Snf complex in a nucleosome fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30285
タイトルCryo-EM structure of the yeast Swi/Snf complex in a nucleosome free state
マップデータThe 2.9 angstrom EM map of the yeast Swi/Snf complex in a nucleosome free state
試料
  • 複合体: the yeast Swi/Snf complex
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
キーワードSWI/SNF remodeling / Swi-Snf complex / nucleosome / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite activation of transcription / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of mating type switching / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / histone H4 reader activity / aggrephagy / Platelet degranulation ...carbon catabolite activation of transcription / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of mating type switching / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / histone H4 reader activity / aggrephagy / Platelet degranulation / HDACs deacetylate histones / DNA strand invasion / rDNA binding / DNA translocase activity / nucleosome array spacer activity / RSC-type complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / nucleosome disassembly / SUMOylation of chromatin organization proteins / SWI/SNF complex / nucleosomal DNA binding / nuclear chromosome / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / maturation of LSU-rRNA / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / cellular response to amino acid starvation / histone reader activity / : / helicase activity / nucleotide-excision repair / chromosome segregation / transcription elongation by RNA polymerase II / double-strand break repair via homologous recombination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / chromatin DNA binding / DNA-templated DNA replication / structural constituent of chromatin / double-strand break repair / chromatin organization / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / histone binding / hydrolase activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chromatin-remodelling complex, RSC SWI/SNF subunit Rsc7/Swp82 / Chromatin remodelling complex Rsc7/Swp82 subunit / Transcription regulator protein Rtt102 / Rtt102p-like transcription regulator protein / : / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ ...Chromatin-remodelling complex, RSC SWI/SNF subunit Rsc7/Swp82 / Chromatin remodelling complex Rsc7/Swp82 subunit / Transcription regulator protein Rtt102 / Rtt102p-like transcription regulator protein / : / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / SANT domain profile. / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Actin / Actin family / Actin / Helicase conserved C-terminal domain / Homeobox-like domain superfamily / ATPase, nucleotide binding domain / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1 / SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5 / Transcription regulatory protein SNF6 / Transcription regulatory protein SNF2 / SWI/SNF complex subunit SWI3 / SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82 / Regulator of Ty1 transposition protein 102 / Transcription regulatory protein SNF12 / Actin-like protein ARP9 / Actin-related protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Wang CC / Guo ZY
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930059 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81920108015 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of the yeast Swi/Snf complex in a nucleosome free state.
著者: Chengcheng Wang / Zhouyan Guo / Xiechao Zhan / Fenghua Yang / Mingxuan Wu / Xiaofeng Zhang /
要旨: SWI/SNF remodelers play a key role in regulating chromatin architecture and gene expression. Here, we report the cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae Swi/Snf complex in a nucleosome-free ...SWI/SNF remodelers play a key role in regulating chromatin architecture and gene expression. Here, we report the cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae Swi/Snf complex in a nucleosome-free state. The structure consists of a stable triangular base module and a flexible Arp module. The conserved subunits Swi1 and Swi3 form the backbone of the complex and closely interact with other components. Snf6, which is specific for yeast Swi/Snf complex, stabilizes the binding of the ATPase-containing subunit Snf2 to the base module. Comparison of the yeast Swi/Snf and RSC complexes reveals conserved structural features that govern the assembly and function of these two subfamilies of chromatin remodelers. Our findings complement those from recent structures of the yeast and human chromatin remodelers and provide further insights into the assembly and function of the SWI/SNF remodelers.
履歴
登録2020年5月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月15日-
マップ公開2020年7月15日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
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  • 原子モデル: PDB-7c4j
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30285.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30285.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The 2.9 angstrom EM map of the yeast Swi/Snf complex in a nucleosome free state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 347.84 Å		1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 347.84 Å		1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 347.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.04156651 - 0.093835786
平均 (標準偏差)0.00019662197 (±0.0026846293)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 347.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0871.0871.087
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z347.840347.840347.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ434333
NX/NY/NZ116118137
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0420.0940.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : the yeast Swi/Snf complex

