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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7jhq | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | OXA-48 bound by Compound 2.3 | ||||||
Components | Beta-lactamase OXA-48 | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / beta-lactamase / carbapenemase / beta-lactamase inhibitor / complex / oxacillinase / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationpenicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Klebsiella pneumoniae (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Taylor, D.M. / Hu, L. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Acs Infect Dis. / Year: 2021Title: Unique Diacidic Fragments Inhibit the OXA-48 Carbapenemase and Enhance the Killing of Escherichia coli Producing OXA-48. Authors: Taylor, D.M. / Anglin, J. / Hu, L. / Wang, L. / Sankaran, B. / Wang, J. / Matzuk, M.M. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7jhq.cif.gz | 503.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7jhq.ent.gz | 346.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7jhq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7jhq_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7jhq_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
| Data in XML | 7jhq_validation.xml.gz | 42.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 7jhq_validation.cif.gz | 59.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/7jhq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/7jhq | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6xqrC ![]() 7k5vC ![]() 7l8oC ![]() 7r6zC ![]() 3hbrS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 28295.053 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Compound was expressed with His tag and TEV cleavage site. GHM residues were left after TEV cleavage and are present before the mature OXA-48 sequence Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae (bacteria)Gene: bla OXA-48, bla_1, bla_2, bla_5, blaOXA-48, B6R99_29845, GJD56_28020, GJJ04_29145, KPE71T_00045, SAMEA3538918_02768, SAMEA3538961_03054, SAMEA3673128_05462 Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 635 molecules 










| #2: Chemical | ChemComp-VAJ / [ #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-PEG / | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.73 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1M Tris HCl pH 8.5, 30% v/v PEG 400 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 0.999999 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 25, 2017 |
| Radiation | Monochromator: Double-crystal Si(111) and multilayer / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.999999 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2→43.8 Å / Num. obs: 88806 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 30.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 9.27 |
| Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.97 / Num. unique obs: 4424 / CC1/2: 0.939 / % possible all: 100 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3HBR Resolution: 2→34.84 Å / SU ML: 0.2172 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 22.2102 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 39.36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→34.84 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Klebsiella pneumoniae (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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