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- PDB-7ayn: Crystal structure of the lectin domain of the FimH variant Arg98A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ayn
タイトルCrystal structure of the lectin domain of the FimH variant Arg98Ala, in complex with Methyl 3-chloro-4-D-mannopyranosyloxy-3-biphenylcarboxylate
要素Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
キーワードCELL ADHESION / adhesin / FimH / UPEC / bladder infection / carbohydrate / lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus tip / mechanosensory behavior / Attachment of bacteria to epithelial cells / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
FimH, mannose-binding domain / FimH, mannose binding / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SBQ / Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Jakob, R.P. / Tomasic, T. / Rabbani, S. / Reisner, A. / Jakopin, Z. / Maier, T. / Ernst, B. / Anderluh, M.
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Does targeting Arg98 of FimH lead to high affinity antagonists?
著者: Tomasic, T. / Rabbani, S. / Jakob, R.P. / Reisner, A. / Jakopin, Z. / Maier, T. / Ernst, B. / Anderluh, M.
履歴
登録2020年11月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
B: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
C: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
D: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,27012
ポリマ－67,3234
非ポリマー1,9488
水17,222956
1
A: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3804
ポリマ－16,8311
非ポリマー5493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3183
ポリマ－16,8311
非ポリマー4872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2562
ポリマ－16,8311
非ポリマー4251
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3183
ポリマ－16,8311
非ポリマー4872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.652, 32.926, 177.442
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 16 or resid 18...
21(chain B and (resid 1 through 16 or resid 18...
31(chain C and (resid 1 through 16 or resid 18...
41(chain D and (resid 1 through 16 or resid 18...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEGLYGLY(chain A and (resid 1 through 16 or resid 18...AA1 - 161 - 16
12ALAALALEULEU(chain A and (resid 1 through 16 or resid 18...AA18 - 6818 - 68
13PHEPHESBQSBQ(chain A and (resid 1 through 16 or resid 18...AA - E1 - 3011
14TYRTYRASPASP(chain A and (resid 1 through 16 or resid 18...AA82 - 10082 - 100
15PROPROASNASN(chain A and (resid 1 through 16 or resid 18...AA102 - 138102 - 138
16ASPASPTHRTHR(chain A and (resid 1 through 16 or resid 18...AA140 - 158140 - 158
21PHEPHEGLYGLY(chain B and (resid 1 through 16 or resid 18...BB1 - 161 - 16
22ALAALALEULEU(chain B and (resid 1 through 16 or resid 18...BB18 - 6818 - 68
23ASNASNSERSER(chain B and (resid 1 through 16 or resid 18...BB70 - 8070 - 80
24PROPROASNASN(chain B and (resid 1 through 16 or resid 18...BB102 - 138102 - 138
25ASPASPTHRTHR(chain B and (resid 1 through 16 or resid 18...BB140 - 158140 - 158
31PHEPHEGLYGLY(chain C and (resid 1 through 16 or resid 18...CC1 - 161 - 16
32ALAALALEULEU(chain C and (resid 1 through 16 or resid 18...CC18 - 6818 - 68
33ASNASNSERSER(chain C and (resid 1 through 16 or resid 18...CC70 - 8070 - 80
34PROPROASNASN(chain C and (resid 1 through 16 or resid 18...CC102 - 138102 - 138
35ASPASPTHRTHR(chain C and (resid 1 through 16 or resid 18...CC140 - 158140 - 158
41PHEPHEGLYGLY(chain D and (resid 1 through 16 or resid 18...DD1 - 161 - 16
42ALAALALEULEU(chain D and (resid 1 through 16 or resid 18...DD18 - 6818 - 68
43ASNASNSERSER(chain D and (resid 1 through 16 or resid 18...DD70 - 8070 - 80
44PROPROASNASN(chain D and (resid 1 through 16 or resid 18...DD102 - 138102 - 138
45ASPASPTHRTHR(chain D and (resid 1 through 16 or resid 18...DD140 - 158140 - 158

-
要素

#1: タンパク質
Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin / Protein FimH


分子量: 16830.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 遺伝子: fimH, b4320, JW4283 / プラスミド: pTRC99a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HM125 / 参照: UniProt: P08191
#2: 化合物
ChemComp-SBQ / methyl 3-[3-chloranyl-4-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-phenyl]benzoate


分子量: 424.829 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21ClO8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 956 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 6% Tacsimate pH 6.0, 12% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→50.298 Å / Num. obs: 118005 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 1.42→1.47 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 11668 / CC1/2: 0.401 / Rpim(I) all: 1.606 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12rc1_2801精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X50

