+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7anw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | hSARM1 NAD+ complex | ||||||
要素 | NAD(+) hydrolase SARM1 | ||||||
キーワード | APOPTOSIS / NADase / ARM domain / SAM domain / TIR domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / NADP+ nucleosidase activity / NAD catabolic process / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / protein localization to mitochondrion / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / nervous system process ...negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / NADP+ nucleosidase activity / NAD catabolic process / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / protein localization to mitochondrion / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / nervous system process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / regulation of dendrite morphogenesis / response to axon injury / regulation of neuron apoptotic process / response to glucose / signaling adaptor activity / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / nervous system development / mitochondrial outer membrane / microtubule / cell differentiation / axon / innate immune response / dendrite / synapse / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.68 Å | ||||||
データ登録者 | Sporny, M. / Guez-Haddad, J. / Khazma, T. / Yaron, A. / Mim, C. / Isupov, M.N. / Zalk, R. / Dessau, M. / Hons, M. / Opatowsky, Y. | ||||||
資金援助 | イスラエル, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Structural basis for SARM1 inhibition and activation under energetic stress. 著者: Michael Sporny / Julia Guez-Haddad / Tami Khazma / Avraham Yaron / Moshe Dessau / Yoel Shkolnisky / Carsten Mim / Michail N Isupov / Ran Zalk / Michael Hons / Yarden Opatowsky / 要旨: SARM1, an executor of axonal degeneration, displays NADase activity that depletes the key cellular metabolite, NAD+, in response to nerve injury. The basis of SARM1 inhibition and its activation ...SARM1, an executor of axonal degeneration, displays NADase activity that depletes the key cellular metabolite, NAD+, in response to nerve injury. The basis of SARM1 inhibition and its activation under stress conditions are still unknown. Here, we present cryo-EM maps of SARM1 at 2.9 and 2.7 Å resolutions. These indicate that SARM1 homo-octamer avoids premature activation by assuming a packed conformation, with ordered inner and peripheral rings, that prevents dimerization and activation of the catalytic domains. This inactive conformation is stabilized by binding of SARM1's own substrate NAD+ in an allosteric location, away from the catalytic sites. This model was validated by mutagenesis of the allosteric site, which led to constitutively active SARM1. We propose that the reduction of cellular NAD+ concentration contributes to the disassembly of SARM1's peripheral ring, which allows formation of active NADase domain dimers, thereby further depleting NAD+ to cause an energetic catastrophe and cell death. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7anw.cif.gz | 980.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7anw.ent.gz | 820.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7anw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7anw_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7anw_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7anw_validation.xml.gz | 129.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7anw_validation.cif.gz | 199.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/7anw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/7anw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 56 - 700 / Label seq-ID: 57 - 701
|