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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qpw | ||||||
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タイトル | X-ray structure of the adduct obtained upon reaction of [cis-Rh2(OCOCH3)2(OCOCF3)2] with RNase A (1) | ||||||
要素 | Ribonuclease pancreatic | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Protein metalation / dirhodium tetraacetate derivative / dimetallic paddlewheel complexes | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å | ||||||
データ登録者 | Loreto, D. / Merlino, A. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2022 タイトル: Reactivity of a fluorine-containing dirhodium tetracarboxylate compound with proteins. 著者: Loreto, D. / Esposito, A. / Demitri, N. / Guaragna, A. / Merlino, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qpw.cif.gz | 135.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qpw.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7qpw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qpw_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qpw_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7qpw_validation.xml.gz | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qpw_validation.cif.gz | 28.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/7qpw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/7qpw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease #2: 化合物 | ChemComp-F5T / | #3: 化合物 | ChemComp-F3I / ( | #4: 化合物 | ChemComp-F5I / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.64 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 22 % PEG 4K 0.01 M sodium citrate pH 5.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→73.06 Å / Num. obs: 84723 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.699 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4212 / CC1/2: 0.738 / Rpim(I) all: 0.479 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1JVT 解像度: 1.15→73.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.228 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.035 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.985 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→73.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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