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万見
- PDB-4yw7: Structural Insight into Divalent Galactoside Binding to Pseudomon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yw7
タイトルStructural Insight into Divalent Galactoside Binding to Pseudomonas aeruginosa lectin LecA
要素PA-I galactophilic lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Galactosides / lectins
機能・相同性
機能・相同性情報


heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / carbohydrate binding / periplasmic space / cell surface / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PA-IL-like / PA-IL-like protein / Galactose-binding lectin / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4J0 / beta-D-galactopyranose / PA-I galactophilic lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Visini, R. / Jin, X. / Michaud, G. / Bergmann, M. / Gillon, E. / Imberty, A. / Stocker, A. / Darbre, T. / Pieters, R. / Reymond, J.-L.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural Insight into Multivalent Galactoside Binding to Pseudomonas aeruginosa Lectin LecA.
著者: Visini, R. / Jin, X. / Bergmann, M. / Michaud, G. / Pertici, F. / Fu, O. / Pukin, A. / Branson, T.R. / Thies-Weesie, D.M. / Kemmink, J. / Gillon, E. / Imberty, A. / Stocker, A. / Darbre, T. / ...著者: Visini, R. / Jin, X. / Bergmann, M. / Michaud, G. / Pertici, F. / Fu, O. / Pukin, A. / Branson, T.R. / Thies-Weesie, D.M. / Kemmink, J. / Gillon, E. / Imberty, A. / Stocker, A. / Darbre, T. / Pieters, R.J. / Reymond, J.L.
履歴
登録2015年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月2日Group: Database references
改定 2.02019年12月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms ...atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_num_res / _struct_site_gen.site_id / _struct_site_gen.symmetry
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PA-I galactophilic lectin
B: PA-I galactophilic lectin
C: PA-I galactophilic lectin
D: PA-I galactophilic lectin
E: PA-I galactophilic lectin
F: PA-I galactophilic lectin
G: PA-I galactophilic lectin
H: PA-I galactophilic lectin
I: PA-I galactophilic lectin
J: PA-I galactophilic lectin
K: PA-I galactophilic lectin
L: PA-I galactophilic lectin
M: PA-I galactophilic lectin
N: PA-I galactophilic lectin
O: PA-I galactophilic lectin
P: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,42346
ポリマ－204,32216
非ポリマー5,10130
水33,7421873
1
A: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9903
ポリマ－12,7701
非ポリマー2202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9903
ポリマ－12,7701
非ポリマー2202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9593
ポリマ－12,7701
非ポリマー1,1892
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9903
ポリマ－12,7701
非ポリマー2202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9903
ポリマ－12,7701
非ポリマー2202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9903
ポリマ－12,7701
非ポリマー2202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9903
ポリマ－12,7701
非ポリマー2202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9903
ポリマ－12,7701
非ポリマー2202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9593
ポリマ－12,7701
非ポリマー1,1892
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9903
ポリマ－12,7701
非ポリマー2202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9903
ポリマ－12,7701
非ポリマー2202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9903
ポリマ－12,7701
非ポリマー2202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
M: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8102
ポリマ－12,7701
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
N: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9903
ポリマ－12,7701
非ポリマー2202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
15
O: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9903
ポリマ－12,7701
非ポリマー2202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
16
P: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8102
ポリマ－12,7701
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.570, 89.310, 100.010
Angle α, β, γ (deg.)90.040, 89.830, 79.610
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
PA-I galactophilic lectin / PA-IL / Galactose-binding lectin


分子量: 12770.137 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: lecA, pa1L, PA2570 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05097
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖
ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-4J0 / (2R,3R,4S,5R,6R,2'R,3'R,4'S,5'R,6'R)-2,2'-([(2R,3R,4S,5S,6S)-3,4-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2,5-diyl]bis{1H-1,2,3-triazole-1,4-diyl[(2S,3R,4S,5S,6S)-3,4-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2,5-diyl]-1H-1,2,3-triazole-1,4-diylpropane-3,1-diyloxy})bis[6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3,4,5-triol]


分子量: 1149.077 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H68N12O24
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1873 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.1 M Citric acid, 3.0 M sodium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.91956 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91956 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→100.009 Å / Num. all: 134652 / Num. obs: 134652 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 14.45 Å2 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.112 / Rsym value: 0.089 / Net I/av σ(I): 5.875 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 322703
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.82-1.922.50.3372.249457195890.2410.3372.488.4
1.92-2.032.50.2243.346456184160.1620.2243.588
2.03-2.182.50.1734.242856173150.1260.1734.488
2.18-2.352.50.1444.939982159810.1030.1445.187.4
2.35-2.572.40.1195.635526147820.0880.1195.888.1
2.57-2.8820.0986.427535134820.0780.0986.588.4
2.88-3.321.90.0717.522136119630.0620.071889.2
3.32-4.072.40.0559.725925106150.0420.05511.393.8
4.07-5.762.60.0519.82165982280.0380.05112.494.2
5.76-16.0342.60.05310.21117142810.0380.05311.489.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.21データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: OKO1

解像度: 1.82→16.034 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 6652 4.94 %
Rwork0.1789 127942 -
obs0.1809 134594 89.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.08 Å2 / Biso mean: 18.9013 Å2 / Biso min: 1.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.82→16.034 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14332 0 456 1873 16661
Biso mean--29.27 25.38 -
残基数----1936
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00615020
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84220575
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0292286
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042685
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5035458
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.82-1.84070.28192160.22284264448088
1.8407-1.86230.29012320.2214179441188
1.8623-1.8850.26942130.21554295450889
1.885-1.90880.26662030.21064261446489
1.9088-1.93390.25781800.20364196437688
1.9339-1.96030.26112670.19664229449688
1.9603-1.98830.24612360.19134220445688
1.9883-2.01790.24731830.19294154433788
2.0179-2.04940.25111930.19884217441087
2.0494-2.08290.24962420.19674200444288
2.0829-2.11870.24722360.19114194443088
2.1187-2.15720.23692280.19154277450589
2.1572-2.19850.21831940.19314182437688
2.1985-2.24330.2242300.18864193442387
2.2433-2.2920.23672210.19294134435587
2.292-2.34510.24372120.19174226443888
2.3451-2.40360.28132460.19224152439888
2.4036-2.46830.23062240.18144252447689
2.4683-2.54070.20932080.18884207441588
2.5407-2.62240.23522190.18614237445688
2.6224-2.71560.20932200.20054195441588
2.7156-2.82380.22462230.19914188441188
2.8238-2.95160.26782360.20434236447288
2.9516-3.10610.232040.19874274447889
3.1061-3.29920.252140.17264356457090
3.2992-3.55130.18582320.15464441467393
3.5513-3.9040.18492470.14814484473194
3.904-4.45830.16532330.14064490472394
4.4583-5.57740.15952310.14094557478895
5.5774-16.03450.19782290.16584452468193

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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