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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w6g | ||||||
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タイトル | TKS-L190G mutant from Cannabis sativa in complex with lauroyl-CoA | ||||||
![]() | 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase | ||||||
![]() | LIGASE / tetraketide synthase / type III polypeptide synthase | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase / 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Sリアーゼ類; - / cannabinoid biosynthetic process / polyketide biosynthetic process / terpenoid biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / lyase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakashima, Y. / Lee, Y.E. / Morita, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Dual Engineering of Olivetolic Acid Cyclase and Tetraketide Synthase to Generate Longer Alkyl-Chain Olivetolic Acid Analogs. 著者: Lee, Y.E. / Nakashima, Y. / Kodama, T. / Chen, X. / Morita, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 743.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 42617.969 Da / 分子数: 4 / 変異: L190G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: B1Q2B6, 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase, 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Sリアーゼ類; - |
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-非ポリマー , 6種, 638分子 










#2: 化合物 | ChemComp-PEG / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #6: 化合物 | ChemComp-1PE / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→47.18 Å / Num. obs: 148561 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 23.29 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rrim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 4.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.807 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4413 / CC1/2: 0.684 / Rrim(I) all: 1.117 / % possible all: 96.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6GW3 解像度: 2.1→47.18 Å / SU ML: 0.2657 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 26.5107 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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