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万見
- PDB-6zga: COPII on membranes, inner coat -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zga
タイトルCOPII on membranes, inner coat
要素
  • (Protein transport protein ...) x 2
  • (Small COPII coat GTPase ...) x 2
  • PRO-PRO-PRO
キーワードPROTEIN TRANSPORT / SECRETION / TRAFFICKING
機能・相同性
機能・相同性情報


Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Cargo concentration in the ER / regulation of COPII vesicle coating / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / nuclear envelope organization / COPII-mediated vesicle transport / vesicle organization / COPII-coated vesicle cargo loading / COPII vesicle coat ...Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Cargo concentration in the ER / regulation of COPII vesicle coating / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / nuclear envelope organization / COPII-mediated vesicle transport / vesicle organization / COPII-coated vesicle cargo loading / COPII vesicle coat / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / membrane organization / signal sequence binding / mitochondrial fission / fungal-type vacuole membrane / mitochondrial membrane organization / reticulophagy / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / GTPase activator activity / SNARE binding / macroautophagy / intracellular protein transport / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
small GTPase SAR1 family profile. / Small GTPase superfamily, SAR1-type / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / : / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich ...small GTPase SAR1 family profile. / Small GTPase superfamily, SAR1-type / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / : / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich / Zinc finger, Sec23/Sec24-type superfamily / Sec23/Sec24 helical domain superfamily / Sec23/Sec24 zinc finger / Sec23/Sec24 trunk domain / Sec23/Sec24 helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich domain / Gelsolin-like domain superfamily / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Protein transport protein SEC23 / Small COPII coat GTPase SAR1 / Protein transport protein SEC24
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Zanetti, G. / Hutchings, J. / Cheung, A.C.M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T002670/1 英国
European Research Council (ERC)852915 CRYTOCOP 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure of the complete, membrane-assembled COPII coat reveals a complex interaction network.
著者: Joshua Hutchings / Viktoriya G Stancheva / Nick R Brown / Alan C M Cheung / Elizabeth A Miller / Giulia Zanetti /
要旨: COPII mediates Endoplasmic Reticulum to Golgi trafficking of thousands of cargoes. Five essential proteins assemble into a two-layer architecture, with the inner layer thought to regulate coat ...COPII mediates Endoplasmic Reticulum to Golgi trafficking of thousands of cargoes. Five essential proteins assemble into a two-layer architecture, with the inner layer thought to regulate coat assembly and cargo recruitment, and the outer coat forming cages assumed to scaffold membrane curvature. Here we visualise the complete, membrane-assembled COPII coat by cryo-electron tomography and subtomogram averaging, revealing the full network of interactions within and between coat layers. We demonstrate the physiological importance of these interactions using genetic and biochemical approaches. Mutagenesis reveals that the inner coat alone can provide membrane remodelling function, with organisational input from the outer coat. These functional roles for the inner and outer coats significantly move away from the current paradigm, which posits membrane curvature derives primarily from the outer coat. We suggest these interactions collectively contribute to coat organisation and membrane curvature, providing a structural framework to understand regulatory mechanisms of COPII trafficking and secretion.
履歴
登録2020年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11199
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11199
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein transport protein SEC23
B: Protein transport protein SEC24
C: Small COPII coat GTPase SAR1
D: PRO-PRO-PRO
E: Protein transport protein SEC23
F: Protein transport protein SEC24
G: Small COPII coat GTPase SAR1
H: PRO-PRO-PRO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)422,93616
ポリマ－421,5818
非ポリマー1,3558
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area15000 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area150370 Å2
手法PISA

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要素

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Protein transport protein ... , 2種, 4分子 AEBF

#1: タンパク質 Protein transport protein SEC23


分子量: 85332.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P15303
#2: タンパク質 Protein transport protein SEC24 / Abnormal nuclear morphology 1


分子量: 103733.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SEC24, ANU1, YIL109C
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P40482

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Small COPII coat GTPase ... , 2種, 2分子 CG

#3: タンパク質 Small COPII coat GTPase SAR1 / GTP-binding protein SAR1 / Secretion-associated RAS-related protein 1


分子量: 21472.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P20606, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#5: タンパク質 Small COPII coat GTPase SAR1 / GTP-binding protein SAR1 / Secretion-associated RAS-related protein 1


分子量: 21359.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P20606, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 DH

#4: タンパク質・ペプチド PRO-PRO-PRO


分子量: 309.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1COPII coat assembled on membrane, inner coatCOMPLEX#1-#40RECOMBINANT
2Protein transport protein SEC23COMPLEX#1, #41RECOMBINANT
3Protein transport protein SEC24COMPLEX#21RECOMBINANT
4Small COPII coat GTPase SAR1COMPLEX#3, #51RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
23Saccharomyces cerevisiaeaSaccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
34Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
23Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
34Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 6.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 3.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_3885: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4CTFFINDCTF補正
5NOVACTFCTF補正
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
11Dynamo最終オイラー角割当
13Dynamo３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
CTF補正詳細: 3d ctf correction / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 151176 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 149 / Num. of volumes extracted: 800000
原子モデル構築プロトコル: OTHER
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
12QTV

2qtv

1
21PCX

1pcx

1
35KYW

5kyw

1
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01127564
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.45637496
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.6813697
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0784247
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0114885

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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