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万見
- EMDB-3289: Subtomogram average of the membrane attack complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3289
タイトルSubtomogram average of the membrane attack complex
マップデータSubtomogram average of the complement membrane attack complex
試料
  • 試料: Subtomogram average of the membrane attack complex pore in a lipid bilayer
  • タンパク質・ペプチド: Complement component C5b6
  • タンパク質・ペプチド: Complement component C7
  • タンパク質・ペプチド: Complement component C8-alpha chain
  • タンパク質・ペプチド: Complement component C8-beta chain
  • タンパク質・ペプチド: Complement component C8-gamma chain
  • タンパク質・ペプチド: Complement component C9 chain
キーワードvolta phase plate / membrane attack complex / complement / electron tomography / sub-tomogram average / pore
機能・相同性
機能・相同性情報


cell killing / Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / other organism cell membrane / complement activation / complement activation, alternative pathway / retinol binding / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade ...cell killing / Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / other organism cell membrane / complement activation / complement activation, alternative pathway / retinol binding / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / protein homooligomerization / positive regulation of immune response / extracellular vesicle / blood microparticle / killing of cells of another organism / immune response / protein-containing complex binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Kazal-type serine protease inhibitor domain / : / : / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Complement component C7, FIM2 N-terminal / Complement component C7, Kazal domain / Complement component C8 gamma chain / : / Complement components C8A/B/C6, EGF-like domain / Membrane attack complex component/perforin/complement C9 ...Kazal-type serine protease inhibitor domain / : / : / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Complement component C7, FIM2 N-terminal / Complement component C7, Kazal domain / Complement component C8 gamma chain / : / Complement components C8A/B/C6, EGF-like domain / Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Alpha-1-microglobulin / Factor I / membrane attack complex / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / factor I membrane attack complex / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Lipocalin family conserved site / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / Lipocalin signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement component C9 / Complement component C8 alpha chain / Complement component C8 beta chain / Complement component C8 gamma chain / Complement component C7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Sharp TH / Koster AJ / Gros P
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: Heterogeneous MAC Initiator and Pore Structures in a Lipid Bilayer by Phase-Plate Cryo-electron Tomography.
著者: Thomas H Sharp / Abraham J Koster / Piet Gros /
要旨: Pore formation in membranes is important for mammalian immune defense against invading bacteria. Induced by complement activation, the membrane attack complex (MAC) forms through sequential binding ...Pore formation in membranes is important for mammalian immune defense against invading bacteria. Induced by complement activation, the membrane attack complex (MAC) forms through sequential binding and membrane insertion of C5b6, C7, C8, and C9. Using cryo-electron tomography with a Volta phase plate and subtomogram averaging, we imaged C5b-7, C5b-8, and C5b-9 complexes and determined the C5b-9 pore structure in lipid bilayers. The in situ C5b-9 pore structure at 2.3-nm resolution reveals a 10- to 11.5-nm cone-shaped pore starting with C5b678 and multiple copies of C9 that is poorly closed, yielding a seam between C9 and C6 substituting for the shorter β strands in C6 and C7. However, large variations of composite pore complexes are apparent in subtomograms. Oligomerized initiator complexes C5b-7 and C5b-8 show stages of membrane binding, deformation, and perforation that yield ∼3.5-nm-wide pores. These data indicate a dynamic process of pore formation that likely adapts to biological membranes under attack.
履歴
登録2015年12月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年1月27日-
マップ公開2016年3月30日-
更新2016年3月30日-
現状2016年3月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3289.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3289.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of the complement membrane attack complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.86 Å/pix.
x 240 pix.
= 686.64 Å		2.86 Å/pix.
x 240 pix.
= 686.64 Å		2.86 Å/pix.
x 240 pix.
= 686.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.861 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11 / ムービー #1: 0.11
最小 - 最大-0.1858658 - 0.41718206
平均 (標準偏差)0.00101197 (±0.0297654)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-120-120-120
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 686.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.8612.8612.861
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z686.640686.640686.640
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-120-120-120
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.1860.4170.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Subtomogram average of the membrane attack complex pore in a lipi...

全体名称: Subtomogram average of the membrane attack complex pore in a lipid bilayer
要素
  • 試料: Subtomogram average of the membrane attack complex pore in a lipid bilayer
  • タンパク質・ペプチド: Complement component C5b6
  • タンパク質・ペプチド: Complement component C7
  • タンパク質・ペプチド: Complement component C8-alpha chain
  • タンパク質・ペプチド: Complement component C8-beta chain
  • タンパク質・ペプチド: Complement component C8-gamma chain
  • タンパク質・ペプチド: Complement component C9 chain

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超分子 #1000: Subtomogram average of the membrane attack complex pore in a lipi...

超分子名称: Subtomogram average of the membrane attack complex pore in a lipid bilayer
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One copy of C5b, C6 and C7; one C8 heterotrimer; multiple copies of C9
Number unique components: 6

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分子 #1: Complement component C5b6

分子名称: Complement component C5b6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: C5b6 / コピー数: 1 / 集合状態: Heterodimer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: Serum
分子量理論値: 285 KDa

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分子 #2: Complement component C7

分子名称: Complement component C7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: C7 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: Serum
分子量理論値: 92.4 KDa
配列UniProtKB: Complement component C7

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分子 #3: Complement component C8-alpha chain

分子名称: Complement component C8-alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: C8alpha / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: Serum
分子量理論値: 64 KDa
配列UniProtKB: Complement component C8 alpha chain

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分子 #4: Complement component C8-beta chain

分子名称: Complement component C8-beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: C8beta / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: Serum
分子量理論値: 64 KDa
配列UniProtKB: Complement component C8 beta chain

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分子 #5: Complement component C8-gamma chain

分子名称: Complement component C8-gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: C8gamma / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: Serum
分子量理論値: 22 KDa
配列UniProtKB: Complement component C8 gamma chain

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分子 #6: Complement component C9 chain

分子名称: Complement component C9 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: C9 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: Serum
分子量理論値: 71 KDa
配列UniProtKB: Complement component C9

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.241 mg/mL
緩衝液pH: 7.9 / 詳細: 10 mM Tris-HCl, 30 mM NaCl
グリッド詳細: 300 mesh copper grids with lacey-carbon support, glow discharged.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 90.15 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: 6 ul sample pipetted onto freshly plasma-cleaned 300 mesh copper grids with lacey-carbon support
手法: Blot for 6 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Low-dose protocol used. Volta phase plate used
日付2015年3月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 1 e/Å2 / 詳細: Volta phase plate used
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt series - Axis1 - Min angle: 60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Subtomograms were picked by hand
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2
詳細: Initial model was phase-randomized beyond 6 nm. Refinement was against a rotationally-averaged map.
使用したサブトモグラム数: 986
最終 3次元分類クラス数: 1
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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