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- PDB-7w6g: TKS-L190G mutant from Cannabis sativa in complex with lauroyl-CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w6g
タイトルTKS-L190G mutant from Cannabis sativa in complex with lauroyl-CoA
要素3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
キーワードLIGASE / tetraketide synthase / type III polypeptide synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase / 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Sリアーゼ類; - / cannabinoid biosynthetic process / polyketide biosynthetic process / terpenoid biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, active site / Chalcone and stilbene synthases active site. / Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8I9 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Cannabis sativa (アサ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nakashima, Y. / Lee, Y.E. / Morita, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Org.Lett. / : 2022
タイトル: Dual Engineering of Olivetolic Acid Cyclase and Tetraketide Synthase to Generate Longer Alkyl-Chain Olivetolic Acid Analogs.
著者: Lee, Y.E. / Nakashima, Y. / Kodama, T. / Chen, X. / Morita, H.
履歴
登録2021年12月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
B: 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
C: 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
D: 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,09921
ポリマ-170,4724
非ポリマー3,62817
11,187621
1
A: 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
C: 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,51714
ポリマ-85,2362
非ポリマー2,28112
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7300 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area27170 Å2
手法PISA
2
B: 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
D: 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5827
ポリマ-85,2362
非ポリマー1,3465
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area26110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.021, 66.930, 95.094
Angle α, β, γ (deg.)93.449, 102.107, 100.196
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase / Olivetol synthase / Polyketide synthase-1 / Tetraketide synthase


分子量: 42617.969 Da / 分子数: 4 / 変異: L190G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cannabis sativa (アサ) / 遺伝子: OLS, CAN24, PKS-1, TKS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B1Q2B6, 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase, 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Sリアーゼ類; -

-
非ポリマー , 6種, 638分子

#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-8I9 / ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] tridecanethioate


