+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yle | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Rix1-Rea1 pre-60S particle - Rix1-subcomplex, body 3 (rigid body refinement) | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | RIBOSOME / pre-60S / Biogenesis / LSU / Large subunit / ribosome assembly | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / rixosome complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / nuclear pre-replicative complex / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / MLL1 complex / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit assembly / DNA-templated DNA replication ...: / rixosome complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / nuclear pre-replicative complex / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / MLL1 complex / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit assembly / DNA-templated DNA replication / rRNA processing / chromatin binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
![]() | Kater, L. / Beckmann, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Construction of the Central Protuberance and L1 Stalk during 60S Subunit Biogenesis. 著者: Lukas Kater / Valentin Mitterer / Matthias Thoms / Jingdong Cheng / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / Ed Hurt / ![]() 要旨: Ribosome assembly is driven by numerous assembly factors, including the Rix1 complex and the AAA ATPase Rea1. These two assembly factors catalyze 60S maturation at two distinct states, triggering ...Ribosome assembly is driven by numerous assembly factors, including the Rix1 complex and the AAA ATPase Rea1. These two assembly factors catalyze 60S maturation at two distinct states, triggering poorly understood large-scale structural transitions that we analyzed by cryo-electron microscopy. Two nuclear pre-60S intermediates were discovered that represent previously unknown states after Rea1-mediated removal of the Ytm1-Erb1 complex and reveal how the L1 stalk develops from a pre-mature nucleolar to a mature-like nucleoplasmic state. A later pre-60S intermediate shows how the central protuberance arises, assisted by the nearby Rix1-Rea1 machinery, which was solved in its pre-ribosomal context to molecular resolution. This revealed a Rix1-Ipi3 tetramer anchored to the pre-60S via Ipi1, strategically positioned to monitor this decisive remodeling. These results are consistent with a general underlying principle that temporarily stabilized immature RNA domains are successively remodeled by assembly factors, thereby ensuring failsafe assembly progression. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 352.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 279.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 58.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 90.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61836.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 86839.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 37928.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Rix1-Rea1 pre-60S assembly particle - Rix1-subcomplex タイプ: RIBOSOME / 詳細: Rix1-TAP Flag-Rea1 derived pre-60S assembly complex / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3/3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 75 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 48 / 利用したフレーム数/画像: 1-48 |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 273799 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114398 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL |