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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7khr | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTON TRANSPORT / bafilomycin A1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ROS and RNS production in phagocytes / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / Ion channel transport / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / pH reduction / RHOA GTPase cycle / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / cellular response to increased oxygen levels ...ROS and RNS production in phagocytes / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / Ion channel transport / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / pH reduction / RHOA GTPase cycle / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / cellular response to increased oxygen levels / synaptic vesicle lumen acidification / lysosomal lumen acidification / clathrin-coated vesicle membrane / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / vacuolar transport / proton-transporting V-type ATPase complex / cell projection organization / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar acidification / regulation of cellular pH / dendritic spine membrane / Neutrophil degranulation / ATPase activator activity / autophagosome membrane / cilium assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway / regulation of macroautophagy / endomembrane system / H+-transporting two-sector ATPase / ATP metabolic process / transport vesicle / RNA endonuclease activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / receptor-mediated endocytosis / cilium / transmembrane transport / synaptic vesicle membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / melanosome / signaling receptor activity / ATPase binding / postsynaptic membrane / intracellular iron ion homeostasis / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / early endosome / lysosome / endosome membrane / endosome / nuclear speck / apical plasma membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / axon / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, R. / Li, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Molecular basis of V-ATPase inhibition by bafilomycin A1. 著者: Rong Wang / Jin Wang / Abdirahman Hassan / Chia-Hsueh Lee / Xiao-Song Xie / Xiaochun Li / 要旨: Pharmacological inhibition of vacuolar-type H-ATPase (V-ATPase) by its specific inhibitor can abrogate tumor metastasis, prevent autophagy, and reduce cellular signaling responses. Bafilomycin A1, a ...Pharmacological inhibition of vacuolar-type H-ATPase (V-ATPase) by its specific inhibitor can abrogate tumor metastasis, prevent autophagy, and reduce cellular signaling responses. Bafilomycin A1, a member of macrolide antibiotics and an autophagy inhibitor, serves as a specific and potent V-ATPases inhibitor. Although there are many V-ATPase structures reported, the molecular basis of specific inhibitors on V-ATPase remains unknown. Here, we report the cryo-EM structure of bafilomycin A1 bound intact bovine V-ATPase at an overall resolution of 3.6-Å. The structure reveals six bafilomycin A1 molecules bound to the c-ring. One bafilomycin A1 molecule engages with two c subunits and disrupts the interactions between the c-ring and subunit a, thereby preventing proton translocation. Structural and sequence analyses demonstrate that the bafilomycin A1-binding residues are conserved in yeast and mammalian species and the 7'-hydroxyl group of bafilomycin A1 acts as a unique feature recognized by subunit c. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7khr.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7khr.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7khr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7khr_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7khr_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7khr_validation.xml.gz | 203.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7khr_validation.cif.gz | 311.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/7khr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/7khr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-V-type proton ATPase ... , 14種, 30分子 ABCDEFGHIJKLMNOPabdescgklmnopq
#1: タンパク質 | 分子量: 68420.914 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P31404, H+-transporting two-sector ATPase #2: タンパク質 | 分子量: 56637.555 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P31408 #3: タンパク質 | | 分子量: 44042.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P21282 #4: タンパク質 | | 分子量: 28297.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: A0A3Q1M4W9 #5: タンパク質 | 分子量: 26178.371 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P11019 #6: タンパク質 | | 分子量: 13417.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q28029 #7: タンパク質 | 分子量: 13588.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q0VCV6 #8: タンパク質 | | 分子量: 54155.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: F1MZL6 #9: タンパク質 | | 分子量: 96431.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: F1MJV0 #10: タンパク質 | | 分子量: 21530.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q2TA24 #11: タンパク質 | | 分子量: 40369.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61420 #12: タンパク質 | | 分子量: 9188.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q2KIB5 #13: タンパク質 | | 分子量: 51818.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P40682 #15: タンパク質 | 分子量: 15727.726 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P23956 |
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-タンパク質 , 2種, 2分子 rf
#14: タンパク質 | 分子量: 39529.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81134 |
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#16: タンパク質 | 分子量: 11030.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) 参照: UniProt: Q3ZC23, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
-糖 , 3種, 9分子
#17: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#18: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose |
#23: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 6種, 18分子
#19: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
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#20: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||||
#21: 化合物 | ChemComp-WJP / | ||||
#22: 化合物 | ChemComp-POV / ( #24: 化合物 | ChemComp-OLA / | #25: 化合物 | ChemComp-WEV / ( |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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3次元再構成 | 解像度: 3.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26530 / 対称性のタイプ: POINT |