PDB-7r6z: OXA-48 bound by Compound 3.3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r6z

タイトル

OXA-48 bound by Compound 3.3

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / beta-lactamase / carbapenemase / beta-lactamase inhibitor / complex / oxacillinase / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Taylor, D.M. / Hu, L. / Prasad, B.V.V. / Sankaran, B. / Palzkill, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021
タイトル: Unique Diacidic Fragments Inhibit the OXA-48 Carbapenemase and Enhance the Killing of Escherichia coli Producing OXA-48.
著者: Taylor, D.M. / Anglin, J. / Hu, L. / Wang, L. / Sankaran, B. / Wang, J. / Matzuk, M.M. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.

履歴

登録	2021年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年12月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7r6z.ent.gz	175.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7r6z_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r6z_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7r6z_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	7r6z_validation.cif.gz	31.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/7r6z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/7r6z	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6xqrC 7jhqC 7k5vC 7l8oC 3hbrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7jhq-1 4s2n-2 5dtk-1 4s2p-d 5oft-d 6uvk-2 4wmc-3 1389 6q5f-2 6uvk-1 5dts-4 3hbr-2 5dtk-2 6q5b-1 6zrj-2 1k38-d 6zrj-4 6p96-d 5hfo-d 5dva-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

57.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.808, 121.808, 160.462
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-518- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Oxacillinase-48 / OXA-48 分子量: 28295.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: GHM residues are left behind at N-terminus after TEV cleavage 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: bla OXA-48, bla_1, bla_2, bla_5, blaOXA-48, B6R99_29845, GJD56_28020, GJJ04_29145, KPE71T_00045, SAMEA3538918_02768, SAMEA3538961_03054, SAMEA3673128_05462 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase

#1: タンパク質

Beta-lactamase / Oxacillinase-48 / OXA-48

分子量: 28295.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GHM residues are left behind at N-terminus after TEV cleavage
由来: (組換発現)

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: bla OXA-48, bla_1, bla_2, bla_5, blaOXA-48, B6R99_29845, GJD56_28020, GJJ04_29145, KPE71T_00045, SAMEA3538918_02768, SAMEA3538961_03054, SAMEA3673128_05462
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 309分子

#2: 化合物	ChemComp-3I0 / 4-amino-5-hydroxynaphthalene-2,7-disulfonic acid / H酸分子量: 319.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₉NO₇S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris HCl pH 8.5, 25% v/v PEG 550 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.999889 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999889 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→34.35 Å / Num. obs: 41784 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 26.1 % / B_iso Wilson estimate: 23.91 Å² / R_merge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 34.125
反射シェル	解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 26.4 % / R_merge(I) obs: 0.803 / Num. unique obs: 4062 / R_rim(I) all: 0.819

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HBR

3hbr

解像度: 2.1→34.35 Å / SU ML: 0.1752 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.3654
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1951	2044	4.9 %
R_work	0.166	39663	-
obs	0.1675	41707	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3964	0	66	299	4329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0021	4122
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4726	5578
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0409	582
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0029	742
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.9981	560

