[日本語] English
万見
- PDB-7eba: Co-crystal of kurarinone with sEH -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eba
タイトルCo-crystal of kurarinone with sEH
要素Bifunctional epoxide hydrolase 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / sEH / inhibitor / kurarinone / hydrolase / interaction / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / Biosynthesis of maresins / soluble epoxide hydrolase / phospholipid dephosphorylation / epoxide metabolic process / lipid phosphatase activity / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) ...lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / Biosynthesis of maresins / soluble epoxide hydrolase / phospholipid dephosphorylation / epoxide metabolic process / lipid phosphatase activity / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / epoxide hydrolase activity / regulation of cholesterol metabolic process / dephosphorylation / phosphatase activity / peroxisomal matrix / toxic substance binding / cholesterol homeostasis / Peroxisomal protein import / response to toxic substance / peroxisome / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Predicted HAD-superfamily phosphatase, subfamily IA/Epoxide hydrolase, N-terminal / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Alpha/beta hydrolase fold-1 / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J0U / Bifunctional epoxide hydrolase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sun, C.P. / Ma, X.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Kurarinone alleviated Parkinson's disease via stabilization of epoxyeicosatrienoic acids in animal model.
著者: Sun, C.P. / Zhou, J.J. / Yu, Z.L. / Huo, X.K. / Zhang, J. / Morisseau, C. / Hammock, B.D. / Ma, X.C.
履歴
登録2021年3月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bifunctional epoxide hydrolase 2
B: Bifunctional epoxide hydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2774
ポリマ－76,4002
非ポリマー8772
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area24420 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)133.701, 80.437, 88.731
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.370, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Bifunctional epoxide hydrolase 2


分子量: 38199.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHX2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P34913, soluble epoxide hydrolase, lipid-phosphate phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-J0U / (2S)-2-[2,4-bis(oxidanyl)phenyl]-5-methoxy-8-[(2R)-5-methyl-2-prop-1-en-2-yl-hex-4-enyl]-7-oxidanyl-2,3-dihydrochromen-4-one / Kurarinone / クラリノン


分子量: 438.513 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H30O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium phosphate, potassium phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 33021 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 0.905 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 193149
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.345.30.3615620.9510.1640.3970.85694.8
2.34-2.385.30.34216020.9540.1570.3780.8797.4
2.38-2.435.50.29916530.9660.1360.3290.8499
2.43-2.485.60.31516210.9720.1420.3470.86199.3
2.48-2.535.40.2816400.9610.1310.310.81299.5
2.53-2.595.50.24516740.9710.1130.270.87999.7
2.59-2.666.20.22616280.9810.0980.2470.84799.9
2.66-2.736.30.19416520.9790.0840.2120.89699.9
2.73-2.816.30.16516650.9870.0710.180.8499.6
2.81-2.96.10.14216420.9890.0620.1560.9299.8
2.9-35.90.1216710.990.0540.1320.95299.9
3-3.125.40.09316470.9920.0440.1040.999.4
3.12-3.265.90.08116660.9950.0370.0890.95799.8
3.26-3.446.30.0716430.9950.030.0760.98499.8
3.44-3.656.20.05516610.9970.0240.061.01699.9
3.65-3.9360.04516800.9980.020.051.03899.5
3.93-4.335.70.03816560.9970.0170.0410.99499.6
4.33-4.956.40.03316700.9980.0140.0360.98699.8
4.95-6.245.70.03216720.9960.0150.0360.79899.5
6.24-505.80.02917160.9960.0130.0320.80899.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5G12

5g12


解像度: 2.3→40.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 6.941 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2285 1514 4.8 %RANDOM
Rwork0.1796 ---
obs0.1819 30233 95.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 141.38 Å2 / Biso mean: 35.614 Å2 / Biso min: 15.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0 Å20.02 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→40.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5114 0 64 250 5428
Biso mean--48.04 36.75 -
残基数----635
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 110 -
Rwork0.239 1717 -
all-1827 -
obs--75.53 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る