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- PDB-7t5y: E. coli dihydroorotate dehydrogenase bound to the inhibitor HMNQ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t5y
タイトルE. coli dihydroorotate dehydrogenase bound to the inhibitor HMNQ
要素Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / inhibitor / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / FMN binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
3-methyl-2-[(2E)-non-2-en-1-yl]quinolin-4(1H)-one / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OROTIC ACID / PHOSPHATE ION / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Horwitz, S.M. / Ambarian, J.A. / Davis, K.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2022
タイトル: Structural insights into inhibition of the drug target dihydroorotate dehydrogenase by bacterial hydroxyalkylquinolines.
著者: Horwitz, S.M. / Blue, T.C. / Ambarian, J.A. / Hoshino, S. / Seyedsayamdost, M.R. / Davis, K.M.
履歴
登録2021年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,4579
ポリマ－80,5712
非ポリマー1,8877
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area24490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.046, 169.328, 129.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / DHOdehase / DHOD / DHODase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 40285.258 Da / 分子数: 2 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: pyrD, b0945, JW0928 / プラスミド: pET28a(+) / 詳細 (発現宿主): Kanamycin resistant / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0A7E1, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

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非ポリマー , 5種, 89分子

#2: 化合物 ChemComp-F2D / 3-methyl-2-[(2E)-non-2-en-1-yl]quinolin-4(1H)-one / 2-(2-ノネニル)-3-メチルキノリン-4(1H)-オン


分子量: 283.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H25NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: sodium malonate, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03384 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月17日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03384 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→48.3 Å / Num. obs: 34399 / % possible obs: 99.08 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 66.39 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1733 / Rpim(I) all: 0.06726 / Rrim(I) all: 0.1862 / Net I/σ(I): 9.91
反射 シェル解像度: 2.625→2.719 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 3231 / CC1/2: 0.996 / % possible all: 93.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換
開始モデル: 7T5K

7t5k


解像度: 2.62→48.3 Å / SU ML: 0.3676 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.0499
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2388 1259 3.66 %
Rwork0.2121 33094 -
obs0.2131 34353 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→48.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5039 0 130 82 5251
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115263
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1367149
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0699812
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.02181931
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.62-2.730.34731370.33073461X-RAY DIFFRACTION94.02
2.73-2.850.32311320.29863628X-RAY DIFFRACTION99.39
2.85-30.34711370.28463667X-RAY DIFFRACTION100
3-3.190.33111420.26833689X-RAY DIFFRACTION99.97
3.19-3.440.24811300.22013682X-RAY DIFFRACTION99.9
3.44-3.790.25311460.21463690X-RAY DIFFRACTION100
3.79-4.330.22071390.18213699X-RAY DIFFRACTION99.25
4.33-5.460.20341470.17173721X-RAY DIFFRACTION99.92
5.46-48.30.19691490.20673857X-RAY DIFFRACTION99.45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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