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万見
- PDB-5j0g: Monomeric Human Cu,Zn Superoxide dismutase, loops IV and VII dele... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j0g
タイトルMonomeric Human Cu,Zn Superoxide dismutase, loops IV and VII deleted, apo form, circular permutant P7/8
要素OXIDOREDUCTASE,Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードOXIDOREDUCTASE / SOD1
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of organ growth / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / myeloid cell homeostasis / relaxation of vascular associated smooth muscle / peripheral nervous system myelin maintenance / response to carbon monoxide / response to superoxide ...regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of organ growth / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / myeloid cell homeostasis / relaxation of vascular associated smooth muscle / peripheral nervous system myelin maintenance / response to carbon monoxide / response to superoxide / regulation of GTPase activity / auditory receptor cell stereocilium organization / anterograde axonal transport / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / retina homeostasis / hydrogen peroxide biosynthetic process / cellular response to potassium ion / muscle cell cellular homeostasis / retrograde axonal transport / superoxide metabolic process / heart contraction / response to copper ion / superoxide dismutase / Detoxification of Reactive Oxygen Species / thymus development / superoxide dismutase activity / ovarian follicle development / cellular response to cadmium ion / regulation of multicellular organism growth / cellular response to ATP / transmission of nerve impulse / response to axon injury / reactive oxygen species metabolic process / placenta development / embryo implantation / positive regulation of superoxide anion generation / sensory perception of sound / response to amphetamine / axon cytoplasm / removal of superoxide radicals / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / positive regulation of phagocytosis / regulation of mitochondrial membrane potential / dendrite cytoplasm / locomotory behavior / positive regulation of cytokine production / glutathione metabolic process / response to hydrogen peroxide / negative regulation of inflammatory response / response to nutrient levels / mitochondrial intermembrane space / regulation of blood pressure / small GTPase binding / Platelet degranulation / peroxisome / negative regulation of neuron apoptotic process / response to heat / protein-folding chaperone binding / cytoplasmic vesicle / spermatogenesis / response to ethanol / positive regulation of MAPK cascade / intracellular iron ion homeostasis / lysosome / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / copper ion binding / neuronal cell body / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / : / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wang, H. / Lang, L. / Logan, D. / Danielsson, J. / Oliveberg, M.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2016
タイトル: Tricking a Protein To Swap Strands.
著者: Wang, H. / Lang, L. / Logan, D.T. / Danielsson, J. / Oliveberg, M.
履歴
登録2016年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OXIDOREDUCTASE,Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: OXIDOREDUCTASE,Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3792
ポリマ－22,3792
非ポリマー00
水43224
1
A: OXIDOREDUCTASE,Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1891
ポリマ－11,1891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: OXIDOREDUCTASE,Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1891
ポリマ－11,1891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.140, 74.140, 59.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 OXIDOREDUCTASE,Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 / hSod1


分子量: 11189.499 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M di-ammonium hydrogen citrate, 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→37.1 Å / Num. obs: 6519 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.661

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4bcz

4bcz


解像度: 2.5→37.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 25.382 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.304
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2354 304 4.7 %RANDOM
Rwork0.1818 ---
obs0.1843 6195 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 122.19 Å2 / Biso mean: 48.959 Å2 / Biso min: 16.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å2-0.67 Å2-0 Å2
2---0.67 Å2-0 Å2
3---2.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→37.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1576 0 0 24 1600
Biso mean---35.26 -
残基数----226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0191596
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021564
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8811.9452156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.59833598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0265224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.03525.71456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.18415252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg4.581154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8993.791902
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8973.785901
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.85.6561124
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.27133160
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.881516
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded19.77553148
LS精密化 シェル解像度: 2.501→2.566 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.461 28 -
Rwork0.279 449 -
all-477 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.08650.0223-0.0660.0091-0.00870.0869-0.0290.01410.0349-0.01080.00370.0294-0.01070.02490.02540.1269-0.0085-0.020.12580.01580.1404-5.076426.69780.0766
20.385-0.0890.14950.022-0.03470.0592-0.0441-0.04260.09090.00510.0132-0.0324-0.0064-0.01830.03090.12430.0081-0.00340.1224-0.01280.13341.225726.994322.4106
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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