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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ndm
タイトルCrystal structure of the heterocyclic toxin methyltransferase from Mycobacterium tuberculosis with bound substrate 4-hydroxyisoquinolin-1(2H)-one
要素Heterocyclic toxin methyltransferase (Rv0560c)
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase / HQNO-detoxification / SAM-dependent / 1 / 4-dihydroxyisoqunioline
機能・相同性
機能・相同性情報


2-heptyl-1-hydroxyquinolin-4(1H)-one methyltransferase / response to salicylic acid / cellular response to iron ion starvation / methyltransferase activity / methylation / response to hypoxia / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / 4-oxidanyl-2~{H}-isoquinolin-1-one / 2-heptyl-1-hydroxyquinolin-4(1H)-one methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Denkhaus, L. / Sartor, P. / Einsle, O. / Gerhardt, S. / Fetzner, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)FE 383/25-1 ドイツ
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural basis of O-methylation of (2-heptyl-)1-hydroxyquinolin-4(1H)-one and related compounds by the heterocyclic toxin methyltransferase Rv0560c of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Sartor, P. / Denkhaus, L. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Fetzner, S.
履歴
登録2021年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年10月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42025年12月10日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heterocyclic toxin methyltransferase (Rv0560c)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1377
ポリマ－26,4201
非ポリマー7176
水5,891327
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area580 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area9760 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)70.337, 70.337, 97.885
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-515-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Heterocyclic toxin methyltransferase (Rv0560c)


分子量: 26420.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv / 遺伝子: Rv0560c / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysSRARE / 参照: UniProt: P9WKL5

-
非ポリマー , 5種, 333分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-U8N / 4-oxidanyl-2~{H}-isoquinolin-1-one


分子量: 161.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 2.3 M sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.348→60.914 Å / Num. obs: 51446 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 13.36 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.26 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.273 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.348→1.445 Å / Num. unique obs: 2574 / CC1/2: 0.49 / % possible all: 47.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BGG

7bgg


解像度: 1.35→19.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU R Cruickshank DPI: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.057 / SU Rfree Blow DPI: 0.058 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.054
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 2574 5.01 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.167 51416 82.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3013 Å20 Å20 Å2
2---0.3013 Å20 Å2
3---0.6026 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.35→19.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1625 0 48 327 2000
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011765HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.052412HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d602SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes341HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1765HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.81
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion228SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2430SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2525 -6.41 %
Rwork0.2123 963 -
all0.2148 1029 -
obs--14.66 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.7836 Å / Origin y: -19.4341 Å / Origin z: -12.9593 Å
111213212223313233
T-0.0244 Å2-0.0008 Å20.0052 Å2--0.0229 Å20.0028 Å2---0.0174 Å2
L0.4134 °20.0903 °2-0.0212 °2-0.7699 °2-0.293 °2--0.5927 °2
S0.0088 Å °0.0246 Å °0.0111 Å °-0.0164 Å °-0.0228 Å °-0.0232 Å °0.0153 Å °-0.0106 Å °0.014 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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