全体名称: the yeast Swi/Snf complex
要素
  • 複合体: the yeast Swi/Snf complex
    • タンパク質・ペプチド: Transcription regulatory protein SNF12
    • タンパク質・ペプチド: SWI/SNF complex subunit SWI3
    • タンパク質・ペプチド: Transcription regulatory protein SNF6
    • タンパク質・ペプチド: SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82
    • タンパク質・ペプチド: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5
    • タンパク質・ペプチド: Transcription regulatory protein SNF2
    • タンパク質・ペプチド: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1
    • タンパク質・ペプチド: Unkown
    • タンパク質・ペプチド: Regulator of Ty1 transposition protein 102
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 7
    • タンパク質・ペプチド: Actin-like protein ARP9

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超分子 #1: the yeast Swi/Snf complex

超分子名称: the yeast Swi/Snf complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288C
分子量理論値: 1.14 MDa

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分子 #1: Transcription regulatory protein SNF12

分子名称: Transcription regulatory protein SNF12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 63.947633 KDa
配列文字列: MSKVMKPSNG KGSRKSSKAA TPDTKNFFHA KKKDPVNQDK ANNASQITPT VPHSHPSDMV IPDHLAELIP ELYSFQQLVD SEKRLDHFI HLRNLHMKRM VAQWERSKLS QEFLYPHLNF PNVKFLRIFI SNVSENQPWQ MDTNNEADLM ALENATWTMR I EGRLLDNV ...文字列:
MSKVMKPSNG KGSRKSSKAA TPDTKNFFHA KKKDPVNQDK ANNASQITPT VPHSHPSDMV IPDHLAELIP ELYSFQQLVD SEKRLDHFI HLRNLHMKRM VAQWERSKLS QEFLYPHLNF PNVKFLRIFI SNVSENQPWQ MDTNNEADLM ALENATWTMR I EGRLLDNV QANDPAREKF SSFIESIVVD FKNKENDNVP STKFNAAPEE NATEGPSDKK LNLNLPLQFS LPNGDNSTTT NT DQNNATM GEETAKKDMS STTPKLESVK WQYDPNNPVD FDGLDIKRVG SENVECTISI LRKSSPEEPF MSYSPQLTAI IGL KSGTSH DAIFSIYKYI HLNELLTNDE SAFENLMGNR NNHNSNTSTS KMLDAASSQV SIVKLDTQLI TLLPSSLKES SPDT MKLTD LLSLINSTHL LPLQPIEIDY TVRVDKASTY GELVLDIEVP DVNALKFNNT QRESQIGAAE LNENARELEQ IKPKI ALQD KEITSVLSNL HESNKRYRFF KKISEDPVKA LNECIASTSN ALKVLSGDEG YNEDMVRRAN FYKENEAMLR ENIEVI LSN GRM

UniProtKB: Transcription regulatory protein SNF12

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分子 #2: SWI/SNF complex subunit SWI3

