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万見
- PDB-7t2z: The structure of Haemophilus influenzae Rd KW20 nitroreductase co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t2z
タイトルThe structure of Haemophilus influenzae Rd KW20 nitroreductase complexed with 1-methyl-5-nitroimidazole
要素Putative NAD(P)H nitroreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nitroreductase / Haemophilus influenzae / 1-methyl-5-nitroimidazole
機能・相同性
機能・相同性情報


2,4,6-trinitrotoluene catabolic process / 酸化還元酵素 / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase NfsB-like / : / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / 1-methyl-5-nitro-1H-imidazole / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Putative NAD(P)H nitroreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2547 Å
データ登録者Wanniarachchi, T.N. / Bruner, S.D.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2022
タイトル: Biochemical and structural characterization of Haemophilus influenzae nitroreductase in metabolizing nitroimidazoles.
著者: Liu, D. / Wanniarachchi, T.N. / Jiang, G. / Seabra, G. / Cao, S. / Bruner, S.D. / Ding, Y.
履歴
登録2021年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative NAD(P)H nitroreductase
B: Putative NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7198
ポリマ－53,4952
非ポリマー1,2246
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10840 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area17100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.315, 57.315, 121.007
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative NAD(P)H nitroreductase


分子量: 26747.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: HI_1278 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57431, 酸化還元酵素

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非ポリマー , 5種, 91分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-EIV / 1-methyl-5-nitro-1H-imidazole


分子量: 127.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.68 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 8% v/v tacsimateTM pH 5.0 and 20% w/v polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2547→49.6481 Å / Num. obs: 20949 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.976 / CC star: 0.994 / Net I/σ(I): 7.82
反射 シェル解像度: 2.2547→2.3736 Å / 冗長度: 5 % / Num. unique obs: 2086 / CC1/2: 0.636 / CC star: 0.882 / % possible all: 99.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WT2

6wt2


解像度: 2.2547→49.6481 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2224 970 4.63 %RANDOM
Rwork0.1784 19980 --
obs0.1804 20949 99.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.71 Å2 / Biso mean: 46.2929 Å2 / Biso min: 22.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2547→49.6481 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3516 0 83 85 3684
Biso mean--39.5 46.84 -
残基数----438
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2547-2.37360.34341490.2632847299699
2.3736-2.52230.26831380.235828472985100
2.5223-2.7170.30211230.22328542977100
2.717-2.99040.25171500.213928523002100
2.9904-3.42310.25741300.190728692999100
3.4231-4.31230.1921390.154428663005100
4.3123-49.64810.17521410.144828452986100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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