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万見
- PDB-7aft: Cryo-EM structure of the signal sequence-engaged post-translation... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aft
タイトルCryo-EM structure of the signal sequence-engaged post-translational Sec translocon
要素
  • (Protein transport protein ...) x 3
  • (Translocation protein ...) x 3
  • Mating factor alpha-1,Mating factor alpha-1
  • Protein translocation protein SEC63
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Post-translational translocation / Protein translocation / Sec complex / Signal sequence
機能・相同性
機能・相同性情報


mating pheromone activity / mating / misfolded protein transport / Sec62/Sec63 complex / translocon complex / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / cytosol to endoplasmic reticulum transport / protein transmembrane import into intracellular organelle / rough endoplasmic reticulum membrane ...mating pheromone activity / mating / misfolded protein transport / Sec62/Sec63 complex / translocon complex / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / cytosol to endoplasmic reticulum transport / protein transmembrane import into intracellular organelle / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein-transporting ATPase activity / filamentous growth / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / cupric ion binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / peptide transmembrane transporter activity / nuclear inner membrane / retrograde protein transport, ER to cytosol / protein transmembrane transporter activity / ERAD pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell periphery / ribosome binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / mitochondrion / RNA binding / extracellular region / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translocation protein Sec62, ascomycota / Translocation protein Sec62 / Translocation protein Sec62 / Mating factor alpha, C-terminal repeat / Mating factor alpha precursor, N-terminal / Yeast mating factor alpha hormone / Mating factor alpha precursor N-terminus / Translocation protein Sec66 / Preprotein translocase subunit Sec66 / Protein transport Sec61-beta/Sbh ...Translocation protein Sec62, ascomycota / Translocation protein Sec62 / Translocation protein Sec62 / Mating factor alpha, C-terminal repeat / Mating factor alpha precursor, N-terminal / Yeast mating factor alpha hormone / Mating factor alpha precursor N-terminus / Translocation protein Sec66 / Preprotein translocase subunit Sec66 / Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / DnaJ domain / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Mating factor alpha-1 / Protein translocation protein SEC63 / Translocation protein SEC62 / Protein transport protein SEC61 / Translocation protein SEC66 / Protein transport protein SSS1 / Translocation protein SEC72 / Protein transport protein SBH1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Weng, T.-H. / Beatrix, B. / Berninghausen, O. / Becker, T. / Cheng, J. / Beckmann, R.
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2021
タイトル: Architecture of the active post-translational Sec translocon.
著者: Tsai-Hsuan Weng / Wieland Steinchen / Birgitta Beatrix / Otto Berninghausen / Thomas Becker / Gert Bange / Jingdong Cheng / Roland Beckmann /
要旨: In eukaryotes, most secretory and membrane proteins are targeted by an N-terminal signal sequence to the endoplasmic reticulum, where the trimeric Sec61 complex serves as protein-conducting channel ...In eukaryotes, most secretory and membrane proteins are targeted by an N-terminal signal sequence to the endoplasmic reticulum, where the trimeric Sec61 complex serves as protein-conducting channel (PCC). In the post-translational mode, fully synthesized proteins are recognized by a specialized channel additionally containing the Sec62, Sec63, Sec71, and Sec72 subunits. Recent structures of this Sec complex in the idle state revealed the overall architecture in a pre-opened state. Here, we present a cryo-EM structure of the yeast Sec complex bound to a substrate, and a crystal structure of the Sec62 cytosolic domain. The signal sequence is inserted into the lateral gate of Sec61α similar to previous structures, yet, with the gate adopting an even more open conformation. The signal sequence is flanked by two Sec62 transmembrane helices, the cytoplasmic N-terminal domain of Sec62 is more rigidly positioned, and the plug domain is relocated. We crystallized the Sec62 domain and mapped its interaction with the C-terminus of Sec63. Together, we obtained a near-complete and integrated model of the active Sec complex.
履歴
登録2020年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11774
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11774
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein transport protein SEC61
B: Protein transport protein SBH1
C: Protein transport protein SSS1
D: Protein translocation protein SEC63
E: Translocation protein SEC66
F: Translocation protein SEC72
G: Translocation protein SEC62,Translocation protein SEC62
H: Mating factor alpha-1,Mating factor alpha-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,4048
ポリマ－247,4048
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Protein transport protein ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Protein transport protein SEC61 / Sec61 complex subunit SEC61 / Sec61 complex subunit alpha


分子量: 52978.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32915
#2: タンパク質 Protein transport protein SBH1 / Sec61 complex subunit SBH1 / Sec61 complex subunit beta


分子量: 8723.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P52870
#3: タンパク質 Protein transport protein SSS1 / Sec61 complex subunit SSS1 / Sec61 complex subunit gamma / Ssh1 complex subunit SSS1 / Ssh1 complex ...Sec61 complex subunit SSS1 / Sec61 complex subunit gamma / Ssh1 complex subunit SSS1 / Ssh1 complex subunit gamma


分子量: 8958.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35179

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タンパク質 , 2種, 2分子 DH

#4: タンパク質 Protein translocation protein SEC63 / Protein NPL1 / Sec62/63 complex 73 kDa subunit


分子量: 75432.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14906
#8: タンパク質 Mating factor alpha-1,Mating factor alpha-1 / Alpha-1 mating pheromone


分子量: 19766.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MF(ALPHA)1, MF-ALPHA-1, MFAL1, YPL187W / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01149

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Translocation protein ... , 3種, 3分子 EFG

#5: タンパク質 Translocation protein SEC66 / Protein HSS1 / Sec62/63 complex 31.5 kDa subunit


分子量: 24263.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33754
#6: タンパク質 Translocation protein SEC72 / Sec62/63 complex 23 kDa subunit / p23


分子量: 21631.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39742
#7: タンパク質 Translocation protein SEC62,Translocation protein SEC62 / Sec62/63 complex 30 kDa subunit


分子量: 35649.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The residue numbering in chain G is based on the transmembrane helix prediction of Sec62.
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SEC62, YPL094C, LPG14C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21825

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Signal sequence-engaged post-translational Sec transloconCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Signal sequence-engaged post-translational Sec transloconCOMPLEX#1-#61NATURAL
3Translocation protein SEC62COMPLEX#71RECOMBINANT
4Mating factor alpha-1COMPLEX#81RECOMBINANT
分子量値: 0.255 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
23Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
34Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
24Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2100 mMKOAcCH3CO2K1
32.5 mMMg(OAc)2Mg(CH3COO)21
41 mMDTTC4H10O2S21
50.02 %GDNC56H92O251
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)検出モードフィルム・検出器のモデル撮影したグリッド数
1136COUNTINGGATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)1
2148COUNTINGGATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)1
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリImage processing-ID
4GctfCTF補正1
7Cootモデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当1
10RELION3.1最終オイラー角割当1
11RELION3.1分類1
12RELION3.1３次元再構成1
13RELION3.1粒子像選択2
14GctfCTF補正2
15RELION3.1初期オイラー角割当2
16RELION3.1最終オイラー角割当2
17RELION3.1分類2
18RELION3.1３次元再構成2
画像処理
IDImage recording-ID
11
22
CTF補正
IDEM image processing-IDタイプ
11PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
22PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成

アルゴリズム: FOURIER SPACE / Entry-ID: 7AFT / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 対称性のタイプ: POINT

ID粒子像の数Image processing-ID
1745581
2157252
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築PDB-ID: 6N3Q

6n3q


Accession code: 6N3Q / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00610431
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.75714156
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.1521421
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421704
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061761

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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