分子名称: SWI/SNF complex subunit SWI3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 93.034164 KDa
配列文字列: MENTLGEGST VNASVDVDQH GNDNNSDSNA NAAVAGVANT DTAGEESQQQ DESLKDEATV PNTRDAESEA ITVTAKQQPT MQANKLDSQ ETPSTEESRA QNVFGQDNED SDNLFGETES SVSNNEANTP SIPTNPVDNE NNKPAIKEDS TIQDSNGDVK N MEDVKIQK ...文字列:
MENTLGEGST VNASVDVDQH GNDNNSDSNA NAAVAGVANT DTAGEESQQQ DESLKDEATV PNTRDAESEA ITVTAKQQPT MQANKLDSQ ETPSTEESRA QNVFGQDNED SDNLFGETES SVSNNEANTP SIPTNPVDNE NNKPAIKEDS TIQDSNGDVK N MEDVKIQK EEEPENNTVI EGVKEESQPD ENTKEMDEVE EDDEDDDQPM ISPDNSIFGD TKSESKQLGN TSSVANTPSE IP DAHKAEQ EDIIEKTESV DKKVDSGEER NEQEREIMND HSKSANPKKT TITRVEPETF EIPQAHEIVI PSYSKWFNLE KIH SIEVQS LPEFFTNRIP SKTPEVYMRY RNFMVNSYRL NPNEYFSVTT ARRNVSGDAA ALFRLHKFLT KWGLINYQVD SKLL PKNIE PPLTSQYSTR HDAPRGLFPF ESYKPSVQLP DMAKLKKMMN TSDSESTLYK YLKESKRKYD EITHPPSTTD DENGD KNDN GGKMNNEVST STSMTGDANL LEEGETSRPL KKVKILEQID ENWSKEDLQK LLKGIQEFGA DWYKVAKNVG NKSPEQ CIL RFLQLPIEDK FLYGDGNGKG DNDNGLGPLK YAPHLPFSKS ENPVLSTIAF LVGLVNPKTV QSMTQRAIQS AESIKSQ KE EISDQKPIEH IKEGSEIAIS SLGYRSHIFA TNEERQMNFL TNELIRLQME KLDAKLNHLK KLEKFMELER KTLERQQE N LLIQRLNFNQ NSSKIVNVLS KCLNLISDSN INNSSVAEKE EIRSQIDHFK SMLSKPETLS IGKNPFNKPN IETGENHNG QSISNENDVK PISIEAPQFY RYWSA

UniProtKB: SWI/SNF complex subunit SWI3

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分子 #3: Transcription regulatory protein SNF6

分子名称: Transcription regulatory protein SNF6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 37.652582 KDa
配列文字列: MGVIKKKRSH HGKASRQQYY SGVQVGGVGS MGAINNNIPS LTSFAEENNY QYGYSGSSAG MNGRSLTYAQ QQLNKQRQDF ERVRLRPEQ LSNIIHDESD TISFRSNLLK NFISSNDAFN MLSLTTVPCD RIEKSRLFSE KTIRYLMQKQ HEMKTQAAEL Q EKPLTPLK ...文字列:
MGVIKKKRSH HGKASRQQYY SGVQVGGVGS MGAINNNIPS LTSFAEENNY QYGYSGSSAG MNGRSLTYAQ QQLNKQRQDF ERVRLRPEQ LSNIIHDESD TISFRSNLLK NFISSNDAFN MLSLTTVPCD RIEKSRLFSE KTIRYLMQKQ HEMKTQAAEL Q EKPLTPLK YTKLIAAAED GSRSTKDMID AVFEQDSHLR YQPDGVVVHR DDPALVGKLR GDLREAPADY WTHAYRDVLA QY HEAKERI RQKEVTAGEA QDEASLQQQQ QQDLQQQQQV VTTVASQSPH ATATEKEPVP AVVDDPLENM FGDYSNEPFN TNF DDEFGD LDAVFF

UniProtKB: Transcription regulatory protein SNF6

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分子 #4: SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82

分子名称: SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 70.366617 KDa
配列文字列: MLGEDEGNTV LEKGNNPSVK QGEVGAVFIV PKILIREHER VILKQILQIL DQDELVQPPL DKFPYKKLEL PKYIDELKTR DATNTSYKM IQLDAYGEKK VGSNGELFGG RHYLFNTFTF TAHMGVLLVL LQDVIKVLYQ SNATHDEDEF IVQHDQILVM E TSEEQTKF ...文字列:
MLGEDEGNTV LEKGNNPSVK QGEVGAVFIV PKILIREHER VILKQILQIL DQDELVQPPL DKFPYKKLEL PKYIDELKTR DATNTSYKM IQLDAYGEKK VGSNGELFGG RHYLFNTFTF TAHMGVLLVL LQDVIKVLYQ SNATHDEDEF IVQHDQILVM E TSEEQTKF LAKNGVIPEE SKGSFKYITA RSAFVEFGAS VIAGGQRIVD DYWESLAKKQ NLSSHQRVFK LSTNLISKIS LL RPSFQNN RISNANEISA NTNNTCTIST SKFESQYPIV TEQPSAEIRE AYIENFAKGE HISAIVPGQS ISGTLELSAQ FRV PRYHSK NSFQQALQMK AMDIPIGRHE ELLAQYESQA PDGSASISLP NHIPSVNPSN KPIKRMLSSI LDINVSSSKN KKSE ENEMI KPMNKGQHKN NTSLNINGWK FESLPLKSAE NSGKQQYYRG LPLYEKNTLL ERLKQLTPNE IKELEHLHDA VFVNT GLQN VRKVRTKKWK KYWQYKAGIP IGLKRSQLDE FKNKYLKDVL AQTSVTTNFN EITNTDETIT TKRVPNPNFL GNCNIK DFK PPYIYSHVNK VPQNVAGDKT AVKLDTEVKN TNANPVVATD PVAAKPDNLA NFSNEVAMNN