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.15	0.2628	127	0.1831	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.15-2.2	0.2192	121	0.1789	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.26	0.2706	142	0.2064	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.26-2.33	0.2457	125	0.1853	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.4	0.209	156	0.1782	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.49	0.2301	142	0.182	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.59	0.2191	128	0.1798	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.7	0.2151	118	0.1796	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.85	0.1992	141	0.1761	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3.02	0.1889	157	0.1846	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.26	0.2074	131	0.1815	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.59	0.172	117	0.1596	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.59-4.1	0.1842	153	0.1477	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.1-5.17	0.169	143	0.1354	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.17-34.35	0.1615	143	0.1587	2896	X-RAY DIFFRACTION	99.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.44738767072	0.487194452431	-0.0501458166563	3.78216066684	0.704803534755	3.35306134066	-0.257693342664	0.157652928873	0.533422802713	-0.212558004951	0.151252049324	0.410301720495	-0.743204399502	-0.15088534751	-0.000692768545046	0.477864486072	-0.0480119485283	-0.124124474899	0.146370864143	0.035843727668	0.412156351954	51.6748453142	3.7154959363	-24.5598754851
2	1.53908312211	0.0375152354123	0.162492225131	4.93258844821	-0.311724791505	1.22296774378	-0.0726097835948	0.0676490469147	0.0788799100624	-0.0652076954563	0.0619543886435	-0.146434122791	-0.166074755456	0.117909345084	0.00225227073687	0.235395036134	-0.0414430142763	-0.00673762177793	0.126936859211	-0.0377595102156	0.133988799264	61.3034560913	-10.7057157236	-17.2903201689
3	4.41251951352	-0.419925136306	-1.12489599267	2.76190613504	-0.23880115126	3.35786114218	0.0028098783657	-0.203667188484	-0.0926707884162	0.288007510984	0.0826883927953	0.0837845172559	0.430951738127	-0.204066897134	-0.0754950127108	0.301964906332	-0.0570404459434	0.00637436804531	0.155323298112	-0.0190504303631	0.166931015174	52.6745528817	-26.194335009	-9.40479653647
4	4.78181875795	0.526310112799	-2.8012553148	3.2153092916	-2.01619674156	5.83651680404	-0.240945310439	-0.101831925129	-0.298705013858	-0.0534723431667	0.0531067269564	-0.390198588989	0.424686606277	0.547648039271	0.20212382791	0.224685173758	0.0288109452166	-0.0319072507392	0.168181524864	-0.0924718550656	0.188895487427	67.1710100737	-21.7651803985	-14.3090532854
5	1.36095881411	0.280760464499	0.878598735415	1.82780239703	0.559710428571	1.62295569719	-0.164371584505	0.256987262248	0.00253590906481	-0.071702279705	0.203056464384	-0.135373910059	-0.163119776921	0.406867190796	-0.0347273997405	0.188731600506	-0.0774052145437	0.027168628376	0.180530926847	-0.0304187912991	0.153135864102	62.9330653902	-14.673276853	-21.3977367858
6	2.03058369534	0.82376348557	0.490775077479	2.51913314464	0.421461639284	0.801106075033	-0.23557847991	-0.0299169596806	0.243954455331	-0.0896804446477	0.0341011426922	0.21915607767	-0.361137139537	-0.176212077529	0.201981093659	0.230283229265	-0.0176082468456	-0.0123802244682	0.099095897176	-0.0246078284841	0.179130703743	50.5027269121	-8.35208979259	-19.4453364648
7	2.81206069786	-0.02509080039	1.95892274879	3.57780346457	-1.72500456316	2.82475643291	-0.241736610804	0.115271801331	0.24918671666	-0.0842857717758	0.0115964546139	0.605143534098	-0.74848252028	-0.697850175001	0.252227221899	0.338303011159	0.0593030588181	-0.0767274128494	0.203792870186	-0.0729674257792	0.359810267529	43.6668542538	-2.21528877888	-19.5535908609
8	4.76819271069	-0.165530193795	0.219374527138	2.43302074876	-0.976698950685	1.71401595453	0.230683053645	-0.426993806028	-0.00959186452425	0.320926708056	-0.00902915882623	0.67170670726	0.259353824199	-0.641080324638	-0.111700541436	0.425653696153	-0.375686453832	0.204121498807	0.699191615233	-0.249976556781	0.542073236752	21.2276351375	-35.7001071417	-22.0659378743
9	1.75682454473	1.0678140283	-0.0822008406072	1.3623265879	-0.221106912869	1.72656339857	0.107062131471	-0.103997971302	-0.129306547118	0.253336373791	-0.162686328119	0.240913106196	0.27948507105	-0.329133735031	0.0458250817457	0.304676853898	-0.157936020352	0.0605146154711	0.230121141449	-0.0529792949708	0.247852279373	32.3944791449	-36.2571378234	-31.05501182
10	3.60359747225	-1.56760260227	-0.476533674646	4.08652729371	-0.0888696974171	1.85914701127	-0.00798482253844	0.310623973937	0.331362785173	-0.176013567676	-0.03875421318	0.0879197077133	-0.370483929452	0.050740920915	0.0639393202541	0.256825619681	-0.105637685776	-0.0337422679729	0.204357594686	0.0196372942494	0.228518552212	41.7232941285	-18.3439288084	-45.2854525336
11	2.35527466735	-1.05936837296	0.348713735336	1.26732228829	0.691493096819	2.75780002686	-0.00927845123335	0.23359286339	0.031318901627	-0.0580033604133	-0.103030746987	-0.095292281953	0.0587621007186	0.151524612712	0.0821865235901	0.215729831097	-0.117692959588	0.00349018334095	0.194040358724	-0.0351597630234	0.155851735374	43.8456358255	-33.8756479296	-47.7318224407
12	1.9525162225	0.69458888502	0.615429469487	1.42835673066	0.491711257381	1.58323279434	0.0333276124825	0.217133959471	-0.184219067571	0.0738247054122	0.0604067212995	0.0916314275417	0.272318370251	-0.00989079327004	-0.114329098011	0.218399138988	-0.0975907770484	0.00988449712488	0.174145944323	-0.0326321577205	0.170849231205	40.9990334317	-36.2812801279	-37.6255287613
13	3.89112787726	1.50975857504	3.03392888749	2.20257317388	1.23019536938	4.18453077048	-0.0453161806526	-0.0399981561964	0.204754725678	0.0195274131696	-0.227082523224	0.397917600074	0.0194362378609	-0.516853722939	0.279777664748	0.164698654546	-0.0544501713704	0.0106867180714	0.233083473358	-0.0782559569076	0.256947323708	32.6185845604	-25.9073530724	-32.7350639972
14	2.09114563993	0.705127732447	0.175118626246	2.62110347147	0.737728318924	2.2151455943	0.0938505162077	-0.148958378224	0.0099125066586	0.210413174818	-0.191674500344	0.39334996453	0.0813800608234	-0.33410023294	0.0597994672118	0.193327391068	-0.122089266545	0.0605427728334	0.23588310034	-0.0585460278288	0.254226025321	31.8858331612	-30.4806809647	-27.5348580293
15	1.81828083017	0.182213560413	1.24264023456	2.63117492078	-1.55651015257	3.17949606026	0.0439270158329	-0.501695993317	0.359818015633	0.353662146971	-0.0930112574283	0.662604876792	-0.373479512727	-0.733187989643	-0.0814900713365	0.251866928068	-0.0852481434178	0.119639890866	0.440158246547	-0.168290389426	0.452343772135	25.8952623314	-25.5356097225	-23.8599129014