分子量: 963.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C34H60N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C10H22O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 621 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.18 Å / Num. obs: 148561 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 23.29 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rrim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.807 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4413 / CC1/2: 0.684 / Rrim(I) all: 1.117 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GW3
解像度: 2.1→47.18 Å / SU ML: 0.2657 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 26.5107
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 7306 4.92 %
Rwork0.1935 141255 -
obs0.1957 148561 92.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11738 0 156 621 12515
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003612484
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.617216898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04321883
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00352175
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.33684646
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.120.3552010.32164780X-RAY DIFFRACTION93.63
2.12-2.150.32772390.30544772X-RAY DIFFRACTION93.38
2.15-2.180.31772430.28874717X-RAY DIFFRACTION93.76
2.18-2.20.32480.2794716X-RAY DIFFRACTION93.55
2.2-2.230.34513070.28044856X-RAY DIFFRACTION93.57
2.23-2.260.29662410.26864538X-RAY DIFFRACTION92.87
2.26-2.290.32652810.25824764X-RAY DIFFRACTION93.63
2.29-2.330.29772430.26074717X-RAY DIFFRACTION93.44
2.33-2.370.28122470.24724705X-RAY DIFFRACTION93.68
2.37-2.40.32122540.23984796X-RAY DIFFRACTION93.52
2.4-2.450.24212570.23944668X-RAY DIFFRACTION93.07
2.45-2.490.28242840.22714696X-RAY DIFFRACTION93.54
2.49-2.540.28412460.22514695X-RAY DIFFRACTION92.7
2.54-2.590.28242300.21194754X-RAY DIFFRACTION93.26
2.59-2.650.25972130.21184753X-RAY DIFFRACTION93.1
2.65-2.710.28492360.20764683X-RAY DIFFRACTION92.67
2.71-2.770.28272330.21364717X-RAY DIFFRACTION92.08
2.78-2.850.24352640.2034550X-RAY DIFFRACTION91.73
2.85-2.930.24082030.19394648X-RAY DIFFRACTION90.17
2.93-3.030.24312620.18244579X-RAY DIFFRACTION90.38
3.03-3.140.22122440.17884569X-RAY DIFFRACTION91.64
3.14-3.260.1961870.16724760X-RAY DIFFRACTION92.12
3.26-3.410.19272490.15824823X-RAY DIFFRACTION94.73
3.41-3.590.19452290.14644791X-RAY DIFFRACTION94.4
3.59-3.820.17942290.14054827X-RAY DIFFRACTION94.4
3.82-4.110.18932170.14334735X-RAY DIFFRACTION93.33
4.11-4.520.18692740.13534679X-RAY DIFFRACTION92.51
4.52-5.180.17042460.14154744X-RAY DIFFRACTION93.48
5.18-6.520.23142230.19034730X-RAY DIFFRACTION93.7
6.52-47.180.19632760.18674493X-RAY DIFFRACTION89.24
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.311684552330.131484680369-0.01214579772490.6728668039880.4700562967091.363631536840.14105112288-0.142244151157-0.2408885975670.281673142559-0.1311800667420.072631840910.421007520825-0.138094185161-0.04841896006560.420118438522-0.0489188843492-0.00751417631290.2470886202560.01535661402890.23774270262410.2819431925.508785932628.9290663709
20.7076775118250.2919277183490.1880406266421.350272543720.7255682867321.145529525410.02038655087860.11920908365-0.2053924724710.02058733839180.0712715098769-0.06294873888680.2159778641210.125858829229-0.04885664964680.1921959163210.0225707626468-0.01731720036590.1723102195390.006187773391780.15352489883921.573389035731.710806062815.8293184388
31.12749974725-0.340227072515-0.1861320755070.501052664170.4576690168340.855316228995-0.00167325142769-0.129610446788-0.272558852070.455951033857-0.05886935645770.1022017157410.516715733189-0.3253982936370.07164960541420.566086996599-0.1625205139550.04146386134840.385690741630.02402144821480.34267448197429.09602457320.384691675972.8407778726
40.4117486009140.1040340832450.01692488378911.349114421360.5558677026211.053713523560.037188803818-0.0507708143373-0.0794656651630.276425750547-0.058681988984-0.06092639307730.293031541825-0.1238398188430.02322117459450.246674078737-0.0164983529337-0.02431038692320.1595255759890.01072223733050.1779819575540.831422554427.722011712160.5671320587
50.4749527818190.4985819917530.3729029105450.8823503053570.5421387676720.713694338918-0.0397678424019-0.1449156235680.218630567121-0.0274489051082-0.2397405298230.367422560136-0.175787801412-0.1839836429890.1523135962720.215919711662-0.01333549965930.01476077030860.308187708214-0.1006887097080.33258210742314.261993793166.259571989435.0311797053
60.5614457982060.2339664042810.1774655440361.059916803160.3947740616071.30980565705-0.1009893495190.09909110383130.101877000536-0.2254202631230.06171855949860.219176738866-0.1876490093050.05854235693910.02527032274010.222448432997-0.0094122342483-0.05900019820060.1700672440440.01354807339250.13583222081718.964643158353.402848814415.5662344689
71.290684653210.0957754545135-0.1547286554421.409220902550.9660642890691.450266432420.0552599878305-0.104495621110.1165263615530.0767399495532-0.1079224196010.259349940166-0.1516288160890.02023876971390.003278574246390.142517074817-0.05632016272620.0331582628280.255728154697-0.04555693234340.21484373398319.385815196858.466331468630.3946286279
80.7666022792860.2077551595290.4362479750650.8130101751640.4784823552240.420912815875-0.07010008713990.05961400679140.0258094707811-0.06465714061060.0890599954509-0.1002692540830.003040802985170.20525099923-0.06227125963090.163908931023-0.04063900990310.03003364758920.318158196118-0.02907094465840.16202186414230.292248209256.570756946526.1012209289
91.846658537160.0674029562503-0.5455204080150.361145643852-0.3661548536840.496720026594-0.0301859869131-0.008686935629560.149956139292-0.05548333744920.17747611545-0.24028946964-0.1000166791260.389630667025-0.08981764689240.15258020403-0.09427621562590.02007919664990.419116780728-0.07481385986960.27234763542642.668922955564.759815932928.4173990646
101.240664979530.370390333457-0.5057681842491.04210477233-0.002032112384941.041250723560.04818794279960.1064379556840.164501854556-0.1415239575650.0714778965649-0.0395336478377-0.362208547780.29785714508-0.1114832572440.296929409596-0.1091531021520.00519017779260.31635961276-0.02828421503710.18875720318833.7171707567.150415702520.0795559691
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 83 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 84 through 385 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 3 through 83 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 84 through 383 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 4 through 83 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 84 through 173 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 174 through 207 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 208 through 272 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 273 through 318 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 319 through 385 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 3 through 110 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 111 through 385 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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