UniProtKB: SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82

+
分子 #5: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5

分子名称: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 102.642172 KDa
配列文字列: MNNQPQGTNS VPNSIGNIFS NIGTPSFNMA QIPQQLYQSL TPQQLQMIQQ RHQQLLRSRL QQQQQQQQQT SPPPQTHQSP PPPPQQSQP IANQSATSTP PPPPAPHNLH PQIGQVPLAP APINLPPQIA QLPLATQQQV LNKLRQQAIA KNNPQVVNAI T VAQQQVQR ...文字列:
MNNQPQGTNS VPNSIGNIFS NIGTPSFNMA QIPQQLYQSL TPQQLQMIQQ RHQQLLRSRL QQQQQQQQQT SPPPQTHQSP PPPPQQSQP IANQSATSTP PPPPAPHNLH PQIGQVPLAP APINLPPQIA QLPLATQQQV LNKLRQQAIA KNNPQVVNAI T VAQQQVQR QIEQQKGQQT AQTQLEQQRQ LLVQQQQQQQ LRNQIQRQQQ QQFRHHVQIQ QQQQKQQQQQ QQHQQQQQQQ QQ QQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QGQIPQSQQV PQVRSMSGQP PTNVQPTIGQ LPQLPKLNLP KYQTIQYDPP ETK LPYPTY WSDKKADTDT LLYEQIIQRD KINKYSLIRE TNGYDPFSIY GFSNKEYISR LWHTLKYYQD LKNTRMKSIT STSQ KIPSA SIWGNGYSGY GNGITNTTTR VIPQVEVGNR KHYLEDKLKV YKQAMNETSE QLVPIRLEFD QDRDRFFLRD TLLWN KNDK LIKIEDFVDD MLRDYRFEDA TREQHIDTIC QSIQEQIQEF QGNPYIELNQ DRLGGDDLRI RIKLDIVVGQ NQLIDQ FEW DISNSDNCPE EFAESMCQEL ELPGEFVTAI AHSIREQVHM YHKSLALLGY NFDGSAIEDD DIRSRMLPTI TLDDVYR PA AESKIFTPNL LQISAAELER LDKDKDRDTR RKRRQGRSNR RGMLALSGTS ASNTSMNGVH NTVAAGNASS LPPGEILL P DIADIPRTFR TPVPSTLMPG GVDVGPSVES YELRNTTTYK SRPDRPKPVS PPCYIIDHIP GHSLLLSIKL PGKVNTKEE FAAAPNDTSS GTNAMLPSPE SLKTKLNSNI RAGVTIPSIP NPIANHTVTN SPNPTLQPVI PGGAASKSVP TPSLPIAPPV APHDSEATL LTNSNNGSSN NNTQNT

UniProtKB: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5

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分子 #6: Transcription regulatory protein SNF2

分子名称: Transcription regulatory protein SNF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 194.315094 KDa
配列文字列: MNIPQRQFSN EEVNRCYLRW QHLRNEHGMN APSVPEFIYL TKVLQFAAKQ RQELQMQRQQ QGISGSQQNI VPNSSDQAEL PNNASSHIS ASASPHLAPN MQLNGNETFS TSAHQSPIMQ TQMPLNSNGG NNMLPQRQSS VGSLNATNFS PTPANNGENA A EKPDNSNH ...文字列:
MNIPQRQFSN EEVNRCYLRW QHLRNEHGMN APSVPEFIYL TKVLQFAAKQ RQELQMQRQQ QGISGSQQNI VPNSSDQAEL PNNASSHIS ASASPHLAPN MQLNGNETFS TSAHQSPIMQ TQMPLNSNGG NNMLPQRQSS VGSLNATNFS PTPANNGENA A EKPDNSNH NNLNLNNSEL QPQNRSLQEH NIQDSNVMPG SQINSPMPQQ AQMQQAQFQA QQAQQAQQAQ QAQQAQARLQ QG RRLPMTM FTAEQSELLK AQITSLKCLV NRKPIPFEFQ AVIQKSINHP PDFKRMLLSL SEFARRRQPT DQNNQSNLNG GNN TQQPGT NSHYNNTNTD NVSGLTRNAP LDSKDENFAS VSPAGPSSVH NAKNGTLDKN SQTVSGTPIT QTESKKEENE TISN VAKTA PNSNKTHTEQ NNPPKPQKPV PLNVLQDQYK EGIKVVDIDD PDMMVDSFTM PNISHSNIDY QTLLANSDHA KFTIE PGVL PVGIDTHTAT DIYQTLIALN LDTTVNDCLD KLLNDECTES TRENALYDYY ALQLLPLQKA VRGHVLQFEW HQNSLL TNT HPNFLSKIRN INVQDALLTN QLYKNHELLK LERKKTEAVA RLKSMNKSAI NQYNRRQDKK NKRLKFGHRL IATHTNL ER DEQKRAEKKA KERLQALKAN DEEAYIKLLD QTKDTRITHL LRQTNAFLDS LTRAVKDQQK YTKEMIDSHI KEASEEVD D LSMVPKMKDE EYDDDDDNSN VDYYNVAHRI KEDIKKQPSI LVGGTLKDYQ IKGLQWMVSL FNNHLNGILA DEMGLGKTI QTISLLTYLY EMKNIRGPYL VIVPLSTLSN WSSEFAKWAP TLRTISFKGS PNERKAKQAK IRAGEFDVVL TTFEYIIKER ALLSKVKWV HMIIDEGHRM KNAQSKLSLT LNTHYHADYR LILTGTPLQN NLPELWALLN FVLPKIFNSV KSFDEWFNTP F ANTGGQDK IELSEEETLL VIRRLHKVLR PFLLRRLKKD VEKELPDKVE KVVKCKMSAL QQIMYQQMLK YRRLFIGDQN NK KMVGLRG FNNQIMQLKK ICNHPFVFEE VEDQINPTRE TNDDIWRVAG KFELLDRILP KLKATGHRVL IFFQMTQIMD IME DFLRYI NIKYLRLDGH TKSDERSELL RLFNAPDSEY LCFILSTRAG GLGLNLQTAD TVIIFDTDWN PHQDLQAQDR AHRI GQKNE VRILRLITTN SVEEVILERA YKKLDIDGKV IQAGKFDNKS TSEEQEALLR SLLDAEEERR KKRESGVEEE EELKD SEIN EILARNDEEM AVLTRMDEDR SKKEEELGVK SRLLEKSELP DIYSRDIGAE LKREESESAA VYNGRGARER KTATYN DNM SEEQWLRQFE VSDDEKNDKQ ARKQRTKKED KSEAIDGNGE IKGENIDADN DGPRINNISA EDRADTDLAM NDDDFLS KK RKAGRPRGRP KKVKLEGSEN SEPPALESSP VTGDNSPSED FMDIPKPRTA GKTSVKSART STRGRGRGRG RGRGRGRG R GRPPKARNGL DYVRTPAAAT SPIDIREKVA KQALDLYHFA LNYENEAGRK LSDIFLSKPS KALYPDYYMI IKYPVAFDN INTHIETLAY NSLKETLQDF HLIFSNARIY NTEGSVVYED SLELEKVVTK KYCEIMGDNS QLDFTEFDEQ YGTRPLVLPP VVTSSVAES FTDEADSSMT EASV

