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万見
- PDB-7cgp: Cryo-EM structure of the human mitochondrial translocase TIM22 co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cgp
タイトルCryo-EM structure of the human mitochondrial translocase TIM22 complex at 3.7 angstrom.
要素
  • (Mitochondrial import inner membrane translocase subunit ...) x 5
  • Acylglycerol kinase, mitochondrial
キーワードTRANSLOCASE / human mitochondrial translocase TIM22 complex / inner membrane / chaperone Tim9/10a / chaperone Tim9/10a/10b
機能・相同性
機能・相同性情報


ceramide kinase / acylglycerol kinase / ceramide kinase activity / acylglycerol kinase activity / : / Glycerophospholipid biosynthesis / lipid phosphorylation / mitochondrial intermembrane space protein transporter complex / glycerolipid metabolic process / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex ...ceramide kinase / acylglycerol kinase / ceramide kinase activity / acylglycerol kinase activity / : / Glycerophospholipid biosynthesis / lipid phosphorylation / mitochondrial intermembrane space protein transporter complex / glycerolipid metabolic process / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / diacylglycerol kinase (ATP) / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / membrane insertase activity / TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex / mitochondrion targeting sequence binding / protein transporter activity / protein insertion into mitochondrial inner membrane / ceramide biosynthetic process / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / protein transmembrane transporter activity / Mitochondrial protein degradation / cell-matrix adhesion / sensory perception of sound / mitochondrial membrane / mitochondrial intermembrane space / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / intracellular membrane-bounded organelle / protein homodimerization activity / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim29 / Acylglycerol kinase, C-terminal / Translocase of the Inner Mitochondrial membrane 29 / Acylglycerol kinase C-terminal / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit tim13 like domains / : / : / Tim10-like / Tim10-like domain superfamily / Tim10/DDP family zinc finger ...Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim29 / Acylglycerol kinase, C-terminal / Translocase of the Inner Mitochondrial membrane 29 / Acylglycerol kinase C-terminal / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit tim13 like domains / : / : / Tim10-like / Tim10-like domain superfamily / Tim10/DDP family zinc finger / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 / Diacylglycerol kinase catalytic domain / DAG-kinase catalytic (DAGKc) domain profile. / Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10 / Acylglycerol kinase, mitochondrial / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim29 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim22 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10 B / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Qi, L. / Wang, Q. / Guan, Z. / Yan, C. / Yin, P.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0507700 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31722017 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the human mitochondrial translocase TIM22 complex.
著者: Liangbo Qi / Qiang Wang / Zeyuan Guan / Yan Wu / Cuicui Shen / Sixing Hong / Jianbo Cao / Xing Zhang / Chuangye Yan / Ping Yin /
履歴
登録2020年7月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02025年4月9日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 2.12025年6月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9958
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim22
B: Acylglycerol kinase, mitochondrial
C: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim29
D: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim9
E: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim9
F: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim9
G: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10
H: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10
I: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10
J: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10 B
K: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim9
L: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim9
M: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10
N: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10
O: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,91616
ポリマ－222,17215
非ポリマー7441
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area44100 Å2
ΔGint-297 kcal/mol
Surface area84430 Å2

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要素

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Mitochondrial import inner membrane translocase subunit ... , 5種, 14分子 ACDEFKLGHIMNOJ

#1: タンパク質 Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim22 / Testis-expressed protein 4


分子量: 20048.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIMM22, TEX4, TIM22 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y584
#3: タンパク質 Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim29 / TIM29


分子量: 29272.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIMM29, c19orf52 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BSF4
#4: タンパク質
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim9


分子量: 10391.906 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIMM9, TIM9, TIM9A, TIMM9A / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5J7
#5: タンパク質
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10


分子量: 10348.999 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIMM10, TIM10 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62072
#6: タンパク質 Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10 B / Fracture callus protein 1 / FxC1 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim9 B / ...Fracture callus protein 1 / FxC1 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim9 B / TIMM10B / Tim10b


分子量: 11601.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIMM10B, FXC1, TIM9B, TIMM9B / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5J6

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 2分子 B

#2: タンパク質 Acylglycerol kinase, mitochondrial / hAGK / Multiple substrate lipid kinase / Multi-substrate lipid kinase


分子量: 47196.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGK, MULK / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q53H12, diacylglycerol kinase (ATP), ceramide kinase, acylglycerol kinase
#7: 化合物 ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DOPE, リン脂質*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TIM22 translocase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2, #4-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 220 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293
緩衝液pH: 6
試料濃度: 7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
8PHENIXモデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 482959 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01212746
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.92317157
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.8981743
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0531911
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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