PDB-7l24: HPK1 IN COMPLEX WITH COMPOUND 11

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l24

タイトル

HPK1 IN COMPLEX WITH COMPOUND 11

要素

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

キーワード

TRANSFERASE / HPK1 HEMATOPOIETIC PROGENITOR KINASE / INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / peptidyl-serine phosphorylation / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H3S28 kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.68 Å

データ登録者

Lesburg, C.A.

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Identification of Potent Reverse Indazole Inhibitors for HPK1.
著者: Yu, E.C. / Methot, J.L. / Fradera, X. / Lesburg, C.A. / Lacey, B.M. / Siliphaivanh, P. / Liu, P. / Smith, D.M. / Xu, Z. / Piesvaux, J.A. / Kawamura, S. / Xu, H. / Miller, J.R. / Bittinger, M. / Pasternak, A.

履歴

登録	2020年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb7l24.ent.gz	381.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

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文書・詳細版	7l24_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
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CIF形式データ	7l24_validation.cif.gz	54.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/7l24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/7l24	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7l25C 7l26C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3a8i-3 1iu4-1 4dvx-2 5mu8-20 5tf9-1 4l4e-d 1iu4-3 4tt5-d 2bbd-4 5hg5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

ヘテロ分子

131 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.874, 107.669, 85.971
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.980, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	ASN	ASN	A	A	7 - 293	1 - 287
2	1	ASP	ASP	ASN	ASN	B	B	7 - 293	1 - 287
1	2	ILE	ILE	ASN	ASN	A	A	8 - 293	2 - 287
2	2	ILE	ILE	ASN	ASN	C	C	8 - 293	2 - 287
1	3	ILE	ILE	LYS	LYS	A	A	8 - 292	2 - 286
2	3	ILE	ILE	LYS	LYS	D	D	8 - 292	2 - 286
1	4	ILE	ILE	ASN	ASN	B	B	8 - 293	2 - 287
2	4	ILE	ILE	ASN	ASN	C	C	8 - 293	2 - 287
1	5	ILE	ILE	LYS	LYS	B	B	8 - 292	2 - 286
2	5	ILE	ILE	LYS	LYS	D	D	8 - 292	2 - 286
1	6	ILE	ILE	LYS	LYS	C	C	8 - 292	2 - 286
2	6	ILE	ILE	LYS	LYS	D	D	8 - 292	2 - 286

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEKKK 1 分子量: 32335.705 Da / 分子数: 4 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-XHV / 6-(2-fluoro-6-methoxyphenyl)-1-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridine 分子量: 417.479 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₄FN₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: UNDISCLOSED

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.68→81.77 Å / Num. obs: 37113 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 69.639 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.049 / R_sym value: 0.038 / Χ²: 0.997 / Net I/σ(I): 18.54
反射シェル	解像度: 2.68→2.93 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 69.49 / Num. unique obs: 8686 / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.561 / R_sym value: 0.438 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PREVIOUSLY SOLVED STUCTURE

解像度: 2.68→81.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 37.69 / SU ML: 0.355 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.075 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.272	790	2.1 %	RANDOM
R_work	0.2257	-	-	-
obs	0.2267	36323	97.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 215.03 Å² / B_iso mean: 82.986 Å² / B_iso min: 37.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.05 Å²	0 Å²	-0.24 Å²
2-	-	3.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.68→81.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8789	0	124	69	8982
B_iso mean	-	-	83.56	64.94	-
残基数	-	-	-	-	1111

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	8512
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	8034
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.362	1.98	11610
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.141	3	18288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.182	5	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.113	24.116	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.326	15.093	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.365	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	9721
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1875

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8819	0.07
1	2	B	8819	0.07
2	1	A	8837	0.08
2	2	C	8837	0.08
3	1	A	8466	0.08
3	2	D	8466	0.08
4	1	B	8601	0.07
4	2	C	8601	0.07
5	1	B	8279	0.08
5	2	D	8279	0.08
6	1	C	8219	0.08
6	2	D	8219	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.68→2.75 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	53	-
R_work	0.344	2678	-
all	-	2731	-
obs	-	-	97.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0354	0.5695	-0.952	7.7928	-0.2811	4.1809	-0.1885	-0.576	-0.899	0.3757	0.1153	0.2427	0.8321	-0.1438	0.0733	0.6577	-0.0784	-0.0124	0.5672	0.06	0.5059	-57.548	6.734	24.357
2	4.4729	-2.0424	-3.6141	0.9808	1.1541	8.3156	-0.0267	-0.0257	-0.5935	-0.035	0.0372	0.2917	0.4988	-0.198	-0.0105	0.7572	-0.1235	0.2372	0.8733	0.0181	0.4463	-62.942	22.836	49.764
3	4.7332	0.5868	0.2176	4.6662	0.4883	4.1433	0.2608	-0.303	0.2525	0.1156	-0.0391	-0.1645	-0.2633	0.1084	-0.2216	0.4539	-0.041	0.1279	0.3464	-0.0221	0.0582	-44.307	29.491	28.576
4	0.6092	-2.5726	-0.6506	10.9876	2.8659	1.2347	-0.1447	-0.0037	0.0144	0.456	0.2424	-0.0882	0.2203	0.1735	-0.0977	0.6536	0.1189	-0.0242	1.0395	0.0229	0.2885	-7.303	-17.006	30.603
5	7.1922	2.7384	-3.938	1.84	-3.2802	6.2361	-0.3078	0.0384	-0.7473	-0.2267	0.0237	-0.2075	0.6256	0.113	0.2841	0.7181	0.0248	0.1849	0.6417	-0.0805	0.1987	5.301	4.406	2.304
6	5.6118	-0.9854	-0.5381	4.4768	-0.0703	2.7567	-0.1113	-0.525	0.2376	-0.0739	0.1354	-0.0669	-0.0772	0.2088	-0.0242	0.3989	0.0042	0.0471	0.6179	-0.1075	0.0298	-16.798	7.251	24.33
7	1.2404	1.0481	-0.4104	8.1911	2.7383	4.1016	-0.0459	0.2354	-0.3627	0.315	0.0548	-0.2404	0.6839	0.4873	-0.009	0.7528	0.1424	0.0267	0.6529	-0.0213	0.4721	-37.669	3.522	-9.792
8	2.8895	1.5856	-4.7284	0.9083	-2.9546	11.7837	-0.1492	-0.2073	-1.0481	-0.0476	-0.1176	-0.4289	0.5725	0.5698	0.2668	0.7637	-0.067	0.1224	0.9878	0.0146	0.9482	-22.585	21.271	-32.428
9	4.2074	0.2554	-1.1904	3.9003	-0.6326	6.0982	0.1145	0.3097	0.4056	-0.1315	0.0138	-0.0472	-0.6391	0.1696	-0.1282	0.575	-0.0858	0.0679	0.4403	-0.0271	0.052	-42.373	29.382	-11.819
10	0.466	-0.5711	0.8923	10.4742	-2.6994	2.3179	0.1706	-0.1011	-0.5228	0.2851	0.5756	0.4113	0.6715	-0.0568	-0.7462	1.105	0.0546	0.1965	1.4153	-0.3336	0.9924	-77.67	-16.943	-20
11	7.059	-2.4428	-3.7409	0.8686	1.0377	5.7231	-0.3396	-0.0139	-0.9009	0.0285	0.0384	0.3035	0.7272	0.1044	0.3011	0.6935	-0.1188	0.2371	0.6964	-0.0845	0.2056	-87.754	-0.276	5.651
12	5.5446	1.6439	1.0231	3.7436	-0.0277	3.4719	-0.4032	0.9383	-0.2038	-0.009	0.3924	-0.2128	0.2105	0.2239	0.0109	0.5614	-0.1804	0.1475	0.9552	-0.1488	0.059	-70.382	8.844	-16.386

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 93
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	161 - 193
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	94 - 160
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	195 - 293
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	7 - 93
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	161 - 193
7	X-RAY DIFFRACTION	6	B	94 - 160
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	195 - 293
9	X-RAY DIFFRACTION	7	C	8 - 93
10	X-RAY DIFFRACTION	8	C	161 - 193
11	X-RAY DIFFRACTION	9	C	94 - 160
12	X-RAY DIFFRACTION	9	C	195 - 293
13	X-RAY DIFFRACTION	10	D	8 - 93
14	X-RAY DIFFRACTION	11	D	161 - 193
15	X-RAY DIFFRACTION	12	D	94 - 160
16	X-RAY DIFFRACTION	12	D	195 - 292

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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