UniProtKB: Transcription regulatory protein SNF2

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分子 #7: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1

分子名称: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 148.065188 KDa
配列文字列: MDFFNLNNNN NNNNTTTTTT TTNNNNTNNN NTNNNNNPAN NTNNNNSTGH SSNTNNNTNN NNTNTGASGV DDFQNFFDPK PFDQNLDSN NNNSNSNNND NNNSNTVASS TNFTSPTAVV NNAAPANVTG GKAANFIQNQ SPQFNSPYDS NNSNTNLNSL S PQAILAKN ...文字列:
MDFFNLNNNN NNNNTTTTTT TTNNNNTNNN NTNNNNNPAN NTNNNNSTGH SSNTNNNTNN NNTNTGASGV DDFQNFFDPK PFDQNLDSN NNNSNSNNND NNNSNTVASS TNFTSPTAVV NNAAPANVTG GKAANFIQNQ SPQFNSPYDS NNSNTNLNSL S PQAILAKN SIIDSSNLPL QAQQQLYGGN NNNNSTGIAN DNVITPHFIT NVQSISQNSS SSTPNTNSNS TPNANQQFLP FN NSASNNG NLTSNQLISN YAASNSMDRS SSASNEFVPN TSDNNNNSNN HNMRNNSNNK TSNNNNVTAV PAATPANTNN STS NANTVF SERAAMFAAL QQKQQQRFQA LQQQQQQQQN QQQQNQQPQQ QQQQQQNPKF LQSQRQQQQR SILQSLNPAL QEKI STELN NKQYELFMKS LIENCKKRNM PLQSIPEIGN RKINLFYLYM LVQKFGGADQ VTRTQQWSMV AQRLQISDYQ QLESI YFRI LLPYERHMIS QEGIKETQAK RIFLQQFLQE LLKKVQQQQQ AAALANANNN INSASSAPTP AAPGASVPAT AAPGTE AGI VPVSANTPKS LNSNININVN NNNIGQQQVK KPRKQRVKKK TKKELELERK EREDFQKRQQ KLLEDQQRQQ KLLLETK LR QQYEIELKKL PKVYKRSIVR NYKPLINRLK HYNGYDINYI SKIGEKIDSN KPIFLFAPEL GAINLHALSM SLQSKNLG E INTALNTLLV TSADSNLKIS LVKYPELLDS LAILGMNLLS NLSQNVVPYH RNTSDYYYED AGSNQYYVTQ HDKMVDKIF EKVNNNATLT PNDSNDEKVT ILVDSLTGNQ LPTPTPTEME PDLDTECFIS MQSTSPAVKQ WDLLPEPIRF LPNQFPLKIH RTPYLTSLK KIKDEIDDPF TKINTRGAED PKVLINDQLS TISMILRNIS FSDNNSRIMS RNFYLKRFIS DLLWLVLIHP E NFTCNRKI LNFKKDLVIV LSNISHLLEI ASSIDCLLIL ILVISFGQPK LNPMASSSSF GSESLTFNEF QLQWGKYQTF GV DILAKLF SLEKPNLNYF KSILLNKNTG NNLYDRNSNN NHKDKKLLRR LLNLYNDNNK NNNNRHNLLN DVVSFLFSAI PLQ QVLSQS ADPSLLIDQF SPVISQSLTS ILVIVQKILP LSNEVFEISE NNSDSNSNNN GNKDSSFNFN KNLPFVWLSS EENI GSGLL KLSEIILNIN NSTSKNTLLQ QQNYSKVLLP SINISCVQLI KCLVEKSICF ENCLNNDPEI LKKIASIPNL FPTDL EIFQ LFTNPSVDIQ IINQYQLLYN LKNDILTNLE

UniProtKB: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1

+
分子 #8: Unkown

分子名称: Unkown / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 7.600243 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)GR(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)P(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)V (UNK)(UNK)T(UNK)(UNK)VT(UNK)L (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)GR(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)P(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)V (UNK)(UNK)T(UNK)(UNK)VT(UNK)L (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)TR(UNK)Y LRFH(UNK)(UNK)(UNK)Y(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #9: Regulator of Ty1 transposition protein 102

