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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oa3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Chili RNA aptamer in complex with DMHBO+ (Iridium hexammine co-crystallized form) | ||||||
要素 | Chili RNA Aptamer | ||||||
キーワード | RNA / RNA aptamer / aptamer / Chili / fluorogenic RNA | ||||||
機能・相同性 | GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / DMHBO+ / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Mieczkowski, M. / Pena, V. / Hoebartner, C. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Large Stokes shift fluorescence activation in an RNA aptamer by intermolecular proton transfer to guanine. 著者: Mieczkowski, M. / Steinmetzger, C. / Bessi, I. / Lenz, A.K. / Schmiedel, A. / Holzapfel, M. / Lambert, C. / Pena, V. / Hobartner, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oa3.cif.gz | 154.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7oa3.ent.gz | 104 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7oa3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7oa3_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7oa3_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7oa3_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7oa3_validation.cif.gz | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/7oa3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/7oa3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
-RNA鎖 , 1種, 2分子 AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 16932.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 5種, 15分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 化合物 | ChemComp-IR / #6: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: PEG400, MES , spermine tetrahydrochloride, iridium (III) hexamine PH範囲: 5.4 - 5.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.1035 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月24日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1035 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→45.92 Å / Num. obs: 8215 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 132.08 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.067 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1177 / CC1/2: 0.534 / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→45.92 Å / SU ML: 0.6033 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 41.8568 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 155.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 26.266804016 Å / Origin y: -1.0567545672 Å / Origin z: 9.69210838555 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |