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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f8u | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the cholecystokinin receptor CCKAR in complex with lintitript | |||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | Fusion protein of Cholecystokinin receptor type A and Endolysin | |||||||||||||||||||||||||||||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / G protein-coulped receptor / Cholecystokinin receptor CCKAR / lintitript | |||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cholecystokinin receptor activity / cholecystokinin signaling pathway / regulation of hormone secretion / neuropeptide receptor activity / peptide hormone binding / viral release from host cell by cytolysis / forebrain development / cellular response to hormone stimulus / peptidoglycan catabolic process / Peptide ligand-binding receptors ...cholecystokinin receptor activity / cholecystokinin signaling pathway / regulation of hormone secretion / neuropeptide receptor activity / peptide hormone binding / viral release from host cell by cytolysis / forebrain development / cellular response to hormone stimulus / peptidoglycan catabolic process / Peptide ligand-binding receptors / axonogenesis / peptide binding / neuron migration / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / G protein-coupled receptor signaling pathway / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Enterobacteria phage T4 (ファージ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhang, X. / He, C. / Wang, M. / Zhou, Q. / Yang, D. / Zhu, Y. / Wu, B. / Zhao, Q. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 10件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2021 タイトル: Structures of the human cholecystokinin receptors bound to agonists and antagonists. 著者: Xuefeng Zhang / Chenglin He / Mu Wang / Qingtong Zhou / Dehua Yang / Ya Zhu / Wenbo Feng / Hui Zhang / Antao Dai / Xiaojing Chu / Jia Wang / Zhenlin Yang / Yi Jiang / Ulrich Sensfuss / ...著者: Xuefeng Zhang / Chenglin He / Mu Wang / Qingtong Zhou / Dehua Yang / Ya Zhu / Wenbo Feng / Hui Zhang / Antao Dai / Xiaojing Chu / Jia Wang / Zhenlin Yang / Yi Jiang / Ulrich Sensfuss / Qiuxiang Tan / Shuo Han / Steffen Reedtz-Runge / H Eric Xu / Suwen Zhao / Ming-Wei Wang / Beili Wu / Qiang Zhao / 要旨: Cholecystokinin receptors, CCKR and CCKR, are important neurointestinal peptide hormone receptors and play a vital role in food intake and appetite regulation. Here, we report three crystal ...Cholecystokinin receptors, CCKR and CCKR, are important neurointestinal peptide hormone receptors and play a vital role in food intake and appetite regulation. Here, we report three crystal structures of the human CCKR in complex with different ligands, including one peptide agonist and two small-molecule antagonists, as well as two cryo-electron microscopy structures of CCKR-gastrin in complex with G and G, respectively. These structures reveal the recognition pattern of different ligand types and the molecular basis of peptide selectivity in the cholecystokinin receptor family. By comparing receptor structures in different conformational states, a stepwise activation process of cholecystokinin receptors is proposed. Combined with pharmacological data, our results provide atomic details for differential ligand recognition and receptor activation mechanisms. These insights will facilitate the discovery of potential therapeutics targeting cholecystokinin receptors. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f8u.cif.gz | 104.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7f8u.ent.gz | 76 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f8u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7f8u_validation.pdf.gz | 731.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7f8u_full_validation.pdf.gz | 742.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7f8u_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7f8u_validation.cif.gz | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f8u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60450.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: CCKAR, CCKRA 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P32238, UniProt: P00720, lysozyme |
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#2: 化合物 | ChemComp-1OE / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: 0.1 M HEPES, pH7.5, 25% PEG400, 250 mM sodium tartrate ,1% 1,2 -butanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 15523 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 87.7 Å2 / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 5.21 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.87 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1545 / CC1/2: 0.77 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ZBQ 解像度: 2.8→29.63 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 91.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å
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