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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bp0 | ||||||
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タイトル | Packing Bacteriophage T7 portal protein GP8 | ||||||
要素 | Portal protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / packing / phage / portal / protein | ||||||
機能・相同性 | Portal protein, Caudovirales / Head-to-tail connector protein, podovirus-type / Bacteriophage head to tail connecting protein / viral portal complex / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / viral DNA genome packaging / Portal protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia phage T7 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, W.Y. / Xiao, H. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020 タイトル: Structural changes of a bacteriophage upon DNA packaging and maturation. 著者: Wenyuan Chen / Hao Xiao / Xurong Wang / Shuanglin Song / Zhen Han / Xiaowu Li / Fan Yang / Li Wang / Jingdong Song / Hongrong Liu / Lingpeng Cheng / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bp0.cif.gz | 897.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bp0.ent.gz | 743.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bp0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bp0_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7bp0_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7bp0_validation.xml.gz | 124.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bp0_validation.cif.gz | 196 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/7bp0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/7bp0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59173.984 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage T7 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P03728 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Packing Bacteriophage T7 portal protein GP8 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage T7 (ファージ) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 27 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 84318 / 対称性のタイプ: POINT |