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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lep | ||||||
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タイトル | The composite LBD-TMD structure combined from all hippocampal AMPAR subtypes at 3.25 Angstrom resolution | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / Native hippocampal ion channel | ||||||
機能・相同性 | ![]() Phase 2 - plateau phase / Phase 0 - rapid depolarisation / negative regulation of receptor localization to synapse / negative regulation of anterograde synaptic vesicle transport / Cargo concentration in the ER / LGI-ADAM interactions / COPII-mediated vesicle transport / Trafficking of AMPA receptors / localization within membrane / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome ...Phase 2 - plateau phase / Phase 0 - rapid depolarisation / negative regulation of receptor localization to synapse / negative regulation of anterograde synaptic vesicle transport / Cargo concentration in the ER / LGI-ADAM interactions / COPII-mediated vesicle transport / Trafficking of AMPA receptors / localization within membrane / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / L-type voltage-gated calcium channel complex / regulation of AMPA receptor activity / neurotransmitter receptor internalization / channel regulator activity / protein phosphatase 2B binding / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / transmission of nerve impulse / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / AMPA glutamate receptor complex / calcium channel regulator activity / voltage-gated calcium channel activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / glutamate-gated receptor activity / dendrite membrane / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / dendritic shaft / synaptic transmission, glutamatergic / regulation of membrane potential / postsynaptic density membrane / ionotropic glutamate receptor binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / postsynaptic membrane / dendritic spine / membrane => GO:0016020 / postsynaptic density / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / endoplasmic reticulum membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å | ||||||
![]() | Yu, J. / Rao, P. / Gouaux, E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Hippocampal AMPA receptor assemblies and mechanism of allosteric inhibition. 著者: Jie Yu / Prashant Rao / Sarah Clark / Jaba Mitra / Taekjip Ha / Eric Gouaux / ![]() 要旨: AMPA-selective glutamate receptors mediate the transduction of signals between the neuronal circuits of the hippocampus. The trafficking, localization, kinetics and pharmacology of AMPA receptors are ...AMPA-selective glutamate receptors mediate the transduction of signals between the neuronal circuits of the hippocampus. The trafficking, localization, kinetics and pharmacology of AMPA receptors are tuned by an ensemble of auxiliary protein subunits, which are integral membrane proteins that associate with the receptor to yield bona fide receptor signalling complexes. Thus far, extensive studies of recombinant AMPA receptor-auxiliary subunit complexes using engineered protein constructs have not been able to faithfully elucidate the molecular architecture of hippocampal AMPA receptor complexes. Here we obtain mouse hippocampal, calcium-impermeable AMPA receptor complexes using immunoaffinity purification and use single-molecule fluorescence and cryo-electron microscopy experiments to elucidate three major AMPA receptor-auxiliary subunit complexes. The GluA1-GluA2, GluA1-GluA2-GluA3 and GluA2-GluA3 receptors are the predominant assemblies, with the auxiliary subunits TARP-γ8 and CNIH2-SynDIG4 non-stochastically positioned at the B'/D' and A'/C' positions, respectively. We further demonstrate how the receptor-TARP-γ8 stoichiometry explains the mechanism of and submaximal inhibition by a clinically relevant, brain-region-specific allosteric inhibitor. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 391.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 310.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 70.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 101 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and ... , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 43650.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 43702.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 3種, 6分子 BDEFGH
#2: タンパク質 | 分子量: 47252.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 18755.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 23242.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 42分子 ![](data/chem/img/ZK1.gif)
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![](data/chem/img/D10.gif)
![](data/chem/img/XVD.gif)
![](data/chem/img/OCT.gif)
![](data/chem/img/D12.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-ZK1 / {[ #7: 化合物 | ChemComp-POV / ( #8: 化合物 | ChemComp-C14 / | #9: 化合物 | ChemComp-D10 / | #10: 化合物 | #11: 化合物 | #12: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Composite LBD-TMD complex from the combined hippocampal AMPAR subtypes タイプ: COMPLEX / 詳細: Bound with MPQX and JNJ55511118 / Entity ID: #1-#5 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / カテゴリ: CTF補正 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 116710 / 対称性のタイプ: POINT |