PDB-7slz: CRYSTAL STRUCTURE OF GID4 IN COMPLEX WITH BPF023596

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7slz

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF GID4 IN COMPLEX WITH BPF023596

要素

Glucose-induced degradation protein 4 homolog

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / Pro/N-degron / protein degradation / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

Vacuolar import/degradation protein Vid24 / Vacuolar import and degradation protein / ubiquitin ligase complex / Regulation of pyruvate metabolism / ubiquitin protein ligase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytosol / Chem-9QU / Glucose-induced degradation protein 4 homolog

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Song, X. / Dong, A. / Calabrese, M. / Wang, F. / Owen, D. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF GID4 IN COMPLEX WITH BPF023596
著者: Song, X. / Dong, A. / Calabrese, M. / Wang, F. / Owen, D. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)

履歴

登録	2021年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月16日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7slz.cif.gz	84.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7slz.ent.gz	59.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7slz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/7slz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/7slz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wzzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hva-1 6ar2-2 6cct-d 6ccu-d 5lsl-4 6ghv-1 1czv-1 6ar0-d 5kk8-2 3q8v-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glucose-induced degradation protein 4 homolog

ヘテロ分子

20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.264, 40.264, 202.958
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Glucose-induced degradation protein 4 homolog / Vacuolar import and degradation protein 24 homolog 分子量: 19604.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GID4, C17orf39, VID24 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8IVV7
#2: 化合物	ChemComp-9QU / N-[(1s,4s)-4-(1H-benzimidazol-2-yl)cyclohexyl]-N~2~-[(1H-indol-2-yl)methyl]glycinamide 分子量: 401.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₇N₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.37 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 35% PEG 3350, 0.2M CaAC

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月4日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 12410 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 14.4 % / B_iso Wilson estimate: 44.42 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.014 / R_rim(I) all: 0.052 / Χ²: 0.816 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 179104

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.97-2	14.1	0.975	613	0.856	0.267	1.012	0.407	100
2-2.04	15.3	0.778	621	0.917	0.204	0.805	0.419	100
2.04-2.08	16.2	0.603	610	0.953	0.153	0.623	0.445	99.8
2.08-2.12	15.9	0.543	639	0.953	0.139	0.561	0.451	100
2.12-2.17	16.1	0.431	597	0.981	0.11	0.445	0.45	100
2.17-2.22	15.6	0.354	621	0.981	0.091	0.366	0.473	99.8
2.22-2.27	5.8	0.271	382	0.92	0.092	0.288	0.969	61
2.27-2.34	14.3	0.243	618	0.991	0.066	0.252	0.506	98.9
2.34-2.4	15	0.185	624	0.992	0.049	0.191	0.518	100
2.4-2.48	14.2	0.165	627	0.994	0.045	0.171	0.533	100
2.48-2.57	13.9	0.125	630	0.995	0.034	0.13	0.571	100
2.57-2.67	15.9	0.106	636	0.998	0.027	0.11	0.616	100
2.67-2.8	16.1	0.083	626	0.998	0.021	0.086	0.674	100
2.8-2.94	15.3	0.071	635	0.998	0.019	0.074	0.821	100
2.94-3.13	15	0.055	660	0.998	0.015	0.057	0.951	99.8
3.13-3.37	14.2	0.046	649	0.999	0.013	0.048	1.217	99.1
3.37-3.71	11.5	0.041	533	0.999	0.012	0.043	1.461	82.4
3.71-4.24	13.7	0.037	627	0.999	0.01	0.039	1.577	95
4.24-5.35	14	0.033	681	1	0.009	0.034	1.67	99
5.35-50	13.2	0.033	781	1	0.009	0.034	1.925	99.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.08 Å	39.49 Å
Translation	5.08 Å	39.49 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
BUSTER	2.10.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6wzz

6wzz

解像度: 1.97→39.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU R Cruickshank DPI: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.189 / SU R_free Blow DPI: 0.165 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.161

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	600	4.86 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.208	12336	96.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.12 Å² / B_iso mean: 51.01 Å² / B_iso min: 29.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.1076 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.1076 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.2152 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.97→39.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1265	0	30	39	1334
B_iso mean	-	-	50.92	50.41	-
残基数	-	-	-	-	159

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	422	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	253	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	1347	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	163	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	1440	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	1347	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1833	HARMONIC	2	0.98
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.91
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				15.85

LS精密化シェル

解像度: 1.97→1.99 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2769	25	6.07 %
R_work	0.2219	387	-
all	0.225	412	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -6.4701 Å / Origin y: 7.6964 Å / Origin z: 13.299 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.06 Å²	-0.0191 Å²	-0.0613 Å²	-	-0.1872 Å²	0.023 Å²	-	-	-0.0667 Å²
L	2.2576 °²	-0.59 °²	-0.6263 °²	-	3.647 °²	0.7843 °²	-	-	3.1658 °²
S	-0.0677 Å °	0.2323 Å °	0.2758 Å °	0.0263 Å °	0.0002 Å °	-0.0579 Å °	-0.1746 Å °	-0.0682 Å °	0.0675 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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