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万見
- PDB-7lde: native AMPA receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lde
タイトルnative AMPA receptor
要素
  • 11B8 scFv
  • 15F1 Fab heavy chain
  • 15F1 Fab light chain
  • Glutamate receptor
  • Glutamate receptor 1
  • Protein cornichon homolog 2
  • Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
キーワードMEMBRANE PROTEIN / neurotransmitter / hippocampus / ion-channel / glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


Phase 0 - rapid depolarisation / Phase 2 - plateau phase / Activation of AMPA receptors / Synaptic adhesion-like molecules / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / cellular response to amine stimulus / axonal spine / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors ...Phase 0 - rapid depolarisation / Phase 2 - plateau phase / Activation of AMPA receptors / Synaptic adhesion-like molecules / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / cellular response to amine stimulus / axonal spine / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / LGI-ADAM interactions / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of membrane potential / positive regulation of locomotion involved in locomotory behavior / localization within membrane / cellular response to ammonium ion / response to sucrose / L-type voltage-gated calcium channel complex / proximal dendrite / myosin V binding / neuron spine / channel regulator activity / cellular response to L-glutamate / regulation of AMPA receptor activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / conditioned place preference / response to arsenic-containing substance / cellular response to dsRNA / dendritic spine membrane / long-term synaptic depression / beta-2 adrenergic receptor binding / cellular response to peptide hormone stimulus / response to morphine / neuronal cell body membrane / peptide hormone receptor binding / protein kinase A binding / response to psychosocial stress / spinal cord development / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / response to lithium ion / immunoglobulin binding / behavioral response to pain / AMPA glutamate receptor complex / ionotropic glutamate receptor complex / adenylate cyclase binding / excitatory synapse / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of receptor recycling / G-protein alpha-subunit binding / long-term memory / postsynaptic density, intracellular component / glutamate receptor binding / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / neuronal action potential / response to electrical stimulus / glutamate-gated receptor activity / synapse assembly / response to fungicide / vesicle-mediated transport / presynaptic active zone membrane / somatodendritic compartment / glutamate-gated calcium ion channel activity / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / dendrite membrane / calcium channel regulator activity / dendritic shaft / regulation of membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / response to cocaine / synaptic membrane / response to nutrient levels / postsynaptic density membrane / neuromuscular junction / Schaffer collateral - CA1 synapse / cerebral cortex development / small GTPase binding / receptor internalization / calcium channel activity / long-term synaptic potentiation / synaptic vesicle membrane / recycling endosome membrane / synaptic vesicle / G-protein beta-subunit binding / cell-cell junction / response to estradiol / presynapse / amyloid-beta binding / cell body / early endosome membrane / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / dendritic spine / response to ethanol / postsynaptic membrane / postsynapse / neuron projection
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, gamma-8 subunit / Cornichon / Cornichon, conserved site / Cornichon protein / Cornichon family signature. / Cornichon / : / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily ...Voltage-dependent calcium channel, gamma-8 subunit / Cornichon / Cornichon, conserved site / Cornichon protein / Cornichon family signature. / Cornichon / : / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRADECANE / DECANE / DODECANE / nonane / HEPTANE / N-OCTANE / HEXADECANE / Chem-XVD / Chem-ZK1 / Glutamate receptor ...TETRADECANE / DECANE / DODECANE / nonane / HEPTANE / N-OCTANE / HEXADECANE / Chem-XVD / Chem-ZK1 / Glutamate receptor / Protein cornichon homolog 2 / Glutamate receptor 1 / Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Yu, J. / Rao, P. / Gouaux, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS038631 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Hippocampal AMPA receptor assemblies and mechanism of allosteric inhibition.
著者: Jie Yu / Prashant Rao / Sarah Clark / Jaba Mitra / Taekjip Ha / Eric Gouaux /
要旨: AMPA-selective glutamate receptors mediate the transduction of signals between the neuronal circuits of the hippocampus. The trafficking, localization, kinetics and pharmacology of AMPA receptors are ...AMPA-selective glutamate receptors mediate the transduction of signals between the neuronal circuits of the hippocampus. The trafficking, localization, kinetics and pharmacology of AMPA receptors are tuned by an ensemble of auxiliary protein subunits, which are integral membrane proteins that associate with the receptor to yield bona fide receptor signalling complexes. Thus far, extensive studies of recombinant AMPA receptor-auxiliary subunit complexes using engineered protein constructs have not been able to faithfully elucidate the molecular architecture of hippocampal AMPA receptor complexes. Here we obtain mouse hippocampal, calcium-impermeable AMPA receptor complexes using immunoaffinity purification and use single-molecule fluorescence and cryo-electron microscopy experiments to elucidate three major AMPA receptor-auxiliary subunit complexes. The GluA1-GluA2, GluA1-GluA2-GluA3 and GluA2-GluA3 receptors are the predominant assemblies, with the auxiliary subunits TARP-γ8 and CNIH2-SynDIG4 non-stochastically positioned at the B'/D' and A'/C' positions, respectively. We further demonstrate how the receptor-TARP-γ8 stoichiometry explains the mechanism of and submaximal inhibition by a clinically relevant, brain-region-specific allosteric inhibitor.
履歴
登録2021年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23284
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 1
B: Glutamate receptor
C: Glutamate receptor 1
D: Glutamate receptor
E: Protein cornichon homolog 2
F: Protein cornichon homolog 2
G: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
H: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
I: 11B8 scFv
J: 15F1 Fab light chain
K: 15F1 Fab heavy chain
L: 11B8 scFv
M: 15F1 Fab light chain
N: 15F1 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)698,34166
ポリマ－687,25814
非ポリマー11,08352
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 ACBDEFGH

