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- PDB-7agk: Crystal structure of E. coli SF kinase (YihV) in complex with pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7agk
タイトルCrystal structure of E. coli SF kinase (YihV) in complex with product sulfofructose phosphate (SFP)
要素Sulfofructose kinase
キーワードTRANSFERASE / sulfofructose / sulfoquinovose / SF kinase / sulfoglycolysis / sulfoEMP pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfofructose kinase / 6-deoxy-6-sulfofructose kinase activity / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process to glycerone phosphate and 3-sulfolactaldehyde / carbohydrate phosphorylation / kinase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sulfofructose kinase / Ribokinase/fructokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RAH / Sulfofructose kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Sharma, M. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Leverhulme TrustRPG-2017-190 英国
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2021
タイトル: Molecular Basis of Sulfosugar Selectivity in Sulfoglycolysis.
著者: Sharma, M. / Abayakoon, P. / Epa, R. / Jin, Y. / Lingford, J.P. / Shimada, T. / Nakano, M. / Mui, J.W. / Ishihama, A. / Goddard-Borger, E.D. / Davies, G.J. / Williams, S.J.
履歴
登録2020年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: Sulfofructose kinase
A: Sulfofructose kinase
B: Sulfofructose kinase
C: Sulfofructose kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,2917
ポリマ－131,3194
非ポリマー9733
水00
1
D: Sulfofructose kinase
C: Sulfofructose kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9843
ポリマ－65,6592
非ポリマー3241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area24390 Å2
手法PISA
2
A: Sulfofructose kinase
B: Sulfofructose kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3084
ポリマ－65,6592
非ポリマー6482
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area22900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.548, 91.856, 312.142
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A
12D
22B
13D
23C
14A
24B
15A
25C
16B
26C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILELEULEUDA2 - 2962 - 296
21ILEILELEULEUAB2 - 2962 - 296
12ILEILELEULEUDA2 - 2962 - 296
22ILEILELEULEUBC2 - 2962 - 296
13ILEILELEULEUDA2 - 2962 - 296
23ILEILELEULEUCD2 - 2962 - 296
14METMETPHEPHEAB1 - 2971 - 297
24METMETPHEPHEBC1 - 2971 - 297
15METMETPHEPHEAB1 - 2971 - 297
25METMETPHEPHECD1 - 2971 - 297
16METMETVALVALBC1 - 2981 - 298
26METMETVALVALCD1 - 2981 - 298

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Sulfofructose kinase / SF kinase


分子量: 32829.723 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: yihV, b3883, JW5568 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P32143, sulfofructose kinase
#2: 化合物 ChemComp-RAH / [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{R})-3,4,5-tris(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]methanesulfonic acid / 6-deoxy-6-sulfo-D-fructose 1-phosphate


分子量: 324.200 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O11PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 25% PEG 1500 w/v, 0.1 M PCTP buffer pH8 (propionic acid, cacodylate, bistris propane)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.97→79.16 Å / Num. obs: 29364 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.916 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.203 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 238073 / Scaling rejects: 136
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.97-3.158.21.3423790146320.8410.4891.431.9100
8.91-79.166.70.082847312570.8540.0370.09113.999.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0266精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7AG6

7ag6


解像度: 2.97→79.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 22.996 / SU ML: 0.406 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.465 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2844 1471 5 %RANDOM
Rwork0.2317 ---
obs0.2343 27821 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 183.12 Å2 / Biso mean: 67.685 Å2 / Biso min: 25.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1 Å20 Å20 Å2
2--9.13 Å2-0 Å2
3----7.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.97→79.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8088 0 57 0 8145
Biso mean--62.83 --
残基数----1193
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0138298
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177113
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.63211399
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3181.57716184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.20651189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.58522.958311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.15615926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7921530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.21195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210015
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021835
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11D71700.07
12A71700.07
21D72380.07
22B72380.07
31D69000.07
32C69000.07
41A82760.06
42B82760.06
51A78100.07
52C78100.07
61B77600.08
62C77600.08
LS精密化 シェル解像度: 2.97→3.047 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 102 -
Rwork0.381 1965 -
all-2067 -
obs--100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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