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 24 through 58 )	A	A	24 - 58	1 - 35
2	2	chain 'A' and (resid 59 through 82 )	A	A	59 - 82	36 - 59
3	3	chain 'A' and (resid 83 through 119 )	A	A	83 - 119	60 - 96
4	4	chain 'A' and (resid 120 through 142 )	A	A	120 - 142	97 - 119
5	5	chain 'A' and (resid 143 through 194 )	A	A	143 - 194	120 - 171
6	6	chain 'A' and (resid 195 through 243 )	A	A	195 - 243	172 - 220
7	7	chain 'A' and (resid 244 through 265 )	A	A	244 - 265	221 - 242
8	8	chain 'B' and (resid 24 through 38 )	B	F	24 - 38	1 - 15
9	9	chain 'B' and (resid 39 through 82 )	B	F	39 - 82	16 - 59
10	10	chain 'B' and (resid 83 through 119 )	B	F	83 - 119	60 - 96
11	11	chain 'B' and (resid 120 through 142 )	B	F	120 - 142	97 - 119
12	12	chain 'B' and (resid 143 through 194 )	B	F	143 - 194	120 - 171
13	13	chain 'B' and (resid 195 through 218 )	B	F	195 - 218	172 - 195
14	14	chain 'B' and (resid 219 through 243 )	B	F	219 - 243	196 - 220
15	15	chain 'B' and (resid 244 through 265 )	B	F	244 - 265	221 - 242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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