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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6zk3 | ||||||
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Title | Plant nucleoside hydrolase - ZmNRh2b in complex with ribose | ||||||
![]() | Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase rihA | ||||||
![]() | HYDROLASE / Plant enzyme | ||||||
Function / homology | ![]() purine nucleosidase activity / purine nucleoside catabolic process / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Morera, S. / Vigouroux, A. / Kopecny, D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Plant nucleoside N-ribohydrolases: riboside binding and role in nitrogen storage mobilization. Authors: Luptakova, E. / Vigouroux, A. / Koncitikova, R. / Kopecna, M. / Zalabak, D. / Novak, O. / Salcedo Sarmiento, S. / Cavar Zeljkovic, S. / Kopecny, D.J. / von Schwartzenberg, K. / Strnad, M. / ...Authors: Luptakova, E. / Vigouroux, A. / Koncitikova, R. / Kopecna, M. / Zalabak, D. / Novak, O. / Salcedo Sarmiento, S. / Cavar Zeljkovic, S. / Kopecny, D.J. / von Schwartzenberg, K. / Strnad, M. / Spichal, L. / De Diego, N. / Kopecny, D. / Morera, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 630.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 86.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 126.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6zk1C ![]() 6zk2C ![]() 6zk4C ![]() 6zk5C ![]() 4kpoS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 12 molecules ABCDEF![](data/chem/img/RIB.gif)
![](data/chem/img/RIB.gif)
#1: Protein | Mass: 37122.316 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Sugar | ChemComp-RIB / |
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-Non-polymers , 5 types, 1784 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-PGE / #6: Chemical | ChemComp-PEG / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: PEG 4000, Tris |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 19, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→48.24 Å / Num. obs: 212201 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 5.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 16 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.85 Å / Num. unique obs: 33219 / CC1/2: 0.75 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4KPO Resolution: 1.75→46.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU R Cruickshank DPI: 0.095 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.1 / SU Rfree Blow DPI: 0.091 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.089
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Displacement parameters | Biso max: 109.83 Å2 / Biso mean: 27.8441 Å2 / Biso min: 12.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.19 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.75→46.5 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.75→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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