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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dr0 | ||||||
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タイトル | Structure of Wild-type PSI monomer1 from Cyanophora paradoxa | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / ELECTRON TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyanelle thylakoid membrane / thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plastid / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane ...cyanelle thylakoid membrane / thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plastid / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cyanophora paradoxa (真核生物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Kato, K. / Nagao, R. / Akita, F. / Miyazaki, N. / Shen, J.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: Structural insights into an evolutionary turning-point of photosystem I from prokaryotes to eukaryotes 著者: Kato, K. / Nagao, R. / Ueno, Y. / Yokono, M. / Suzuki, T. / Jiang, T.Y. / Dohmae, N. / Akita, F. / Akimoto, S. / Miyazaki, N. / Shen, J.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dr0.cif.gz | 497.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dr0.ent.gz | 452.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dr0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/7dr0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/7dr0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 83397.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物) / 参照: UniProt: A0A097PBL3, photosystem I |
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#2: タンパク質 | 分子量: 82316.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物) / 参照: UniProt: P48113, photosystem I |
-タンパク質 , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質 | 分子量: 8850.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物) / 参照: UniProt: P31173, photosystem I |
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-Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 8分子 DEFIJKLM
#4: タンパク質 | 分子量: 23693.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物) / 参照: UniProt: Q9T4W8 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 8058.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物) / 参照: UniProt: P48114 |
#6: タンパク質 | 分子量: 20697.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物) / 参照: UniProt: P48115 |
#7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3772.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物) / 参照: UniProt: P48116 |
#8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4483.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物) / 参照: UniProt: P48117 |
#9: タンパク質 | 分子量: 15704.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物) |
#10: タンパク質 | 分子量: 15376.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物) |
#11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3334.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物) / 参照: UniProt: P48185 |
-非ポリマー , 7種, 111分子
#12: 化合物 | ChemComp-CL0 / | ||||||||||
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#13: 化合物 | ChemComp-CLA / #14: 化合物 | #15: 化合物 | #16: 化合物 | ChemComp-BCR / #17: 化合物 | #18: 化合物 | ChemComp-LMG / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PSI monomer1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: NATURAL | ||||||||||||
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分子量 | 値: 0.35 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Cyanophora paradoxa (真核生物) | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 6.5 | ||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.007 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1603082 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 70920 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient |