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- PDB-5tf9: Crystal structure of WNK1 in complex with Mn2+AMPPNP and WNK476 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tf9
タイトルCrystal structure of WNK1 in complex with Mn2+AMPPNP and WNK476
要素Serine/threonine-protein kinase WNK1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Serine-threonine-protein kinase / inhibitor / ternary / complex / allosteric / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / lymphocyte migration into lymph node / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / monoatomic cation homeostasis / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / negative regulation of pancreatic juice secretion / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / positive regulation of mitotic cytokinesis / negative regulation of sodium ion transport / regulation of mRNA export from nucleus ...negative regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / lymphocyte migration into lymph node / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / monoatomic cation homeostasis / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / negative regulation of pancreatic juice secretion / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / positive regulation of mitotic cytokinesis / negative regulation of sodium ion transport / regulation of mRNA export from nucleus / intracellular chloride ion homeostasis / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of T cell chemotaxis / regulation of sodium ion transmembrane transport / cellular response to chemokine / potassium ion homeostasis / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / cellular hyperosmotic response / membraneless organelle assembly / cell volume homeostasis / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / negative regulation of GTPase activity / intracellular membraneless organelle / positive regulation of systemic arterial blood pressure / protein kinase activator activity / neuron development / negative regulation of protein localization to plasma membrane / phosphatase binding / regulation of sodium ion transport / monoatomic ion transport / negative regulation of protein ubiquitination / sodium ion transmembrane transport / peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of autophagy / molecular condensate scaffold activity / Stimuli-sensing channels / positive regulation of angiogenesis / mitotic spindle / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / peptidyl-serine phosphorylation / heart development / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / protein kinase binding / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...: / Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7AV / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / Serine/threonine-protein kinase WNK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Xie, X. / Gunawan, J.
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2016
タイトル: Discovery and Characterization of Allosteric WNK Kinase Inhibitors.
著者: Yamada, K. / Zhang, J.H. / Xie, X. / Reinhardt, J. / Xie, A.Q. / LaSala, D. / Kohls, D. / Yowe, D. / Burdick, D. / Yoshisue, H. / Wakai, H. / Schmidt, I. / Gunawan, J. / Yasoshima, K. / Yue, ...著者: Yamada, K. / Zhang, J.H. / Xie, X. / Reinhardt, J. / Xie, A.Q. / LaSala, D. / Kohls, D. / Yowe, D. / Burdick, D. / Yoshisue, H. / Wakai, H. / Schmidt, I. / Gunawan, J. / Yasoshima, K. / Yue, Q.K. / Kato, M. / Mogi, M. / Idamakanti, N. / Kreder, N. / Drueckes, P. / Pandey, P. / Kawanami, T. / Huang, W. / Yagi, Y.I. / Deng, Z. / Park, H.M.
履歴
登録2016年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase WNK1
B: Serine/threonine-protein kinase WNK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9029
ポリマ－63,7882
非ポリマー2,1147
水1,62190
1
A: Serine/threonine-protein kinase WNK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9715
ポリマ－31,8941
非ポリマー1,0774
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15080 Å2
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase WNK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9314
ポリマ－31,8941
非ポリマー1,0373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.065, 104.482, 69.604
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase WNK1 / Erythrocyte 65 kDa protein / p65 / Kinase deficient protein / Protein kinase lysine-deficient 1 / ...Erythrocyte 65 kDa protein / p65 / Kinase deficient protein / Protein kinase lysine-deficient 1 / Protein kinase with no lysine 1 / hWNK1


分子量: 31893.912 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 206-483 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WNK1, HSN2, KDP, KIAA0344, PRKWNK1 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H4A3, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 97分子

#2: 化合物 ChemComp-7AV / {2-[(4-chlorophenyl)methoxy]phenyl}{5-[2-(methylamino)-1,3-thiazol-4-yl]-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl}methanone


分子量: 475.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H22ClN3O2S
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 18658 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 43.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.175 / Net I/av σ(I): 14.844 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 68621
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.5-2.543.50.4681100
2.54-2.593.60.43199.9
2.59-2.643.60.371100
2.64-2.693.60.331100
2.69-2.753.70.311100
2.75-2.823.70.2531100
2.82-2.893.70.2341100
2.89-2.963.70.2011100
2.96-3.053.70.183199.9
3.05-3.153.70.161100
3.15-3.263.70.1341100
3.26-3.393.70.1121100
3.39-3.553.70.0911100
3.55-3.733.70.081199.9
3.73-3.973.70.074199.9
3.97-4.273.70.068199.9
4.27-4.73.70.064199.9
4.7-5.383.80.061100
5.38-6.783.80.058199.9
6.78-503.60.041199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3FPQ

3fpq
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.5→40.027 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2658 872 4.73 %
Rwork0.1949 --
obs0.198 18442 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.98 Å2 / Biso mean: 46.0336 Å2 / Biso min: 22.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→40.027 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4238 0 131 90 4459
Biso mean--50.8 41.65 -
残基数----528
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084457
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0146011
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004743
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.3691677
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5-2.65660.33061690.257329063075
2.6566-2.86170.33591450.235129043049
2.8617-3.14960.33691390.230829423081
3.1496-3.60510.26631720.20328813053
3.6051-4.5410.24111410.16929373078
4.541-40.03230.20351060.17530003106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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