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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ynz | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Tetrahymena thermophila mitochondrial ATP synthase - F1Fo composite tetramer model | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / mitochondria / ATP synthase / F1Fo tetramer | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / sulfide oxidation, using sulfide:quinone oxidoreductase / sulfide:quinone oxidoreductase activity / : / thylakoid / carboxylic ester hydrolase activity / : / : / : / : ...: / sulfide oxidation, using sulfide:quinone oxidoreductase / sulfide:quinone oxidoreductase activity / : / thylakoid / carboxylic ester hydrolase activity / : / : / : / : / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / FAD binding / chloroplast / ADP binding / hydrolase activity / lipid binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kock Flygaard, R. / Muhleip, A. / Amunts, A. | ||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Type III ATP synthase is a symmetry-deviated dimer that induces membrane curvature through tetramerization. 著者: Rasmus Kock Flygaard / Alexander Mühleip / Victor Tobiasson / Alexey Amunts / 要旨: Mitochondrial ATP synthases form functional homodimers to induce cristae curvature that is a universal property of mitochondria. To expand on the understanding of this fundamental phenomenon, we ...Mitochondrial ATP synthases form functional homodimers to induce cristae curvature that is a universal property of mitochondria. To expand on the understanding of this fundamental phenomenon, we characterized the unique type III mitochondrial ATP synthase in its dimeric and tetrameric form. The cryo-EM structure of a ciliate ATP synthase dimer reveals an unusual U-shaped assembly of 81 proteins, including a substoichiometrically bound ATPTT2, 40 lipids, and co-factors NAD and CoQ. A single copy of subunit ATPTT2 functions as a membrane anchor for the dimeric inhibitor IF. Type III specific linker proteins stably tie the ATP synthase monomers in parallel to each other. The intricate dimer architecture is scaffolded by an extended subunit-a that provides a template for both intra- and inter-dimer interactions. The latter results in the formation of tetramer assemblies, the membrane part of which we determined to 3.1 Å resolution. The structure of the type III ATP synthase tetramer and its associated lipids suggests that it is the intact unit propagating the membrane curvature. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ynz.cif.gz | 11.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ynz.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6ynz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ynz_validation.pdf.gz | 6.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ynz_full_validation.pdf.gz | 7.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6ynz_validation.xml.gz | 747.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ynz_validation.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/6ynz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/6ynz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+タンパク質 , 25種, 134分子 aAa3A3bBb3B3dDd3D3fFf3F3iIi3I3kKk3K3cCc3C3gG...
-ATP synthase subunit ... , 3種, 28分子 g1g2g4g5C1B1A1C2B2A2C4B4A4C5B5A5D1F1E1D2F2E2D4F4E4D5F5E5
#23: タンパク質 | 分子量: 32915.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q22Z05 #24: タンパク質 | 分子量: 59744.012 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q24HY8 #25: タンパク質 | 分子量: 53490.848 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7LZV1 |
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-非ポリマー , 9種, 140分子
#29: 化合物 | ChemComp-CDL / #30: 化合物 | ChemComp-PC1 / #31: 化合物 | ChemComp-PO4 / #32: 化合物 | ChemComp-UQ8 / #33: 化合物 | ChemComp-ATP / #34: 化合物 | ChemComp-MG / #35: 化合物 | ChemComp-PEE / #36: 化合物 | ChemComp-NAD / #37: 化合物 | ChemComp-ADP / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mitochondrial ATP synthase, F1Fo tetramer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#28 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X |
撮影 | 電子線照射量: 30.9 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 20 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40691 / 対称性のタイプ: POINT |