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- PDB-7k5v: OXA-48 bound by Compound 3.1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k5v
タイトルOXA-48 bound by Compound 3.1
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / beta-lactamase / carbapenemase / beta-lactamase inhibitor / complex / oxacillinase / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
NAPHTHALENE-2,6-DISULFONIC ACID / Beta-lactamase OXA-48
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Taylor, D.M. / Hu, L. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021
タイトル: Unique Diacidic Fragments Inhibit the OXA-48 Carbapenemase and Enhance the Killing of Escherichia coli Producing OXA-48.
著者: Taylor, D.M. / Anglin, J. / Hu, L. / Wang, L. / Sankaran, B. / Wang, J. / Matzuk, M.M. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.
履歴
登録2020年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,35610
ポリマ－56,5902
非ポリマー7668
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area19860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.922, 122.922, 161.143
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

-
要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Oxacillinase-48 / OXA-48


分子量: 28295.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: bla OXA-48, bla_1, bla_2, bla_5, blaOXA-48, B6R99_29845, GJD56_28020, GJJ04_29145, KPE71T_00045, SAMEA3538918_02768, SAMEA3538961_03054, SAMEA3673128_05462
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-BIH / NAPHTHALENE-2,6-DISULFONIC ACID / 2,6-NAPHTHALENEDISULFONIC ACID / 2,6-NAPHTHALENEDISULPHONIC ACID / 2,6-ナフタレンジスルホン酸


分子量: 288.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8O6S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.66 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS 8.5 pH, 25 %v/v PEG 550 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999957 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→29.61 Å / Num. obs: 18259 / % possible obs: 99.65 % / 冗長度: 16 % / Biso Wilson estimate: 47.53 Å2 / CC1/2: 0.961 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.672 / Mean I/σ(I) obs: 5.17 / Num. unique obs: 1751

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3hbr

3hbr


解像度: 2.8→29.61 Å / SU ML: 0.3231 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.0027
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2367 960 5.26 %
Rwork0.1923 17297 -
obs0.1946 18257 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3964 0 45 0 4009
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00284103
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58625558
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0456578
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0025738
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.9952557
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.950.32451260.27022382X-RAY DIFFRACTION98.51
2.95-3.130.33741450.27932410X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.370.30791290.2452428X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.710.25351530.21232432X-RAY DIFFRACTION100
3.71-4.250.20521330.17432477X-RAY DIFFRACTION100
4.25-5.350.20461380.15292504X-RAY DIFFRACTION99.92
5.35-29.610.17821360.15432664X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.02431630838-0.389750343051.450154989984.110138403370.5458071001882.71277512968-0.2371430450240.196700044045-0.113102934233-0.2243289157020.09034595041490.53455358889-0.83932411240.1464812018190.2273707522360.698638053642-0.0701366852587-0.1390725177430.375349308752-0.05590526860730.81445767763550.43803041326.61019304824-21.8781217478
23.621815193611.332158580730.04291999567884.669284126930.2761701220162.40569050931-0.493378434160.3039121853460.539718076263-0.006826374518780.2658002437650.165909221774-0.1242740524290.08819931043450.03513752202970.529711249404-0.113425882339-0.1079924716110.2781966331440.03885989438240.51922577730153.92393208790.942565407997-26.7027457304
31.71486593481.2945777210.2281236025612.65549264037-0.1830669019772.65598244763-0.102118164236-0.0195856923672-0.1520202744620.1053997675910.172126468862-0.09379990285420.404813786197-0.15825862866-0.02453956542780.3739636528890.001436930108090.005547322622980.285976092282-0.02780145812410.35312137250756.6570262384-20.5176585811-12.4445475568
45.39171545914-0.0385549200444-2.578567260424.3059116702-0.3870831555427.72850596425-0.0692313001324-0.198151475915-0.6315620224020.0138007422607-0.0218573461769-0.5306319518610.8084099752550.8367849279520.1301492075670.3808586246460.0114717463421-0.02659318740280.259028804225-0.05460255080660.33199714277867.969727309-21.9699191647-14.3210964251
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83.228991806970.5762503318620.7074173728321.66061430882-0.1827431816253.475008048310.187908437208-0.4887220007150.4316891214810.5410891942570.220064826630.4446622429160.169820956533-1.16035436182-0.2409908402180.57822085008-0.4223372664090.2771903080380.761369042009-0.2102989955390.79916144630321.5077307318-35.7851080952-22.2949120024
93.252105396060.1261218890160.3491962561242.97792405233-0.09523966504681.49149491523-0.2117786800670.0417688800349-0.3507884648650.6629289100150.01550088113920.142653766670.0451747900604-0.06774356944170.09233715978110.630176237777-0.226658643970.08067130741970.4485371881-0.03764761169150.45657319253229.394923954-37.7189586176-22.5892504742
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 24 through 38 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 58 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 59 through 119 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 120 through 142 )
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9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 39 through 58 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 59 through 155 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 156 through 194 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 195 through 231 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 232 through 265 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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