4x50


解像度: 1.42→50.298 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.184 1988 1.68 %
Rwork0.1589 116017 -
obs0.1593 118005 98.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.82 Å2 / Biso mean: 27.2998 Å2 / Biso min: 7.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.42→50.298 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4756 0 240 959 5955
Biso mean--22.78 41.71 -
残基数----632
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115046
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1356949
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087814
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009951
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0871797
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3532X-RAY DIFFRACTION5.952TORSIONAL
12B3532X-RAY DIFFRACTION5.952TORSIONAL
13C3532X-RAY DIFFRACTION5.952TORSIONAL
14D3532X-RAY DIFFRACTION5.952TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.42-1.45550.29611390.3048818699
1.4555-1.49490.291390.2681825598
1.4949-1.53890.25541400.2397810899
1.5389-1.58850.2341390.2157822798
1.5885-1.64530.26761490.2026821498
1.6453-1.71120.23471350.1976809897
1.7112-1.78910.24431410.182825299
1.7891-1.88340.2061440.1707832599
1.8834-2.00140.18041420.1529830199
2.0014-2.15590.15911410.1457830099
2.1559-2.37290.16441380.1416826597
2.3729-2.71620.17991470.14588377100
2.7162-3.42210.16551440.13578500100
3.4221-50.2980.15321500.14860998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.464-0.69860.1851.6288-0.0891.76140-0.1063-0.16510.1340.05870.17780.0401-0.2694-0.04510.1158-0.00450.00270.10010.01980.1438-15.2922-2.65476.9533
20.9919-0.40810.82050.4867-0.63631.4932-0.0253-0.1303-0.0278-0.00050.05280.0048-0.1121-0.19540.0180.1359-0.0011-0.00170.09810.00120.11-27.5944-2.652-8.8637
31.77280.19732.85140.26630.99856.4334-0.1436-0.17580.0889-0.10030.03910.0288-0.2745-0.35590.02780.16380.0141-0.0060.20240.0090.1594-24.81014.0212-8.2411
44.73660.78451.35680.81220.12961.81690.0837-0.2948-0.01360.0877-0.023-0.032-0.1059-0.0304-0.01950.11120.00310.00170.0775-0.00760.1105-9.21856.1858.626
51.84730.44311.15890.55730.20.9250.00020.128-0.0856-0.02320.0174-0.03170.00790.04590.00720.1051-0.00550.00850.10430.00710.0992-15.483-1.4017-11.5267
60.71720.13960.86821.3170.22712.3611-0.04410.1120.0669-0.13330.0582-0.0394-0.16320.1025-0.00550.1281-0.01050.00550.11550.00810.1112-10.09155.1298-10.0665
71.32790.2280.82240.05790.362.3433-0.0315-0.1020.1785-0.114-0.0084-0.0194-0.2525-0.09160.0920.13580.0102-0.00140.0938-0.00710.1327-14.15548.13734.5667
82.9140.97761.41951.98580.82623.6623-0.10430.0023-0.2025-0.2065-0.00880.03030.0032-0.25060.08620.14620.00020.00860.1315-0.00790.1355-25.04480.158-18.453
92.5401-0.57671.77022.0144-2.07835.14430.04670.1217-0.1954-0.0877-0.0003-0.05120.271-0.1388-0.00130.1327-0.00940.00780.1288-0.00130.1489-31.0962-9.9196-13.2681
101.40910.54250.5180.68140.27040.56870.03570.078-0.08460.03420.0174-0.05470.03640.0661-0.060.10780.0007-0.00310.06350.00410.1025-9.2069-3.0029-0.8947
111.6982-0.2043-0.19423.0155-1.03054.2074-0.0977-0.0712-0.0349-0.1969-0.08650.15050.2258-0.4234-0.09640.1574-0.0153-0.02340.1490.00460.1533-34.8958-5.0437-14.9306
122.41050.4749-1.64772.13290.46592.90110.06690.1330.4066-0.11070.39340.7309-0.0657-0.514-0.34440.1470.00110.00550.19110.110.3155-15.3748-0.540721.5123
131.18040.448-0.32180.595-0.45491.51760.11860.08450.3981-0.07830.19090.22190.0774-0.404-0.27630.15510.01590.02410.22630.0320.2298-27.7901-4.708537.2209
141.55280.4198-0.88290.2043-0.52191.31340.0133-0.03660.0665-0.00590.02320.02250.1177-0.0818-0.00340.1614-0.01250.01350.146-0.00470.1466-12.9659-8.62225.0535
152.4479-0.0208-2.02140.7318-0.07461.87580.3167-0.5830.36170.1106-0.10180.0864-0.27390.3772-0.15240.2016-0.05650.04260.2999-0.06170.1752-15.1004-3.12739.5992
160.43310.2371-0.59560.9362-0.0062.66050.1673-0.50360.14170.228-0.063-0.0511-0.02160.5767-0.13360.2533-0.0484-0.00290.3443-0.00490.1457-8.5587-8.443738.0003
171.16990.4219-1.03870.39810.15282.1896-0.1049-0.0135-0.15060.00990.0245-0.05480.0718-0.13590.05960.17530.00140.01120.1561-0.00550.1449-11.7389-11.198423.3404
182.2778-0.2888-2.08451.1260.60383.40480.0094-0.40810.12080.2061-0.08590.22450.1566-0.11680.09060.1735-0.03980.03040.3586-0.05290.157-24.433-6.909746.3272
190.50550.3591-0.78450.343-0.27652.1160.38830.06690.537-0.11490.08930.1894-0.3241-0.2527-0.42850.23230.00580.21860.22190.06040.7068-32.58921.602741.3679
203.2580.1521-1.94441.3132-0.51052.63960.2715-0.43570.36050.14460.01890.1178-0.28770.2797-0.27470.1734-0.0280.0350.1387-0.02650.1473-9.3430.575329.3767