分子名称: Regulator of Ty1 transposition protein 102 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 17.817615 KDa
配列文字列:
MDPQTLITKA NKVSYYGNPT SKESWRYDWY QPSKVSSNVQ QPQQQLGDME NNLEKYPFRY KTWLRNQEDE KNLQRESCED ILDLKEFDR RILKKSLMTS HTKGDTSKAT GAPSANQGDE ALSVDDIRGA VGNSEAIPGL SAGVNNDNTK ESKDVKMN

UniProtKB: Regulator of Ty1 transposition protein 102

+
分子 #10: Actin-related protein 7

分子名称: Actin-related protein 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 53.863016 KDa
配列文字列: MTLNRKCVVI HNGSHRTVAG FSNVELPQCI IPSSYIKRTD EGGEAEFIFG TYNMIDAAAE KRNGDEVYTL VDSQGLPYNW DALEMQWRY LYDTQLKVSP EELPLVITMP ATNGKPDMAI LERYYELAFD KLNVPVFQIV IEPLAIALSM GKSSAFVIDI G ASGCNVTP ...文字列:
MTLNRKCVVI HNGSHRTVAG FSNVELPQCI IPSSYIKRTD EGGEAEFIFG TYNMIDAAAE KRNGDEVYTL VDSQGLPYNW DALEMQWRY LYDTQLKVSP EELPLVITMP ATNGKPDMAI LERYYELAFD KLNVPVFQIV IEPLAIALSM GKSSAFVIDI G ASGCNVTP IIDGIVVKNA VVRSKFGGDF LDFQVHERLA PLIKEENDME NMADEQKRST DVWYEASTWI QQFKSTMLQV SE KDLFELE RYYKEQADIY AKQQEQLKQM DQQLQYTALT GSPNNPLVQK KNFLFKPLNK TLTLDLKECY QFAEYLFKPQ LIS DKFSPE DGLGPLMAKS VKKAGASINS MKANTSTNPN GLGTSHINTN VGDNNSTASS SNISPEQVYS LLLTNVIITG STSL IEGME QRIIKELSIR FPQYKLTTFA NQVMMDRKIQ GWLGALTMAN LPSWSLGKWY SKEDYETLKR DRKQSQATNA TN

UniProtKB: Actin-related protein 7

+
分子 #11: Actin-like protein ARP9

分子名称: Actin-like protein ARP9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 53.13193 KDa
配列文字列: MAPFRQDSIL IIYPRSQTTL VQFGLNEETF TVPELEIPTQ IYRTTRQDGS YTYHSTNKDN KAELIKPIQN GEIIDISAFT QFLRLIFVS ILSDRANKNQ DAFEAELSNI PLLLITHHSW SQSDLEIITQ YVFESLEINN LIQLPASLAA TYSMISLQNC C IIDVGTHH ...文字列:
MAPFRQDSIL IIYPRSQTTL VQFGLNEETF TVPELEIPTQ IYRTTRQDGS YTYHSTNKDN KAELIKPIQN GEIIDISAFT QFLRLIFVS ILSDRANKNQ DAFEAELSNI PLLLITHHSW SQSDLEIITQ YVFESLEINN LIQLPASLAA TYSMISLQNC C IIDVGTHH TDIIPIVDYA QLDHLVSSIP MGGQSINDSL KKLLPQWDDD QIESLKKSPI FEVLSDDAKK LSSFDFGNEN ED EDEGTLN VAEIITSGRD TREVLEERER GQKVKNVKNS DLEFNTFWDE KGNEIKVGKQ RFQGCNNLIK NISNRVGLTL DNI DDINKA KAVWENIIIV GGTTSISGFK EALLGQLLKD HLIIEPEEEK SKREEEAKSV LPAATKKKSK FMTNSTAFVP TIEY VQCPT VIKLAKYPDY FPEWKKSGYS EIIFLGAQIV SKQIFTHPKD TFYITREKYN MKGPAALWDV QF

UniProtKB: Actin-like protein ARP9

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 386469
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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