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- PDB-7ehn: Human MTHFD2 in complex with compound 21 and 9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ehn
タイトルHuman MTHFD2 in complex with compound 21 and 9
要素Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / MTHFD2 / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase 2 / 1C metabolism / mitocondria
機能・相同性
機能・相同性情報


methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) activity / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / phosphate ion binding / folic acid metabolic process ...methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) activity / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / phosphate ion binding / folic acid metabolic process / mitochondrial matrix / magnesium ion binding / mitochondrion / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase signature 1. / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase signature 2. / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, conserved site / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J49 / Chem-J4F / Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Lee, L.C. / Peng, Y.H. / Wu, S.Y.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Xanthine Derivatives Reveal an Allosteric Binding Site in Methylenetetrahydrofolate Dehydrogenase 2 (MTHFD2).
著者: Lee, L.C. / Peng, Y.H. / Chang, H.H. / Hsu, T. / Lu, C.T. / Huang, C.H. / Hsueh, C.C. / Kung, F.C. / Kuo, C.C. / Jiaang, W.T. / Wu, S.Y.
履歴
登録2021年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial
B: Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2506
ポリマ－68,3672
非ポリマー1,8834
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area21960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.169, 113.169, 113.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial


分子量: 34183.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTHFD2, NMDMC / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P13995, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase
#2: 化合物 ChemComp-J4F / 3-[4-[[1-[(4-chloranyl-1H-indol-2-yl)methyl]-3,7-dimethyl-2,6-bis(oxidanylidene)purin-8-yl]amino]-6-methyl-pyrimidin-2-yl]propanoic acid / 3-(4-((1-((4-chloro-1H-indol-2-yl)methyl)-3,7-dimethyl-2,6-dioxo-2,3,6,7-tetrahydro-1H-purin-8-yl)amino)-6-methylpyrimidin-2-yl)propanoic acid


分子量: 522.944 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H23ClN8O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-J49 / (2S)-2-[[4-[(4-azanyl-6-oxidanyl-pyrimidin-5-yl)carbamoylamino]phenyl]carbonylamino]pentanedioic acid / (4-(3-(4-amino-6-hydroxypyrimidin-5-yl)ureido)benzoyl)-L-glutamic acid


分子量: 418.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N6O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.37 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: isopropanol, bis-Tris pH 7.1, PEG 200, PEG 3350, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月6日 / 詳細: A Pair of K-B Focusing Mirrors
放射モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 38105 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.057 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 111840
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.25-2.332.90.52238290.7520.3520.6331.03298.7
2.33-2.422.90.3838400.8580.2530.4591.02698.8
2.42-2.532.90.27938480.9190.1840.3361.07299
2.53-2.672.90.20438570.9490.1340.2451.04999
2.67-2.832.90.14938350.9750.0980.181.06298.8
2.83-3.052.90.10538550.9830.0690.1271.07398.8
3.05-3.362.90.07738050.9880.0490.0921.09398.2
3.36-3.8530.06538320.990.0410.0781.04697.4
3.85-4.8430.0637500.9910.0370.0711.04296.1
4.84-3030.06136540.9910.0390.0731.07791.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.412
最高解像度最低解像度
Rotation29.98 Å2.59 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-20002.3.10データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP11.7.02位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EHM

7ehm


解像度: 2.25→25.39 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 1987 5.22 %
Rwork0.2005 36108 -
obs0.2025 38095 97.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.39 Å2 / Biso mean: 51.6479 Å2 / Biso min: 29.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→25.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4222 0 134 122 4478
Biso mean--43.91 49.33 -
残基数----566
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.310.35261280.2752537266595
2.31-2.370.31111390.2552591273099
2.37-2.440.31251580.24932586274499
2.44-2.520.29691280.24792649277799
2.52-2.610.26221510.24472582273399
2.61-2.710.32741260.23972615274199
2.71-2.840.29661710.23222600277199
2.84-2.990.30921510.23392607275899
2.99-3.170.27421500.21452577272799
3.17-3.420.26351560.21232604276098
3.42-3.760.23931240.19562578270297
3.76-4.30.20691140.17752587270197
4.3-5.410.20371360.1722551268795
5.41-25.390.18181550.17432444259991

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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