213.47771.1606-1.12394.3467-2.54755.81230.36030.1140.90960.27040.16110.5413-0.5735-0.4644-0.50280.21590.02870.10370.26270.03930.4212-35.0564-3.961242.6772
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243.15590.5681-1.03080.7159-0.3791.947-0.14240.4633-0.16-0.09150.1296-0.0580.1283-0.16050.01720.1744-0.03820.00590.3181-0.03980.1697-2.436-23.666549.8164
253.14150.2558-0.86250.5407-0.30271.4282-0.06340.25290.0448-0.01490.078-0.0252-0.0347-0.05850.00560.1192-0.019-0.00110.2229-0.01830.09862.4135-16.996552.7944
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280.8568-0.38450.55930.39660.18872.57850.04890.08520.08340.02720.0640.0418-0.14890.1247-0.05430.2222-0.009-0.00940.30760.01910.1666-19.2243-10.194378.8658
290.2416-0.43260.72870.8113-1.23582.37690.0166-0.064-0.0389-0.07880.04010.10150.1454-0.6645-0.00160.23350.00230.01180.42740.00590.1686-26.4679-16.616491.1561
300.59080.1299-0.48870.7448-0.03132.11680.0363-0.02990.09080.19730.16790.3547-0.4203-0.9159-0.09940.28870.07440.04390.54330.00170.2034-30.007-10.057687.0616
310.64940.099-0.03950.02-0.05891.4215-0.01610.18240.18920.0012-0.02170.1187-0.2589-0.24770.09870.24910.0348-0.00380.28320.01640.1804-18.6194-7.443977.0608
321.5345-0.24840.52271.9408-1.45784.34460.117-0.1936-0.14250.1625-0.00940.2251-0.0011-0.20280.05410.2489-0.00290.01570.3705-0.00730.1628-22.1486-15.3365102.3039
331.0888-0.5271-0.58861.36152.00693.6315-0.0184-0.0964-0.24070.1794-0.00430.11490.4342-0.06230.04920.2536-0.02460.01620.31220.00430.1741-14.3411-25.5376101.3211
340.8762-0.37670.82760.8956-0.60522.3650.0001-0.00410.0033-0.00170.05540.09010.1314-0.5631-0.08320.1835-0.01380.00370.36260.00330.1233-25.7993-18.53279.2451
353.3597-0.4206-1.20673.29131.81614.4099-0.1086-0.2675-0.22620.30720.10330.00610.15950.001-0.11060.25660.0250.00530.28730.0140.1484-12.1367-20.6289104.8068
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 15 )A1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 32 )A16 - 32
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 33 through 40 )A33 - 40
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 41 through 53 )A41 - 53
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 54 through 77 )A54 - 77
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 78 through 95 )A78 - 95
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 96 through 104 )A96 - 104
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 105 through 116 )A105 - 116
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 117 through 124 )A117 - 124
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 125 through 150 )A125 - 150
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 151 through 158 )A151 - 158
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1 through 15 )B1 - 15
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 16 through 32 )B16 - 32
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 33 through 53 )B33 - 53
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 54 through 77 )B54 - 77
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 78 through 95 )B78 - 95
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 96 through 104 )B96 - 104
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 105 through 116 )B105 - 116
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 117 through 124 )B117 - 124
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 125 through 150 )B125 - 150
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 151 through 158 )B151 - 158
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 1 through 15 )C1 - 15
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 16 through 64 )C16 - 64
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 65 through 104 )C65 - 104
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 105 through 158 )C105 - 158
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 1 through 15 )D1 - 15
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 16 through 32 )D16 - 32
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 33 through 53 )D33 - 53
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 54 through 77 )D54 - 77
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 78 through 95 )D78 - 95
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 96 through 104 )D96 - 104
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 105 through 116 )D105 - 116
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 117 through 124 )D117 - 124
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 125 through 150 )D125 - 150
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 151 through 158 )D151 - 158

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る