#1: タンパク質 Glutamate receptor 1 / GluR-1 / AMPA-selective glutamate receptor 1 / GluR-A / GluR-K1 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-1 / AMPA-selective glutamate receptor 1 / GluR-A / GluR-K1 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 1 / GluA1


分子量: 101678.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P23818
#2: タンパク質 Glutamate receptor


分子量: 98899.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: G5E8H1
#3: タンパク質 Protein cornichon homolog 2 / CNIH-2 / Cornichon family AMPA receptor auxiliary protein 2 / Cornichon-like protein


分子量: 18948.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O35089
#4: タンパク質 Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit / Neuronal voltage-gated calcium channel gamma-8 subunit / Transmembrane AMPAR regulatory protein ...Neuronal voltage-gated calcium channel gamma-8 subunit / Transmembrane AMPAR regulatory protein gamma-8 / TARP gamma-8


分子量: 43502.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8VHW2

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抗体 , 3種, 6分子 ILJMKN

#5: 抗体 11B8 scFv


分子量: 27511.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: 抗体 15F1 Fab light chain


分子量: 25111.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
#7: 抗体 15F1 Fab heavy chain


分子量: 27975.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)

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糖 , 2種, 12分子

#8: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#14: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 9種, 40分子

#9: 化合物
ChemComp-ZK1 / {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid / [[3,4-Dihydro-7-(4-morpholinyl)-2,3-dioxo-6-(trifluorom ethyl)-1(2H)-quinoxalinyl]methyl]phosphonic acid / ZK-200775


分子量: 409.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15F3N3O6P / コメント: アンタゴニスト, 薬剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-R16 / HEXADECANE / ヘキサデカン


分子量: 226.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34
#11: 化合物
ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#12: 化合物
ChemComp-HP6 / HEPTANE / ヘプタン-1,1,1-トリイルラジカル


分子量: 100.202 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16
#13: 化合物
ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#15: 化合物
ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#16: 化合物
ChemComp-C14 / TETRADECANE / テトラデカン


分子量: 198.388 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30
#17: 化合物
ChemComp-DD9 / nonane / ノナン


分子量: 128.255 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20
#18: 化合物 ChemComp-XVD / 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol


分子量: 328.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H8ClF3N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1GluA1/A2-asymmetric-conformation bound to antibody fragmentsCOMPLEX#1-#70MULTIPLE SOURCES
2GluA1/A2-asymmetric-conformationCOMPLEX#1-#41NATURAL
311B8 scFvCOMPLEX#51RECOMBINANT
415F1 FabCOMPLEX#6-#71RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Mus musculus (ハツカネズミ)10090
33Mus musculus (ハツカネズミ)10090
44Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Escherichia coli (大腸菌)562
24Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)2449148
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17_3644: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 157000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00118202
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.33224971
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.2623010
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0413050
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0023381

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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