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- PDB-2zgj: Crystal Structure of D86N-GzmM Complexed with Its Optimal Synthes... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zgj
タイトルCrystal Structure of D86N-GzmM Complexed with Its Optimal Synthesized Substrate
要素
  • Granzyme M
  • SSGKVPLS
キーワードHYDROLASE / Serine protease / synthesized peptide / Cytolysis / Glycoprotein / Secreted / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


Alternative complement activation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / protein maturation / T cell mediated cytotoxicity / killing of cells of another organism / innate immune response / serine-type endopeptidase activity / apoptotic process / proteolysis ...Alternative complement activation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / protein maturation / T cell mediated cytotoxicity / killing of cells of another organism / innate immune response / serine-type endopeptidase activity / apoptotic process / proteolysis / extracellular space / membrane
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wu, L.F. / Wang, L. / Hua, G.Q. / Liu, K. / Zhai, Y.J. / Sun, F. / Fan, Z.S.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for proteolytic specificity of the human apoptosis-inducing granzyme M
著者: Wu, L. / Wang, L. / Hua, G. / Liu, K. / Yang, X. / Zhai, Y. / Bartlam, M. / Sun, F. / Fan, Z.
履歴
登録2008年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Granzyme M
B: SSGKVPLS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2916
ポリマ－26,9062
非ポリマー3844
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-47.3 kcal/mol
Surface area11210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.487, 74.487, 112.689
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Granzyme M / Met-ase / Natural killer cell granular protease / HU-Met-1 / Met-1 serine protease


分子量: 26131.562 Da / 分子数: 1 / 変異: D86N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Refolding from inclusion bodies / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GZMM, MET1 / プラスミド: pET26b-D86N-GzmM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)
参照: UniProt: P51124, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: タンパク質・ペプチド SSGKVPLS


分子量: 774.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide synthesis
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.33 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Bicine, 0.2M Li2SO4, 21% PEG3350, pH8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 16708 / Num. obs: 16608 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 36.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 3.38 / Num. unique all: 1080 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZGC

2zgc


解像度: 2.3→26.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 12.407 / SU ML: 0.16 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28779 832 5 %RANDOM
Rwork0.23994 ---
obs0.24226 15700 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.105 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å2-0.13 Å20 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→26.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1796 0 20 98 1914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.954
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.007
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.246
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.314
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.16
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.207
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.944
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.533
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.543
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.714
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 67 -
Rwork0.204 1125 -
obs--99.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.94741.0202-0.56353.1169-1.53232.90070.09250.05150.1435-0.04770.04390.2251-0.0691-0.1876-0.1363-0.1601-0.02930.0048-0.1725-0.0046-0.127721.226-13.19580.9326
253.8486-3.231422.255111.305213.573729.20310.3880.6965-0.72520.74470.2340.1821-0.571.8389-0.6220.0093-0.11160.1012-0.13200.027828.7376-23.91824.4917
31.2315-3.7816-0.786211.64421.810812.0230.48540.4853-0.0897-0.7203-0.1082-0.8990.8413-0.3297-0.37710.1233-0.0498-0.2378-0.01940.00740.093126.4549-4.6491-5.8872
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 2311 - 231
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 82 - 8
3X-RAY DIFFRACTION3AC - F241 - 2441

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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