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- PDB-7kgb: CryoEM structure of A2296-methylated Mycobacterium tuberculosis r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kgb
タイトルCryoEM structure of A2296-methylated Mycobacterium tuberculosis ribosome bound with SEQ-9
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 18
  • (50S ribosomal protein ...) x 30
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • tRNA-initiator Met(CAU)
キーワードRIBOSOME/ANTIBIOTIC / Antibiotic / Methylation / Pathogen / ribosome / RIBOSOME-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit ...peptidoglycan-based cell wall / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 ...Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27
類似検索 - ドメイン・相同性
Sequanamycin 9 / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein bL28 ...Sequanamycin 9 / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL13 / 30S ribosomal protein THX / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS18A / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL33B / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL15
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Cui, Z. / Zhang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI095208 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Discovery of natural-product-derived sequanamycins as potent oral anti-tuberculosis agents.
著者: Jidong Zhang / Christine Lair / Christine Roubert / Kwame Amaning / María Belén Barrio / Yannick Benedetti / Zhicheng Cui / Zhongliang Xing / Xiaojun Li / Scott G Franzblau / Nicolas Baurin ...著者: Jidong Zhang / Christine Lair / Christine Roubert / Kwame Amaning / María Belén Barrio / Yannick Benedetti / Zhicheng Cui / Zhongliang Xing / Xiaojun Li / Scott G Franzblau / Nicolas Baurin / Florence Bordon-Pallier / Cathy Cantalloube / Stephanie Sans / Sandra Silve / Isabelle Blanc / Laurent Fraisse / Alexey Rak / Lasse B Jenner / Gulnara Yusupova / Marat Yusupov / Junjie Zhang / Takushi Kaneko / T J Yang / Nader Fotouhi / Eric Nuermberger / Sandeep Tyagi / Fabrice Betoudji / Anna Upton / James C Sacchettini / Sophie Lagrange /
要旨: The emergence of drug-resistant tuberculosis has created an urgent need for new anti-tubercular agents. Here, we report the discovery of a series of macrolides called sequanamycins with outstanding ...The emergence of drug-resistant tuberculosis has created an urgent need for new anti-tubercular agents. Here, we report the discovery of a series of macrolides called sequanamycins with outstanding in vitro and in vivo activity against Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Sequanamycins are bacterial ribosome inhibitors that interact with the ribosome in a similar manner to classic macrolides like erythromycin and clarithromycin, but with binding characteristics that allow them to overcome the inherent macrolide resistance of Mtb. Structures of the ribosome with bound inhibitors were used to optimize sequanamycin to produce the advanced lead compound SEQ-9. SEQ-9 was efficacious in mouse models of acute and chronic TB as a single agent, and it demonstrated bactericidal activity in a murine TB infection model in combination with other TB drugs. These results support further investigation of this series as TB clinical candidates, with the potential for use in new regimens against drug-susceptible and drug-resistant TB.
履歴
登録2020年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22865
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L32
1: 50S ribosomal protein L33 2
2: 50S ribosomal protein L34
3: 50S ribosomal protein L35
4: 50S ribosomal protein L36
6: 50S ribosomal protein L31
A: 23S rRNA
B: 5S rRNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
H: 50S ribosomal protein L9
J: 50S ribosomal protein L13
K: 50S ribosomal protein L14
L: 50S ribosomal protein L15
M: 50S ribosomal protein L16
N: 50S ribosomal protein L17
O: 50S ribosomal protein L18
P: 50S ribosomal protein L19
Q: 50S ribosomal protein L20
R: 50S ribosomal protein L21
S: 50S ribosomal protein L22
T: 50S ribosomal protein L23
U: 50S ribosomal protein L24
V: 50S ribosomal protein L25
W: 50S ribosomal protein L27
X: 50S ribosomal protein L28
Y: 50S ribosomal protein L29
Z: 50S ribosomal protein L30
a: 16S rRNA
c: 30S ribosomal protein S3
d: 30S ribosomal protein S4
e: 30S ribosomal protein S5
f: 30S ribosomal protein S6
g: 30S ribosomal protein S7
h: 30S ribosomal protein S8
i: 30S ribosomal protein S9
j: 30S ribosomal protein S10
k: 30S ribosomal protein S11
l: 30S ribosomal protein S12
m: 30S ribosomal protein S13
n: 30S ribosomal protein S14 type Z
o: 30S ribosomal protein S15
p: 30S ribosomal protein S16
q: 30S ribosomal protein S17
r: 30S ribosomal protein S18 1
s: 30S ribosomal protein S19
t: 30S ribosomal protein S20
v: 50S ribosomal protein L37
y: tRNA-initiator Met(CAU)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,272,100506
ポリマ－2,259,60052
非ポリマー12,500454
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 012346CDEFGHJKLMNOPQRSTUVWXYZv

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6525.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH99
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L33 2


分子量: 6512.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: MASSTDVRPKITLACEVCKHRNYITKKNRRNDPDRLELKKFCPNCGKHQAHRETR
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH95
#3: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5643.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH93
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7241.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH91
#5: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein B


分子量: 4323.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH89
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 8770.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WHA1
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30644.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WHA5
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 23127.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH87
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 23779.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH85
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 21052.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH83
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19408.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH81
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16196.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH79
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 21646.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: A0A0T9D5H2
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13419.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: A0A045HTP7
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15566.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WHD7
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15724.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WHD5
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 19512.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WHD3
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 13211.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WHD1
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13041.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WHC9
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 14557.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WHC5
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11173.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WHC3
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 20424.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WHC1
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10976.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WHB9
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11500.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WHB7
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 22466.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WHB5
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8987.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WHB3
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 6920.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: A0A045IDB8
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8872.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WHA7
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 7361.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WHA3
#51: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L37


分子量: 2882.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: A0A3E0UTA6

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 ABay

#7: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 1017876.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: GenBank: 1251771536
#8: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 37097.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: GenBank: 1251771551
#32: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 498415.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: GenBank: 1464449751
#52: RNA鎖 tRNA-initiator Met(CAU)


分子量: 24802.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv

-
30S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 cdefghijklmnopqrst

#33: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 30071.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH37
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23515.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH35
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 22925.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH33
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 10952.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH31
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17633.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH29
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14432.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH27
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 16465.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH25
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11452.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH67
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 14815.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH65
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13882.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH63
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14383.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH61
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 6841.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH57
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10500.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH55
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 17466.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH53
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 14776.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH51
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S18 1


分子量: 9565.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH49
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10830.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH45
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9428.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 参照: UniProt: P9WH41

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非ポリマー , 3種, 454分子

#53: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#54: 化合物 ChemComp-WDP / Sequanamycin 9


分子量: 1243.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C61H102N4O20S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#55: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: A2296-methylated Mycobacterium tuberculosis ribosome bound with SEQ-9
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#52 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 6481
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1065544 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 63.5 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0081153611
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6669230667
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.043129520
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004811936
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.191161711

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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